Untangling eco-evolutionary impacts on diatom genomes over timescales relevant to current climate change

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Relative enrichment of ammonium and its impacts on open-ocean phytoplankton community composition under a high-emissions scenario

Auteurs: Pearse J. Buchanan, Juan J. Pierella Karlusich, Robyn E. Tuerena, Roxana Shafiee, E. Malcolm S. Woodward, Chris Bowler, Alessandro Tagliabue
Publié dans: Biogeosciences, Numéro 22, 2025, Page(s) 4865-4883, ISSN 1726-4189
Éditeur: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/bg-22-4865-2025

A roadmap for using the UN Decade of Ocean Science for Sustainable Development in support of science, policy, and action.

Auteurs: Claudet, J., Bopp, L., Cheung, W. W. L., Devillers, R., Escobar-Briones, E., Haugan, P., Heymans, J. H., Masson-Delmotte, V., Matz-Luck, N., Miloslavich, P., Mullineaux, L., Visbeck, M., Watson, R., Zivian, A. M., Ansorge, I., Araujo, M., Arico, S., Bailly, D., Barbière, J., Barnerias, C., Bowler, C., Brun, V., Cazenave, A., Diver, C., Euzen, A., Thierno Gaye, A., Hilmi, N., Ménard, F., Moulin,
Publié dans: One Earth, Numéro 1, 2020, Page(s) 123, ISSN 2590-3330
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.oneear.2019.10.012

Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure.

Auteurs: Brandão, M. C., Benedetti, F., Martini, S., Soviadan, Y. D., Irisson, J. O., Romagnan, J. B., Elineau, A., Desnos, C., Jalabert, L., Freire, A. S., Picheral, M., Guidi, L., Gorsky, G., Bowler, C., Karp-Boss, L., Henry, N., de Vargas, C., Sullivan, M. B., Tara Oceans Consortium Coordinators, Stemmann, L. and Lombard, F.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 11, 2021, Page(s) 15714, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94615-5

Global Trends in Marine Plankton Diversity across Kingdoms of Life.

Auteurs: Ibarbalz, Federico M.; Henry, Nicolas; Brandão, Manoela C.; Martini, Séverine; Busseni, Greta; Byrne, Hannah; Coelho, Luis Pedro; Endo, Hisashi; Gasol, Josep M.; Gregory, Ann C.; Mahé, Frédéric; Rigonato, Janaina; Royo-Llonch, Marta; Salazar, Guillem; Sanz-Sáez, Isabel; Scalco, Eleonora; Soviadan, Dodji; Zayed, Ahmed A.; Zingone, Adriana; Labadie, Karine; Ferland, Joannie; Marec, Claudie; Ka
Publié dans: Cell, Numéro 3, 2019, Page(s) 12345, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000378196

New plastids, old proteins: repeated endosymbiotic acquisitions in kareniacean dinoflagellates

Auteurs: Anna MG Novák Vanclová, Charlotte Nef, Zoltán Füssy, Adél Vancl, Fuhai Liu, Chris Bowler, Richard G Dorrell
Publié dans: EMBO Reports, Numéro 25, 2025, Page(s) 1859-1885, ISSN 1469-3178
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44319-024-00103-y

Large scale patterns of marine diatom richness: Drivers and trends in a changing ocean

Auteurs: Busseni, G., Caputi, L., Piredda, R., Fremont, P., Mele, B. H., Campese, L., Scalco, E., de Vargas, C., Bowler, C., d'Ovidio, F., Zingone, A., Ribera d’Alcalà, M. Iudicone, D.
Publié dans: Global Ecol. Biogeo., Numéro 1, 2020, Page(s) 1-14, ISSN 1466-822X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/geb.13161

Linking satellites to genes with machine learning to estimate phytoplankton community structure from space

Auteurs: Roy El Hourany, Juan Pierella Karlusich, Lucie Zinger, Hubert Loisel, Marina Levy, Chris Bowler
Publié dans: Ocean Science, Numéro 20, 2024, Page(s) 217-239, ISSN 1812-0792
Éditeur: Copernicus GmbH
DOI: 10.5194/os-20-217-2024

Pan-Arctic plankton community structure and its global connectivity

Auteurs: Federico M. Ibarbalz, Nicolas Henry, Frédéric Mahé, Mathieu Ardyna, Adriana Zingone, Eleonora Scalco, Connie Lovejoy, Fabien Lombard, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Shruti Malviya, null null, Matthew B. Sullivan, Samuel Chaffron, Eric Karsenti, Marcel Babin, Emmanuel Boss, Patrick Wincker, Lucie Zinger, Colomban de Vargas, Chris Bowler, Lee Karp-Boss
Publié dans: Elementa: Science of the Anthropocene, Numéro 11, 2023, ISSN 2325-1026
Éditeur: University of California Press
DOI: 10.1525/elementa.2022.00060

Priorities for ocean microbiome research

Auteurs: Tara Ocean Foundation, Tara Oceans, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC). Corresponding author Bowler, C.
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 7, 2022, Page(s) 937-947, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41564-022-01145-5

Exploration of marine phytoplankton: from their historical appreciation to the omics era.

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publié dans: J Plankton Res, Numéro 42, 2020, Page(s) 595-612, ISSN 0142-7873
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plankt/fbaa049

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean

Auteurs: Delmont, T. O., Gaia, M., Hinsinger, D. D., Fremont, P., Vanni, C., Fernandez Guerra, A., Eren, A. M., Kourlaiev, A., d’Agata, L., Clayssen, Q., et al.
Publié dans: Cell Genomics, Numéro 2, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2666-979X
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.10.15.341214

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum

Auteurs: Zhao, X, Rastogi A., Deton Cabanillas, A. F., Ait Mohamed, O., Cantrel, C., Lombard, B., Murik, O., Genovesio, A., Bowler, C., Bouyer, D., Loew, D., Lin, X., Veluchamy, A., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publié dans: New Phytol, Numéro 12, 2021, Page(s) 12345, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17129

The possible fates of Fragilariopsis cylindrus (polar diatom) cells exposed to prolonged darkness

Auteurs: Sciandra, T., Forget, M. H., Bruyant, F., Béguin, M., Lacour, T., Bowler, C. and Babin, M.
Publié dans: J Phycol, Numéro 12, 2022, Page(s) 12345, ISSN 0022-3646
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jpy.13232

Genome-scale community modelling reveals conserved metabolic cross-feedings in epipelagic bacterioplankton communities

Auteurs: Nils Giordano, Marinna Gaudin, Camille Trottier, Erwan Delage, Charlotte Nef, Chris Bowler, Samuel Chaffron
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46374-w

Strengthening global-change science by integrating aeDNA with paleoecoinformatics

Auteurs: John W. Williams, Trisha L. Spanbauer, Peter D. Heintzman, Jessica Blois, Eric Capo, Simon J. Goring, Marie-Eve Monchamp, Laura Parducci, Jordan M. Von Eggers, Inger Greve Alsos, Chris Bowler, Marco J.L. Coolen, Nicola Cullen, Sarah Crump, Laura Saskia Epp, Antonio Fernandez-Guerra, Eric Grimm, Ulrike Herzschuh, Alessandro Mereghetti, Rachel Sarah Meyer, Kevin Nota, Mikkel Winther Pedersen, Vilma
Publié dans: Trends in Ecology & Evolution, Numéro 38, 2025, Page(s) 946-960, ISSN 0169-5347
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tree.2023.04.016

Diverse eukaryotic phytoplankton from around the Marquesas Islands documented by combined microscopy and molecular techniques

Auteurs: Jana Veselá-Strejcová, Eleonora Scalco, Adriana Zingone, Sébastien Colin, Luigi Caputi, Diana Sarno, Jana Nebesářová, Chris Bowler, Julius Lukeš
Publié dans: Protist, Numéro 174, 2025, Page(s) 125965, ISSN 1434-4610
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.protis.2023.125965

Genome-wide analysis of allele-specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum.

Auteurs: Hoguin, A., Rastogi, A. and Bowler, C. and Tirichine, L.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 11, 2021, Page(s) 2954, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82529-1

Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms.

Auteurs: Bulankova, P., Sekulić, M., Jallet, D., Nef, C., van Oosterhout, C., Delmont, T. O., Vercauteren, I., Osuna-Cruz, C. M., Vancaester, E., Mock, T., Sabbe, K., Daboussi, F., Bowler, C., Vyverman, W., Vandepoele, K. and De Veylder, L.
Publié dans: Curr Biol, Numéro S0960-9822(21)00672-2, 2021, Page(s) S0960-9822(21)00672-2, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.05.013

Contribution of genome-scale metabolic modelling to niche theory

Auteurs: Régimbeau, A., Budinich, M., Larhlimi, A., Pierella Karlusich, J. J., Aumont, O., Memery, L., Bowler, C. and Eveillard, D.
Publié dans: Ecol Lett, Numéro 25, 2022, Page(s) 1352-1364, ISSN 1461-023X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13954

Unveiling the link between phytoplankton molecular physiology and biogeochemical cycling via genome-scale modeling

Auteurs: Antoine Régimbeau, Olivier Aumont, Chris Bowler, Lionel Guidi, George A. Jackson, Eric Karsenti, Laurent Memery, Alessandro Tagliabue, Damien Eveillard
Publié dans: Science Advances, Numéro 11, 2025, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adq3593

A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundances from metagenomes

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Lucie Zinger; Fabien Lombard; Adriana Zingone; Sébastien Colin; Josep M. Gasol; Richard G. Dorrell; Nicolas Henry; Eleonora Scalco; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Colomban Vargas; Chris Bowler
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03559541, Numéro 1, 2022, Page(s) 123, ISSN 1755-0998
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1755-0998.13592

Incorporating microbiomes into the One Health Joint Plan of Action

Auteurs: Estelle Couradeau, Jennifer B. H. Martiny, Fanette Fontaine, Christian Brechot, Marc Bonneville, Karel Callens, null null, Francesco Asnicar, Bill J. Baker, Gabriele Berg, Marc Bonneville, Chris Bowler, Christian Brechot, Karel Callens, Estelle Couradeau, Adam Boyar Carmer, Federica Cattapan, Karine Clement, Karen D. Corbin, Fanette Fontaine, Brooke Hansen, David Himmelgreen, Heribert Hirt, Shen J
Publié dans: mBio, Numéro 16, 2025, ISSN 2150-7511
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.01456-25

Predicting global distributions of eukaryotic plankton communities from satellite data

Auteurs: Hiroto Kaneko, Hisashi Endo, Nicolas Henry, Cédric Berney, Frédéric Mahé, Julie Poulain, Karine Labadie, Odette Beluche, Roy El Hourany, null null, Silvia G Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Eric Karsenti, Fabrice Not, Nicole Poulton,
Publié dans: ISME Communications, Numéro 3, 2024, ISSN 2730-6151
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1038/s43705-023-00308-7

In vivo localization of iron starvation induced proteins under variable iron supplementation regimes in <scp>Phaeodactylum tricornutum</scp>

Auteurs: Elena Kazamia, Jan Mach, Jeffrey B. McQuaid, Xia Gao, Tyler H. Coale, Ronald Malych, Jean‐Michel Camadro, Emmanuel Lesuisse, Andrew E. Allen, Chris Bowler, Robert Sutak
Publié dans: Plant Direct, Numéro 6, 2023, ISSN 2475-4455
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/pld3.472

High Growth Rate of Diatoms Explained by Reduced Carbon Requirement and Low Energy Cost of Silica Deposition

Auteurs: Keisuke Inomura, Juan José Pierella Karlusich, Stephanie Dutkiewicz, Curtis Deutsch, Paul J. Harrison, Chris Bowler
Publié dans: Microbiology Spectrum, Numéro 11, 2023, ISSN 2165-0497
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/spectrum.03311-22

Coupling imaging and omics in plankton surveys: State-of-the-art, challenges, and future directions

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Lombard, F., Irisson, J.-O., Bowler, C. and Foster, R. A.
Publié dans: Frontiers Mar Sci, Numéro 9, 2022, Page(s) 878803, ISSN 2296-7745
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2022.878803

Probing the diversity of Polycomb and Trithorax proteins in cultured and environmentally sampled microalgae.

Auteurs: Zhao, X., Deton Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Bowler, C., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publié dans: Frontiers Mar Sci, Numéro 12, 2020, Page(s) 12345, ISSN 2296-7745
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2020.00189

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology.

Auteurs: Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Peer Bork; Chris Bowler; Tara Oceans Coordinators; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas
Publié dans: "Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 18, pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩", Numéro 1, 2020, Page(s) 428-445, ISSN 1740-1534
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41579-020-0364-5

Compendium of 530 metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean

Auteurs: Royo-Llonch, M., Sánchez, P., Ruiz-González, C., Salazar, G., Pedrós-Alió, C., Sebastián, M., Labadie, K., Paoli, L., Ibarbalz, F. M., Zinger, L., Churcheward, B., Tara Oceans Coordinators, Chaffron, S., Eveillard, D., Karsenti, E., Sunagawa, S., Wincker, P., Karp-Boss, L., Bowler, C. and Acinas, S. G.
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 6, 2021, Page(s) 1561-1574, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41564-021-00979-9

Hypometabolism to survive the long polar night and subsequent successful return to light in the diatom Fragilariopsis cylindrus

Auteurs: Nathalie Joli, Lorenzo Concia, Karel Mocaer, Julie Guterman, Juliette Laude, Sebastien Guerin, Theo Sciandra, Flavienne Bruyant, Ouardia Ait‐Mohamed, Marine Beguin, Marie‐Helene Forget, Clara Bourbousse, Thomas Lacour, Benjamin Bailleul, Charlotte Nef, Mireille Savoie, Jean‐Eric Tremblay, Douglas A. Campbell, Johann Lavaud, Yannick Schwab, Marcel Babin, Chris Bowler
Publié dans: New Phytologist, Numéro 241, 2025, Page(s) 2193-2208, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.19387

Carbon Dioxide Concentration Mechanisms in Natural Populations of Marine Diatoms: Insights From Tara Oceans.

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Juan José Pierella Karlusich; Chris Bowler; Chris Bowler; Haimanti Biswas
Publié dans: Frontiers in Marine Sciences, Numéro 5, 2021, Page(s) 657821, ISSN 1664-462X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.657821

Convergent evolution and horizontal gene transfer in Arctic Ocean microalgae

Auteurs: Richard G Dorrell, Alan Kuo, Zoltan Füssy, Elisabeth H Richardson, Asaf Salamov, Nikola Zarevski, Nastasia J Freyria, Federico M Ibarbalz, Jerry Jenkins, Juan Jose Pierella Karlusich, Andrei Stecca Steindorff, Robyn E Edgar, Lori Handley, Kathleen Lail, Anna Lipzen, Vincent Lombard, John McFarlane, Charlotte Nef, Anna MG Novák Vanclová, Yi Peng, Chris Plott, Marianne Potvin, Fabio Rocha Jimenez
Publié dans: Life Science Alliance, Numéro 6, 2024, Page(s) e202201833, ISSN 2575-1077
Éditeur: Life Science Alliance, LLC
DOI: 10.26508/lsa.202201833

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum

Auteurs: Rastogi, A., Vieira, F. R. J., Deton-Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Cantrel, C., Wang, G., Vanormelingen, P., Bowler, C., Piganeau, G., Hu, H. and Tirichine, L.
Publié dans: ISME J, Numéro 12, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1751-7370
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41396-019-0528-3

LncPlankton: a comprehensive database of candidate lncRNAs from marine microbial eukaryotes

Auteurs: Ahmed Debit, Pierre Vincens, Chris Bowler, Helena Cruz de Carvalho
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, Numéro 7, 2025, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqaf159

Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes

Auteurs: Richard G. Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle McCallum, Andrew K. Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R. Frischkorn, Juan J. Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 118/4, 2021, Page(s) e2009974118, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2009974118

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal.

Auteurs: Sato, S., Nanjappa, D., Dorrell, R. G., Vieira, F. R. J., Kazamia, E., Tirichine, L., Veluchamy, A., Heilig, R., Aury, J. M., Jaillon, O., Wincker, P., Fussy, Z., Obornik, M., Muñoz-Gómez, S. A., Mann, D. G., Bowler, C. and Zingone, A.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 10, 2020, Page(s) 9449, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-65941-x

Patterns and drivers of diatom diversity and abundance in the global ocean

Auteurs: Juan J. Pierella Karlusich, Karen Cosnier, Lucie Zinger, Nicolas Henry, Charlotte Nef, Guillaume Bernard, Eleonora Scalco, Etienne Dvorak, null null, Silvia G. Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hi
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-58027-7

From nets to networks: tools for deciphering phytoplankton metabolic interactions within communities and their global significance

Auteurs: Charlotte Nef, Juan José Pierella Karlusich, Chris Bowler
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 379, 2024, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2023.0172

<scp>DiatOmicBase</scp> : a versatile gene‐centered platform for mining functional omics data in diatom research

Auteurs: Emilie Villar, Nathanaël Zweig, Pierre Vincens, Helena Cruz de Carvalho, Carole Duchene, Shun Liu, Raphael Monteil, Richard G. Dorrell, Michele Fabris, Klaas Vandepoele, Chris Bowler, Angela Falciatore
Publié dans: The Plant Journal, Numéro 121, 2026, ISSN 0960-7412
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.70061

Whole-genome scanning reveals selection mechanisms in epipelagic Chaetoceros diatom populations

Auteurs: Nef, C., Madoui, M.-A., Pelletier, E. and Bowler, C.
Publié dans: BioRxiv, Numéro 12, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2692-8205
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.19.492674

Global drivers of eukaryotic plankton biogeography in the sunlit ocean.

Auteurs: Sommeria-Klein, G., Watteaux, R., Ibarbalz, F. M., Pierella Karlusich, J. J., Iudicone, D., Bowler, C. and Morlon, H.
Publié dans: Science, Numéro 374, 2021, Page(s) 594-599, ISSN 1095-9203
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/science.abb3717

Diatoms Are Selective Segregators in Global Ocean Planktonic Communities.

Auteurs: Vincent, Flora; Bowler, Chris
Publié dans: mSystems, Vol 5, Iss 1 (2020), Numéro 3, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1069-5524
Éditeur: ASM
DOI: 10.1128/msystems.00444-19

Dynamic Relocalization and Divergent Expression of a Major Facilitator Carrier Subfamily in Diatoms

Auteurs: Shun Liu, Victoria Powell, Shun‐Min Yang, France Lam, Chris Bowler, Miroslav Obornik, Richard G. Dorrell
Publié dans: Physiologia Plantarum, Numéro 177, 2025, ISSN 0031-9317
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ppl.70355

Molecular biology for green recovery-A call for action.

Auteurs: Rodríguez-Martínez, M., Nielsen, J., Dupont, S., Vamathevan, J., Glover, B. J., Crosswell, L. C., Rouse, B., Luisi, B. F., Bowler, C., Gasser, S. M., Arendt, D., Erb, T. J., de Lorenzo, V., Heard, E. and Patil, K. R.
Publié dans: PLoS Biol, Numéro 20, 2022, Page(s) e3001623, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001623

Within-Arctic horizontal gene transfer as a driver of convergent evolution in distantly related microalgae

Auteurs: Dorrell, R. G., Kuo, A., Füssy, Z., Richardson, E., Salamov, A., Zarevski, N., Freyria, N. J., Ibarbalz, F. M., Jenkins, J., Pierella Karlusich, J. J., Steindorff, A. S., Edgar, R. E., Handley, L., Lail, K., Lipzen, A., Lombard, V., McFarlane, J., Nef, C., Novák Vanclová, A. M. G., Peng, Y., Plott, C., Potvin, M., Rocha Jimenez Vieira, F., Barry, K., Dacks, J. B., de Vargas, C., Henrissat, B.,
Publié dans: BioRxiv, Numéro 1, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2692-8205
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.07.31.454568

A Global Ocean Opal Ballasting–Silicate Relationship

Auteurs: B. B. Cael, C. Mark Moore, Joe Guest, Tereza Jarníková, Colleen B. Mouw, Chris Bowler, Edward Mawji, Stephanie A. Henson, Corinne Le Quéré
Publié dans: Geophysical Research Letters, Numéro 51, 2025, ISSN 0094-8276
Éditeur: American Geophysical Union
DOI: 10.1029/2024gl110225

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics

Auteurs: Armbrecht, L., Eisenhofer, R., Utge, J., Sibert, E. C., Rocha, F., Ward, R., Pierella Karlusich, J. J., Tirichine, L., Norris, R., Summers, M. and Bowler, C.
Publié dans: ISME Comm, Numéro 12, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s43705-021-00070-8

Metabolic imaging of Fragilariopsis cylindrus in polar night conditions using full-field optical transmission tomography (FFOTT)

Auteurs: Nathalie Joli, Claude Boccara, Benjamin Bailleul, Chris Bowler, Martine Boccara
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 17, 2026, Page(s) 1540, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.570645

Comparison of sedimentary ancient DNA (sedaDNA) extraction and shotgun metagenomic library preparation techniques

Auteurs: Mathilde Bourreau, Prashasti Singh, Linda Armbrecht, Jose Utge, Chris Bowler, Manon Sabourdy, Carlota Escutia, Juliane Müller, Fernando Bohoyo, Xavier Crosta, Johan Etourneau
Publié dans: Marine Micropaleontology, Numéro 200, 2025, Page(s) 102498, ISSN 0377-8398
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.marmicro.2025.102498

Complex response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to iron availability

Auteurs: Kotabova, E., Malych, R., Pierella Karlusich, J. J., Kazamia, E., Eichner, M., Mach, J., Lesuisse, E., Bowler, C., Prášil, O. and Sutak, R.
Publié dans: mSys, Numéro 6, 2021, Page(s) e00738-00720, ISSN 1823-6782
Éditeur: Akademi Sains Malaysia
DOI: 10.1128/msystems.00738-20

Heterotrophic bacterial diazotrophs are more abundant than their cyanobacterial counterparts in metagenomes covering most of the sunlit ocean

Auteurs: Delmont, T. O., Pierella Karlusich, J. J., Veseli, I., Fuessel, J., Eren, A. M., Foster, R. A., Bowler, C., Wincker, P. and Pelletier, E.
Publié dans: ISME J, Numéro 16, 2021, Page(s) 927-936, ISSN 1751-7370
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41396-021-01135-1

Complementary environmental analysis and functional characterization of lower glycolysis-gluconeogenesis in the diatom plastid

Auteurs: Richard G Dorrell, Youjun Zhang, Yue Liang, Nolwenn Gueguen, Tomomi Nonoyama, Dany Croteau, Mathias Penot-Raquin, Sandrine Adiba, Benjamin Bailleul, Valérie Gros, Juan José Pierella Karlusich, Nathanaël Zweig, Alisdair R Fernie, Juliette Jouhet, Eric Maréchal, Chris Bowler
Publié dans: The Plant Cell, Numéro 36, 2024, Page(s) 3584-3610, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae168

Diatom phytochromes integrate the underwater light spectrum to sense depth

Auteurs: Carole Duchêne, Jean-Pierre Bouly, Juan José Pierella Karlusich, Emeline Vernay, Julien Sellés, Benjamin Bailleul, Chris Bowler, Maurizio Ribera d’Alcalà, Angela Falciatore, Marianne Jaubert
Publié dans: Nature, Numéro 637, 2025, Page(s) 691-697, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-08301-3

Global identification of a marine diatom long noncoding natural antisense transcripts (NATs) and their response to phosphate fluctuations.

Auteurs: Cruz de Carvalho, M. H. and Bowler, C.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 10, 2020, Page(s) 14110, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-71002-0

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome

Auteurs: Salazar, Guillem; Paoli, Lucas; Alberti, Adriana; Huerta-Cepas, Jaime; Ruscheweyh, Hans-Joachim; Cuenca, Miguelangel; Field, Christopher M.; Coelho, Luis Pedro; Cruaud, Corinne; Engelen, Stefan; Gregory, Ann C.; Labadie, Karine; Marec, Claudie; Pelletier, Eric; Royo-Llonch, Marta; Roux, Simon; Sánchez, Pablo; Uehara, Hideya; Zayed, Ahmed A.; Zeller, Georg; Carmichael, Margaux; Dimier, Céline; Fe
Publié dans: Cell, Numéro 3, 2019, Page(s) 12345, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.10.014

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum.

Auteurs: Ouardia Ait-Mohamed; Anna M. G. Novák Vanclová; Nathalie Joli; Yue Liang; Xue Zhao; Xue Zhao; Auguste Genovesio; Leila Tirichine; Leila Tirichine; Chris Bowler; Richard G. Dorrell
Publié dans: Frontiers in Plant Science, Vol 11 (2020), Numéro 3, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1664-462X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2020.590949

Quantitative metagenomics for marine prokaryotes and photosynthetic eukaryotes

Auteurs: Qicheng Bei, Nathan L R Williams, Laura E Furtado, Daria Di Blasi, Jelani Williams, Vanda Brotas, Glen Tarran, Andrew P Rees, Chris Bowler, Jed A Fuhrman
Publié dans: ISME Communications, Numéro 5, 2025, ISSN 2730-6151
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/ismeco/ycaf131

Phytoplankton in the Tara Ocean

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publié dans: Annu. Rev. Mar. Sci., Numéro 12, 2020, Page(s) 233-265, ISSN 1941-1405
Éditeur: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-marine-010419-010706

Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome

Auteurs: Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Tara Oceans Coordinators; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan;
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03458184, Numéro 2, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abg1921

Iron metabolism strategies in diatoms

Auteurs: Gao, X., Bowler, C. and Kazamia, E.
Publié dans: J Exp Bot, Numéro 72, 2021, Page(s) 2165-2180, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa575

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

Auteurs: Paoli, L., Ruscheweyh, H.-J., Forneris, C. C., Hubrich. F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D. R., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T. O., Gasol, J. M., Gossert, A. D., Kahles, A., Sullivan, M. B.,
Publié dans: Nature, Numéro 607, 2022, Page(s) 111-118, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Fabien Lombard; Madeline Carsique; Etienne Dvorak; Sébastien Colin; Marc Picheral; Francisco M. Cornejo-Castillo; Silvia G. Acinas; Rainer Pepperkok; Eric Karsenti; Colomban de Vargas; Patrick Wincker; Chris Bowler; Rachel A Foster
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.10.17.343731

A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA

Auteurs: Kurt H. Kjær, Mikkel Winther Pedersen, Bianca De Sanctis, Binia De Cahsan, Thorfinn S. Korneliussen, Christian S. Michelsen, Karina K. Sand, Stanislav Jelavić, Anthony H. Ruter, Astrid M. A. Schmidt, Kristian K. Kjeldsen, Alexey S. Tesakov, Ian Snowball, John C. Gosse, Inger G. Alsos, Yucheng Wang, Christoph Dockter, Magnus Rasmussen, Morten E. Jørgensen, Birgitte Skadhauge, Ana Prohaska, Jeppe
Publié dans: Nature, Numéro 612, 2024, Page(s) 283-291, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05453-y

Whole-genome scanning reveals environmental selection mechanisms that shape diversity in populations of the epipelagic diatom Chaetoceros

Auteurs: Charlotte Nef, Mohammed-Amin Madoui, Éric Pelletier, Chris Bowler
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 20, 2023, Page(s) e3001893, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001893

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