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Untangling eco-evolutionary impacts on diatom genomes over timescales relevant to current climate change

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (37)
A roadmap for using the UN Decade of Ocean Science for Sustainable Development in support of science, policy, and action. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Claudet, J., Bopp, L., Cheung, W. W. L., Devillers, R., Escobar-Briones, E., Haugan, P., Heymans, J. H., Masson-Delmotte, V., Matz-Luck, N., Miloslavich, P., Mullineaux, L., Visbeck, M., Watson, R., Zivian, A. M., Ansorge, I., Araujo, M., Arico, S., Bailly, D., Barbière, J., Barnerias, C., Bowler, C., Brun, V., Cazenave, A., Diver, C., Euzen, A., Thierno Gaye, A., Hilmi, N., Ménard, F., Moulin,
Publié dans: One Earth, Numéro 1, 2020, Page(s) 123, ISSN 2590-3330
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.oneear.2019.10.012

Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Brandão, M. C., Benedetti, F., Martini, S., Soviadan, Y. D., Irisson, J. O., Romagnan, J. B., Elineau, A., Desnos, C., Jalabert, L., Freire, A. S., Picheral, M., Guidi, L., Gorsky, G., Bowler, C., Karp-Boss, L., Henry, N., de Vargas, C., Sullivan, M. B., Tara Oceans Consortium Coordinators, Stemmann, L. and Lombard, F.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 11, 2021, Page(s) 15714, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94615-5

Global Trends in Marine Plankton Diversity across Kingdoms of Life. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ibarbalz, Federico M.; Henry, Nicolas; Brandão, Manoela C.; Martini, Séverine; Busseni, Greta; Byrne, Hannah; Coelho, Luis Pedro; Endo, Hisashi; Gasol, Josep M.; Gregory, Ann C.; Mahé, Frédéric; Rigonato, Janaina; Royo-Llonch, Marta; Salazar, Guillem; Sanz-Sáez, Isabel; Scalco, Eleonora; Soviadan, Dodji; Zayed, Ahmed A.; Zingone, Adriana; Labadie, Karine; Ferland, Joannie; Marec, Claudie; Ka
Publié dans: EISSN: 1097-4172, Numéro 3, 2019, Page(s) 12345, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000378196

Large scale patterns of marine diatom richness: Drivers and trends in a changing ocean (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Busseni, G., Caputi, L., Piredda, R., Fremont, P., Mele, B. H., Campese, L., Scalco, E., de Vargas, C., Bowler, C., d'Ovidio, F., Zingone, A., Ribera d’Alcalà, M. Iudicone, D.
Publié dans: Global Ecol. Biogeo., Numéro 1, 2020, Page(s) 1-14, ISSN 1466-822X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/geb.13161

Priorities for ocean microbiome research (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Tara Ocean Foundation, Tara Oceans, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), European Marine Biological Resource Centre - European Research Infrastructure Consortium (EMBRC-ERIC). Corresponding author Bowler, C.
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 7, 2022, Page(s) 937-947, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41564-022-01145-5

Exploration of marine phytoplankton: from their historical appreciation to the omics era. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publié dans: J Plankton Res, Numéro 42, 2020, Page(s) 595-612, ISSN 0142-7873
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/plankt/fbaa049

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Delmont, T. O., Gaia, M., Hinsinger, D. D., Fremont, P., Vanni, C., Fernandez Guerra, A., Eren, A. M., Kourlaiev, A., d’Agata, L., Clayssen, Q., et al.
Publié dans: Cell Genomics, Numéro 2, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2666-979X
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.10.15.341214

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zhao, X, Rastogi A., Deton Cabanillas, A. F., Ait Mohamed, O., Cantrel, C., Lombard, B., Murik, O., Genovesio, A., Bowler, C., Bouyer, D., Loew, D., Lin, X., Veluchamy, A., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publié dans: New Phytol, Numéro 12, 2021, Page(s) 12345, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17129

The possible fates of Fragilariopsis cylindrus (polar diatom) cells exposed to prolonged darkness (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sciandra, T., Forget, M. H., Bruyant, F., Béguin, M., Lacour, T., Bowler, C. and Babin, M.
Publié dans: J Phycol, Numéro 12, 2022, Page(s) 12345, ISSN 0022-3646
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jpy.13232

Genome-wide analysis of allele-specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Hoguin, A., Rastogi, A. and Bowler, C. and Tirichine, L.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 11, 2021, Page(s) 2954, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-82529-1

Mitotic recombination between homologous chromosomes drives genomic diversity in diatoms. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Bulankova, P., Sekulić, M., Jallet, D., Nef, C., van Oosterhout, C., Delmont, T. O., Vercauteren, I., Osuna-Cruz, C. M., Vancaester, E., Mock, T., Sabbe, K., Daboussi, F., Bowler, C., Vyverman, W., Vandepoele, K. and De Veylder, L.
Publié dans: Curr Biol, Numéro S0960-9822(21)00672-2, 2021, Page(s) S0960-9822(21)00672-2, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.05.013

Contribution of genome-scale metabolic modelling to niche theory (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Régimbeau, A., Budinich, M., Larhlimi, A., Pierella Karlusich, J. J., Aumont, O., Memery, L., Bowler, C. and Eveillard, D.
Publié dans: Ecol Lett, Numéro 25, 2022, Page(s) 1352-1364, ISSN 1461-023X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ele.13954

A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundances from metagenomes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Lucie Zinger; Fabien Lombard; Adriana Zingone; Sébastien Colin; Josep M. Gasol; Richard G. Dorrell; Nicolas Henry; Eleonora Scalco; Silvia G. Acinas; Patrick Wincker; Colomban Vargas; Chris Bowler
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03559541, Numéro 1, 2022, Page(s) 123, ISSN 1755-0998
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1755-0998.13592

Coupling imaging and omics in plankton surveys: State-of-the-art, challenges, and future directions (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Lombard, F., Irisson, J.-O., Bowler, C. and Foster, R. A.
Publié dans: Frontiers Mar Sci, Numéro 9, 2022, Page(s) 878803, ISSN 2296-7745
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2022.878803

Probing the diversity of Polycomb and Trithorax proteins in cultured and environmentally sampled microalgae. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zhao, X., Deton Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Bowler, C., Vieira, F. R. J. and Tirichine, L.
Publié dans: Frontiers Mar Sci, Numéro 12, 2020, Page(s) 12345, ISSN 2296-7745
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmars.2020.00189

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Shinichi Sunagawa; Silvia G. Acinas; Peer Bork; Peer Bork; Chris Bowler; Tara Oceans Coordinators; Damien Eveillard; Gabriel Gorsky; Lionel Guidi; Daniele Iudicone; Eric Karsenti; Fabien Lombard; Hiroyuki Ogata; Stephane Pesant; Matthew B. Sullivan; Patrick Wincker; Colomban de Vargas
Publié dans: "Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 18, pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩", Numéro 1, 2020, Page(s) 428-445, ISSN 1740-1534
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41579-020-0364-5

Compendium of 530 metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Royo-Llonch, M., Sánchez, P., Ruiz-González, C., Salazar, G., Pedrós-Alió, C., Sebastián, M., Labadie, K., Paoli, L., Ibarbalz, F. M., Zinger, L., Churcheward, B., Tara Oceans Coordinators, Chaffron, S., Eveillard, D., Karsenti, E., Sunagawa, S., Wincker, P., Karp-Boss, L., Bowler, C. and Acinas, S. G.
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 6, 2021, Page(s) 1561-1574, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41564-021-00979-9

Carbon Dioxide Concentration Mechanisms in Natural Populations of Marine Diatoms: Insights From Tara Oceans. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Juan José Pierella Karlusich; Chris Bowler; Chris Bowler; Haimanti Biswas
Publié dans: Frontiers in Marine Sciences, Numéro 5, 2021, Page(s) 657821, ISSN 1664-462X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.657821

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Rastogi, A., Vieira, F. R. J., Deton-Cabanillas, A.-F., Veluchamy, A., Cantrel, C., Wang, G., Vanormelingen, P., Bowler, C., Piganeau, G., Hu, H. and Tirichine, L.
Publié dans: ISME J, Numéro 12, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1751-7370
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41396-019-0528-3

Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Richard G. Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle McCallum, Andrew K. Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R. Frischkorn, Juan J. Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 118/4, 2021, Page(s) e2009974118, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2009974118

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sato, S., Nanjappa, D., Dorrell, R. G., Vieira, F. R. J., Kazamia, E., Tirichine, L., Veluchamy, A., Heilig, R., Aury, J. M., Jaillon, O., Wincker, P., Fussy, Z., Obornik, M., Muñoz-Gómez, S. A., Mann, D. G., Bowler, C. and Zingone, A.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 10, 2020, Page(s) 9449, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-65941-x

Whole-genome scanning reveals selection mechanisms in epipelagic Chaetoceros diatom populations (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Nef, C., Madoui, M.-A., Pelletier, E. and Bowler, C.
Publié dans: BioRxiv, Numéro 12, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2692-8205
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.05.19.492674

Global drivers of eukaryotic plankton biogeography in the sunlit ocean. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sommeria-Klein, G., Watteaux, R., Ibarbalz, F. M., Pierella Karlusich, J. J., Iudicone, D., Bowler, C. and Morlon, H.
Publié dans: Science, Numéro 374, 2021, Page(s) 594-599, ISSN 1095-9203
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/science.abb3717

Diatoms Are Selective Segregators in Global Ocean Planktonic Communities. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Vincent, Flora; Bowler, Chris
Publié dans: mSystems, Vol 5, Iss 1 (2020), Numéro 3, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1069-5524
Éditeur: ASM
DOI: 10.1128/msystems.00444-19

Molecular biology for green recovery-A call for action. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Rodríguez-Martínez, M., Nielsen, J., Dupont, S., Vamathevan, J., Glover, B. J., Crosswell, L. C., Rouse, B., Luisi, B. F., Bowler, C., Gasser, S. M., Arendt, D., Erb, T. J., de Lorenzo, V., Heard, E. and Patil, K. R.
Publié dans: PLoS Biol, Numéro 20, 2022, Page(s) e3001623, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001623

Within-Arctic horizontal gene transfer as a driver of convergent evolution in distantly related microalgae (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Dorrell, R. G., Kuo, A., Füssy, Z., Richardson, E., Salamov, A., Zarevski, N., Freyria, N. J., Ibarbalz, F. M., Jenkins, J., Pierella Karlusich, J. J., Steindorff, A. S., Edgar, R. E., Handley, L., Lail, K., Lipzen, A., Lombard, V., McFarlane, J., Nef, C., Novák Vanclová, A. M. G., Peng, Y., Plott, C., Potvin, M., Rocha Jimenez Vieira, F., Barry, K., Dacks, J. B., de Vargas, C., Henrissat, B.,
Publié dans: BioRxiv, Numéro 1, 2022, Page(s) 12345, ISSN 2692-8205
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.07.31.454568

Paleo-diatom composition from Santa Barbara Basin deep-sea sediments: a comparison of 18S-V9 and diat-rbcL metabarcoding vs shotgun metagenomics (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Armbrecht, L., Eisenhofer, R., Utge, J., Sibert, E. C., Rocha, F., Ward, R., Pierella Karlusich, J. J., Tirichine, L., Norris, R., Summers, M. and Bowler, C.
Publié dans: ISME Comm, Numéro 12, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s43705-021-00070-8

Complex response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to iron availability (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Kotabova, E., Malych, R., Pierella Karlusich, J. J., Kazamia, E., Eichner, M., Mach, J., Lesuisse, E., Bowler, C., Prášil, O. and Sutak, R.
Publié dans: mSys, Numéro 6, 2021, Page(s) e00738-00720, ISSN 1823-6782
Éditeur: Akademi Sains Malaysia
DOI: 10.1128/msystems.00738-20

Heterotrophic bacterial diazotrophs are more abundant than their cyanobacterial counterparts in metagenomes covering most of the sunlit ocean (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Delmont, T. O., Pierella Karlusich, J. J., Veseli, I., Fuessel, J., Eren, A. M., Foster, R. A., Bowler, C., Wincker, P. and Pelletier, E.
Publié dans: ISME J, Numéro 16, 2021, Page(s) 927-936, ISSN 1751-7370
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41396-021-01135-1

Global identification of a marine diatom long noncoding natural antisense transcripts (NATs) and their response to phosphate fluctuations. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Cruz de Carvalho, M. H. and Bowler, C.
Publié dans: Sci Rep, Numéro 10, 2020, Page(s) 14110, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-71002-0

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Salazar, Guillem; Paoli, Lucas; Alberti, Adriana; Huerta-Cepas, Jaime; Ruscheweyh, Hans-Joachim; Cuenca, Miguelangel; Field, Christopher M.; Coelho, Luis Pedro; Cruaud, Corinne; Engelen, Stefan; Gregory, Ann C.; Labadie, Karine; Marec, Claudie; Pelletier, Eric; Royo-Llonch, Marta; Roux, Simon; Sánchez, Pablo; Uehara, Hideya; Zayed, Ahmed A.; Zeller, Georg; Carmichael, Margaux; Dimier, Céline; Fe
Publié dans: EISSN: 1097-4172, Numéro 3, 2019, Page(s) 12345, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.10.014

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ouardia Ait-Mohamed; Anna M. G. Novák Vanclová; Nathalie Joli; Yue Liang; Xue Zhao; Xue Zhao; Auguste Genovesio; Leila Tirichine; Leila Tirichine; Chris Bowler; Richard G. Dorrell
Publié dans: Frontiers in Plant Science, Vol 11 (2020), Numéro 3, 2020, Page(s) 12345, ISSN 1664-462X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2020.590949

Phytoplankton in the Tara Ocean (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Pierella Karlusich, J. J., Ibarbalz, F. M. and Bowler, C.
Publié dans: Annu. Rev. Mar. Sci., Numéro 12, 2020, Page(s) 233-265, ISSN 1941-1405
Éditeur: Annual Reviews Inc.
DOI: 10.1146/annurev-marine-010419-010706

Environmental vulnerability of the global ocean epipelagic plankton community interactome (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Samuel Chaffron; Erwan Delage; Marko Budinich; Damien Vintache; Nicolas Henry; Charlotte Nef; Mathieu Ardyna; Mathieu Ardyna; Ahmed A. Zayed; Pedro C. Junger; Pierre E. Galand; Connie Lovejoy; Alison E. Murray; Hugo Sarmento; Tara Oceans Coordinators; Silvia G. Acinas; Marcel Babin; Marcel Babin; Daniele Iudicone; Olivier Jaillon; Eric Karsenti; Patrick Wincker; Lee Karp-Boss; Matthew B. Sullivan;
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03458184, Numéro 2, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abg1921

Iron metabolism strategies in diatoms (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gao, X., Bowler, C. and Kazamia, E.
Publié dans: J Exp Bot, Numéro 72, 2021, Page(s) 2165-2180, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa575

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Paoli, L., Ruscheweyh, H.-J., Forneris, C. C., Hubrich. F., Kautsar, S., Bhushan, A., Lotti, A., Clayssen, Q., Salazar, G., Milanese, A., Carlström, C. I., Papadopoulou, C., Gehrig, D., Karasikov, M., Mustafa, H., Larralde, M., Carroll, L. M., Sánchez, P., Zayed, A. A., Cronin, D. R., Acinas, S. G., Bork, P., Bowler, C., Delmont, T. O., Gasol, J. M., Gossert, A. D., Kahles, A., Sullivan, M. B.,
Publié dans: Nature, Numéro 607, 2022, Page(s) 111-118, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s41586-022-04862-3

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Juan José Pierella Karlusich; Eric Pelletier; Fabien Lombard; Madeline Carsique; Etienne Dvorak; Sébastien Colin; Marc Picheral; Francisco M. Cornejo-Castillo; Silvia G. Acinas; Rainer Pepperkok; Eric Karsenti; Colomban de Vargas; Patrick Wincker; Chris Bowler; Rachel A Foster
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2021, Page(s) 12345, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.10.17.343731

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Dernière mise à jour: 1 Septembre 2025

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