Descripción del proyecto
Un factor de transcripción común modula los resultados, ya exista una o muchas opciones
Durante el desarrollo embrionario, las células se diferencian para adoptar identidades específicas. Las células madre embrionarias pluripotentes pueden dar lugar a todos los tipos de células que constituyen un organismo. Las células germinales primordiales unipotentes pueden dar lugar a un solo tipo de célula: los gametos. Curiosamente, el factor de transcripción OCT4 desempeña un papel importante en la regulación genética de ambos tipos de células madre. El proyecto OCTOBER, financiado con fondos europeos, está investigando la hipótesis de que el OCT4 apunta a diferentes elementos reguladores en las dos líneas celulares. Los científicos identificarán los componentes reguladores vinculados al OCT4 en todo el genoma y, gracias a la bioinformática, determinarán los genes asociados con estos elementos. Las herramientas genómicas de alta tecnología ayudarán al equipo a explicar los mecanismos de la acción del OCT4 en estos dos tipos de células madre tan diferentes.
Objetivo
The development of an organism requires the fine-tuned balance between self-renewal and differentiation of pluripotent cells. Pluripotency is controlled by a group of transcription factors (TFs) that constitute the Pluripotency Gene Regulatory Network (PGRN). OCT4 is a core component of the PGRN and is required to specify pluripotency in vivo and to maintain pluripotency in vitro in embryonic stem cells (ESCs). OCT4 is also required for survival of unipotent primordial germ cells (PGCs). However, it is still not clear how a pluripotency-associated TF like OCT4 can also be required in both ESCs and in more differentiated cells. In this proposal, I will address the hypothesis that OCT4 function in ESCs and PGCs requires the targeting of distinct cis-regulatory elements (CREs - enhancers and promoters) in the two systems. By comparing the genome-wide distribution of OCT4 in ESCs and PGCs, I will identify the OCT4-bound CREs specific for each cell type. Using bioinformatic tools, I will identify genes associated with these elements that distinguish between the transcriptional networks regulated by OCT4 in each cell type. In ESCs a decrease of OCT4 expression correlates with an increase in OCT4 binding to chromatin. To unveil the mechanisms underpinning this phenotype, I will perturb the OCT4 concentration in ESCs by combining targeted genome editing and protein degradation assays. I will extend studies of altering OCT4 concentration to PGCs using similar approaches. In addition, I will assess the hypothesis that physical interactions between CREs play a defining role in cell-specific gene expression. I will use 3D genome assays to determine whether the context-dependent function of OCT4 in ESCs and PGCs depends upon the regulation of distinct interactions between different sets of CREs in each cell type. Using cutting-edge assays, this action will shed light on the dual activity of OCT4 in ESCs and PGCs, providing new insights into stem cell biology.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panelCoordinador
EH8 9YL Edinburgh
Reino Unido