Description du projet
Un facteur de transcription commun permet de moduler les résultats, qu’il existe une ou plusieurs options
Au cours du développement embryonnaire, les cellules se différencient pour adopter des identités spécifiques. Les cellules souches embryonnaires pluripotentes peuvent donner naissance à tous les types de cellules qui composent un organisme. Les cellules germinales primordiales unipotentes peuvent donner naissance à un seul type de cellules, les gamètes. Il est intéressant de noter que le facteur de transcription OCT4 joue un rôle important dans la régulation génétique de ces deux types de cellules souches. Le projet OCTOBER, financé par l’UE, étudie l’hypothèse selon laquelle OCT4 cible des éléments réglementaires différents dans les deux lignées cellulaires. Les scientifiques identifieront les éléments de régulation liés aux OCT4 à l’échelle du génome et, grâce à la bio-informatique, détermineront les gènes associés à ces éléments. Des outils de génomique de haute technologie aideront l’équipe à élucider les mécanismes d’action des OCT4 dans ces deux types très différents de cellules souches.
Objectif
The development of an organism requires the fine-tuned balance between self-renewal and differentiation of pluripotent cells. Pluripotency is controlled by a group of transcription factors (TFs) that constitute the Pluripotency Gene Regulatory Network (PGRN). OCT4 is a core component of the PGRN and is required to specify pluripotency in vivo and to maintain pluripotency in vitro in embryonic stem cells (ESCs). OCT4 is also required for survival of unipotent primordial germ cells (PGCs). However, it is still not clear how a pluripotency-associated TF like OCT4 can also be required in both ESCs and in more differentiated cells. In this proposal, I will address the hypothesis that OCT4 function in ESCs and PGCs requires the targeting of distinct cis-regulatory elements (CREs - enhancers and promoters) in the two systems. By comparing the genome-wide distribution of OCT4 in ESCs and PGCs, I will identify the OCT4-bound CREs specific for each cell type. Using bioinformatic tools, I will identify genes associated with these elements that distinguish between the transcriptional networks regulated by OCT4 in each cell type. In ESCs a decrease of OCT4 expression correlates with an increase in OCT4 binding to chromatin. To unveil the mechanisms underpinning this phenotype, I will perturb the OCT4 concentration in ESCs by combining targeted genome editing and protein degradation assays. I will extend studies of altering OCT4 concentration to PGCs using similar approaches. In addition, I will assess the hypothesis that physical interactions between CREs play a defining role in cell-specific gene expression. I will use 3D genome assays to determine whether the context-dependent function of OCT4 in ESCs and PGCs depends upon the regulation of distinct interactions between different sets of CREs in each cell type. Using cutting-edge assays, this action will shed light on the dual activity of OCT4 in ESCs and PGCs, providing new insights into stem cell biology.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panelCoordinateur
EH8 9YL Edinburgh
Royaume-Uni