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Control of cell identity in pluripotent and germline cells by OCT4 orchestration of chromatin binding and enhancer regulation

Descrizione del progetto

Un fattore di trascrizione comune modula gli esiti, indipendentemente dall’esistenza di una o più opzioni

Durante lo sviluppo embrionale, le cellule si differenziano per assumere identità specifiche. Le cellule staminali embrionali pluripotenti possono dare origine a tutti i tipi di cellule che compongono un organismo. Le cellule germinali primordiali unipotenti possono dare origine a un solo tipo di cellula: i gameti. È interessante notare che il fattore di trascrizione OCT4 gioca un ruolo importante nella regolazione genetica di entrambi i tipi di cellule staminali. Il progetto OCTOBER, finanziato dall’UE, sta vagliando l’ipotesi che l’OCT4 interessi diversi elementi regolatori nelle due linee cellulari. Gli scienziati identificheranno i componenti regolatori associati all’OCT4 a livello genomico e, utilizzando la bioinformatica, determineranno i geni associati a questi elementi. Strumenti genomici altamente tecnologici aiuteranno il team a chiarire i meccanismi di azione dell’OCT4 in questi due tipi di cellule staminali molto diversi.

Obiettivo

The development of an organism requires the fine-tuned balance between self-renewal and differentiation of pluripotent cells. Pluripotency is controlled by a group of transcription factors (TFs) that constitute the Pluripotency Gene Regulatory Network (PGRN). OCT4 is a core component of the PGRN and is required to specify pluripotency in vivo and to maintain pluripotency in vitro in embryonic stem cells (ESCs). OCT4 is also required for survival of unipotent primordial germ cells (PGCs). However, it is still not clear how a pluripotency-associated TF like OCT4 can also be required in both ESCs and in more differentiated cells. In this proposal, I will address the hypothesis that OCT4 function in ESCs and PGCs requires the targeting of distinct cis-regulatory elements (CREs - enhancers and promoters) in the two systems. By comparing the genome-wide distribution of OCT4 in ESCs and PGCs, I will identify the OCT4-bound CREs specific for each cell type. Using bioinformatic tools, I will identify genes associated with these elements that distinguish between the transcriptional networks regulated by OCT4 in each cell type. In ESCs a decrease of OCT4 expression correlates with an increase in OCT4 binding to chromatin. To unveil the mechanisms underpinning this phenotype, I will perturb the OCT4 concentration in ESCs by combining targeted genome editing and protein degradation assays. I will extend studies of altering OCT4 concentration to PGCs using similar approaches. In addition, I will assess the hypothesis that physical interactions between CREs play a defining role in cell-specific gene expression. I will use 3D genome assays to determine whether the context-dependent function of OCT4 in ESCs and PGCs depends upon the regulation of distinct interactions between different sets of CREs in each cell type. Using cutting-edge assays, this action will shed light on the dual activity of OCT4 in ESCs and PGCs, providing new insights into stem cell biology.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF-EF-RI - RI – Reintegration panel

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 212 933,76
Indirizzo
OLD COLLEGE, SOUTH BRIDGE
EH8 9YL Edinburgh
Regno Unito

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Regione
Scotland Eastern Scotland Edinburgh
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 212 933,76
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