Rational Engineering of Synthetic Systems for Propagation of Information via Catalytic Assembly of Copies

Información del proyecto

RESSPICAC

Identificador del acuerdo de subvención: 851910

DOI

10.3030/851910

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 30 Octubre 2019

Fecha de inicio 1 Noviembre 2019

Fecha de finalización 31 Diciembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 499 433,00

Aportación de la UE

€ 1 499 433,00

Coordinado por

IMPERIAL COLLEGE OF SCIENCE TECHNOLOGY AND MEDICINE
United Kingdom

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Develop a Data Management Plan (DMP) to help provide open access to research data

Publicaciones

Peer reviewed articles (11)

Thermodynamic limits in far-from-equilibrium molecular templating networks

Autores: Benjamin Qureshi, Jenny M. Poulton, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: Newton, Edición 2, 2026, Página(s) 100302, ISSN 2950-6360
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.newton.2025.100302

A universal method for analyzing copolymer growth

Autores: Benjamin Qureshi, Jordan Juritz, Jenny M. Poulton, Adrian Beersing-Vasquez, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: The Journal of Chemical Physics, Edición 158, 2023, Página(s) 104906, ISSN 0021-9606
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0133489

Kinetic Proofreading Can Enhance Specificity in a Nonenzymatic DNA Strand Displacement Network

Autores: Rakesh Mukherjee, Aditya Sengar, Javier Cabello-García, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: Journal of the American Chemical Society, Edición 146, 2024, Página(s) 18916-18926, ISSN 0002-7863
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c14673

The interplay of heterogeneity and product detachment in templated polymer copying

Autores: Jeremy E. B. Guntoro, Benjamin J. Qureshi, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: The Journal of Chemical Physics, Edición 162, 2025, ISSN 0021-9606
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0245687

Minimal mechanism for cyclic templating of length-controlled copolymers under isothermal conditions

Autores: Jordan Juritz; Jenny M. Poulton; Thomas E. Ouldridge
Publicado en: Journal of Chemical Physics, Edición 156, 2022, Página(s) 074103, ISSN 0021-9606
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0077865

Overcoming the Speed Limit of Four-Way DNA Branch Migration with Bulges in Toeholds

Autores: Samia Bakhtawar, Francesca Smith, Aditya Sengar, Guy-Bart V. Stan, John Goertz, Molly Stevens, Thomas E. Ouldridge, Wooli Bae
Publicado en: Nano Letters, Edición 25, 2025, Página(s) 13772-13779, ISSN 1530-6984
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5c03063

Information propagation through enzyme-free catalytic templating of DNA dimerization with weak product inhibition

Autores: Javier Cabello-Garcia, Rakesh Mukherjee, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: Nature Chemistry, Edición 17, 2025, Página(s) 1179-1187, ISSN 1755-4330
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-025-01831-x

Design of DNA strand displacement reactions

Autores: Križan Jurinović, Merry Mitra, Rakesh Mukherjee, Thomas E Ouldridge
Publicado en: Current Opinion in Biotechnology, Edición 97, 2026, Página(s) 103396, ISSN 0958-1669
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2025.103396

Handhold-Mediated Strand Displacement: A Nucleic Acid Based Mechanism for Generating Far-from-Equilibrium Assemblies through Templated Reactions

Autores: Javier Cabello-Garcia, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Publicado en: ACS Nano, Edición 15/2, 2021, Página(s) 3272-3283, ISSN 1936-0851
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c10068

Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics

Autores: Dack, Alexander; Qureshi, Benjamin; Ouldridge, Thomas E.; Plesa, Tomislav
Publicado en: Cell Systems, Edición in press, 2026, ISSN 2405-4720
Editor: Elsevier
DOI: 10.48550/arxiv.2406.03456

A Primer on the oxDNA Model of DNA: When to Use it, How to Simulate it and How to Interpret the Results

Autores: A. Sengar, T. E. Ouldridge, O. Henrich, L. Rovigatti, P. Šulc
Publicado en: Frontiers in Molecular Biosciences, Edición 8, 2021, ISSN 2296-889X
Editor: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.693710

Non-peer reviewed articles (1)

Setting a direction for molecular recognition

Autores: Thomas E. Ouldridge, Rakesh Mukherjee
Publicado en: Nature Nanotechnology, Edición 20, 2025, Página(s) 1359-1360, ISSN 1748-3387
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-025-01997-y