Rational Engineering of Synthetic Systems for Propagation of Information via Catalytic Assembly of Copies

Informazioni relative al progetto

RESSPICAC

ID dell’accordo di sovvenzione: 851910

DOI

10.3030/851910

Progetto chiuso

Data della firma CE 30 Ottobre 2019

Data di avvio 1 Novembre 2019

Data di completamento 31 Dicembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 499 433,00

Contributo UE

€ 1 499 433,00

Coordinato da

IMPERIAL COLLEGE OF SCIENCE TECHNOLOGY AND MEDICINE
United Kingdom

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Develop a Data Management Plan (DMP) to help provide open access to research data

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (11)

Thermodynamic limits in far-from-equilibrium molecular templating networks

Autori: Benjamin Qureshi, Jenny M. Poulton, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: Newton, Numero 2, 2026, Pagina/e 100302, ISSN 2950-6360
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.newton.2025.100302

A universal method for analyzing copolymer growth

Autori: Benjamin Qureshi, Jordan Juritz, Jenny M. Poulton, Adrian Beersing-Vasquez, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: The Journal of Chemical Physics, Numero 158, 2023, Pagina/e 104906, ISSN 0021-9606
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0133489

Kinetic Proofreading Can Enhance Specificity in a Nonenzymatic DNA Strand Displacement Network

Autori: Rakesh Mukherjee, Aditya Sengar, Javier Cabello-García, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: Journal of the American Chemical Society, Numero 146, 2024, Pagina/e 18916-18926, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c14673

The interplay of heterogeneity and product detachment in templated polymer copying

Autori: Jeremy E. B. Guntoro, Benjamin J. Qureshi, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: The Journal of Chemical Physics, Numero 162, 2025, ISSN 0021-9606
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0245687

Minimal mechanism for cyclic templating of length-controlled copolymers under isothermal conditions

Autori: Jordan Juritz; Jenny M. Poulton; Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: Journal of Chemical Physics, Numero 156, 2022, Pagina/e 074103, ISSN 0021-9606
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0077865

Overcoming the Speed Limit of Four-Way DNA Branch Migration with Bulges in Toeholds

Autori: Samia Bakhtawar, Francesca Smith, Aditya Sengar, Guy-Bart V. Stan, John Goertz, Molly Stevens, Thomas E. Ouldridge, Wooli Bae
Pubblicato in: Nano Letters, Numero 25, 2025, Pagina/e 13772-13779, ISSN 1530-6984
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5c03063

Information propagation through enzyme-free catalytic templating of DNA dimerization with weak product inhibition

Autori: Javier Cabello-Garcia, Rakesh Mukherjee, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: Nature Chemistry, Numero 17, 2025, Pagina/e 1179-1187, ISSN 1755-4330
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-025-01831-x

Design of DNA strand displacement reactions

Autori: Križan Jurinović, Merry Mitra, Rakesh Mukherjee, Thomas E Ouldridge
Pubblicato in: Current Opinion in Biotechnology, Numero 97, 2026, Pagina/e 103396, ISSN 0958-1669
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2025.103396

Handhold-Mediated Strand Displacement: A Nucleic Acid Based Mechanism for Generating Far-from-Equilibrium Assemblies through Templated Reactions

Autori: Javier Cabello-Garcia, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Pubblicato in: ACS Nano, Numero 15/2, 2021, Pagina/e 3272-3283, ISSN 1936-0851
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c10068

Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics

Autori: Dack, Alexander; Qureshi, Benjamin; Ouldridge, Thomas E.; Plesa, Tomislav
Pubblicato in: Cell Systems, Numero in press, 2026, ISSN 2405-4720
Editore: Elsevier
DOI: 10.48550/arxiv.2406.03456

A Primer on the oxDNA Model of DNA: When to Use it, How to Simulate it and How to Interpret the Results

Autori: A. Sengar, T. E. Ouldridge, O. Henrich, L. Rovigatti, P. Šulc
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 8, 2021, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.693710

Non-peer reviewed articles (1)

Setting a direction for molecular recognition

Autori: Thomas E. Ouldridge, Rakesh Mukherjee
Pubblicato in: Nature Nanotechnology, Numero 20, 2025, Pagina/e 1359-1360, ISSN 1748-3387
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-025-01997-y