Rational Engineering of Synthetic Systems for Propagation of Information via Catalytic Assembly of Copies

Informations projet

RESSPICAC

N° de convention de subvention: 851910

DOI

10.3030/851910

Projet clôturé

Date de signature de la CE 30 Octobre 2019

Date de début 1 Novembre 2019

Date de fin 31 Decembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 433,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 433,00

Coordonné par

IMPERIAL COLLEGE OF SCIENCE TECHNOLOGY AND MEDICINE
United Kingdom

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Develop a Data Management Plan (DMP) to help provide open access to research data

Publications

Peer reviewed articles (11)

Thermodynamic limits in far-from-equilibrium molecular templating networks

Auteurs: Benjamin Qureshi, Jenny M. Poulton, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: Newton, Numéro 2, 2026, Page(s) 100302, ISSN 2950-6360
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.newton.2025.100302

A universal method for analyzing copolymer growth

Auteurs: Benjamin Qureshi, Jordan Juritz, Jenny M. Poulton, Adrian Beersing-Vasquez, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 158, 2023, Page(s) 104906, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0133489

Kinetic Proofreading Can Enhance Specificity in a Nonenzymatic DNA Strand Displacement Network

Auteurs: Rakesh Mukherjee, Aditya Sengar, Javier Cabello-García, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 146, 2024, Page(s) 18916-18926, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c14673

The interplay of heterogeneity and product detachment in templated polymer copying

Auteurs: Jeremy E. B. Guntoro, Benjamin J. Qureshi, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 162, 2025, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0245687

Minimal mechanism for cyclic templating of length-controlled copolymers under isothermal conditions

Auteurs: Jordan Juritz; Jenny M. Poulton; Thomas E. Ouldridge
Publié dans: Journal of Chemical Physics, Numéro 156, 2022, Page(s) 074103, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0077865

Overcoming the Speed Limit of Four-Way DNA Branch Migration with Bulges in Toeholds

Auteurs: Samia Bakhtawar, Francesca Smith, Aditya Sengar, Guy-Bart V. Stan, John Goertz, Molly Stevens, Thomas E. Ouldridge, Wooli Bae
Publié dans: Nano Letters, Numéro 25, 2025, Page(s) 13772-13779, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5c03063

Information propagation through enzyme-free catalytic templating of DNA dimerization with weak product inhibition

Auteurs: Javier Cabello-Garcia, Rakesh Mukherjee, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: Nature Chemistry, Numéro 17, 2025, Page(s) 1179-1187, ISSN 1755-4330
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-025-01831-x

Design of DNA strand displacement reactions

Auteurs: Križan Jurinović, Merry Mitra, Rakesh Mukherjee, Thomas E Ouldridge
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 97, 2026, Page(s) 103396, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2025.103396

Handhold-Mediated Strand Displacement: A Nucleic Acid Based Mechanism for Generating Far-from-Equilibrium Assemblies through Templated Reactions

Auteurs: Javier Cabello-Garcia, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Publié dans: ACS Nano, Numéro 15/2, 2021, Page(s) 3272-3283, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c10068

Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics

Auteurs: Dack, Alexander; Qureshi, Benjamin; Ouldridge, Thomas E.; Plesa, Tomislav
Publié dans: Cell Systems, Numéro in press, 2026, ISSN 2405-4720
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.48550/arxiv.2406.03456

A Primer on the oxDNA Model of DNA: When to Use it, How to Simulate it and How to Interpret the Results

Auteurs: A. Sengar, T. E. Ouldridge, O. Henrich, L. Rovigatti, P. Šulc
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 8, 2021, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.693710

Non-peer reviewed articles (1)

Setting a direction for molecular recognition

Auteurs: Thomas E. Ouldridge, Rakesh Mukherjee
Publié dans: Nature Nanotechnology, Numéro 20, 2025, Page(s) 1359-1360, ISSN 1748-3387
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-025-01997-y