Rational Engineering of Synthetic Systems for Propagation of Information via Catalytic Assembly of Copies

Projektinformationen

RESSPICAC

ID Finanzhilfevereinbarung: 851910

DOI

10.3030/851910

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 30 Oktober 2019

Startdatum 1 November 2019

Enddatum 31 Dezember 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 433,00

EU-Beitrag

€ 1 499 433,00

Koordiniert durch

IMPERIAL COLLEGE OF SCIENCE TECHNOLOGY AND MEDICINE
United Kingdom

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Develop a Data Management Plan (DMP) to help provide open access to research data

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (11)

Thermodynamic limits in far-from-equilibrium molecular templating networks

Autoren: Benjamin Qureshi, Jenny M. Poulton, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: Newton, Ausgabe 2, 2026, Seite(n) 100302, ISSN 2950-6360
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.newton.2025.100302

A universal method for analyzing copolymer growth

Autoren: Benjamin Qureshi, Jordan Juritz, Jenny M. Poulton, Adrian Beersing-Vasquez, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 158, 2023, Seite(n) 104906, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0133489

Kinetic Proofreading Can Enhance Specificity in a Nonenzymatic DNA Strand Displacement Network

Autoren: Rakesh Mukherjee, Aditya Sengar, Javier Cabello-García, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, Seite(n) 18916-18926, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c14673

The interplay of heterogeneity and product detachment in templated polymer copying

Autoren: Jeremy E. B. Guntoro, Benjamin J. Qureshi, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 162, 2025, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0245687

Minimal mechanism for cyclic templating of length-controlled copolymers under isothermal conditions

Autoren: Jordan Juritz; Jenny M. Poulton; Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Physics, Ausgabe 156, 2022, Seite(n) 074103, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0077865

Overcoming the Speed Limit of Four-Way DNA Branch Migration with Bulges in Toeholds

Autoren: Samia Bakhtawar, Francesca Smith, Aditya Sengar, Guy-Bart V. Stan, John Goertz, Molly Stevens, Thomas E. Ouldridge, Wooli Bae
Veröffentlicht in: Nano Letters, Ausgabe 25, 2025, Seite(n) 13772-13779, ISSN 1530-6984
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5c03063

Information propagation through enzyme-free catalytic templating of DNA dimerization with weak product inhibition

Autoren: Javier Cabello-Garcia, Rakesh Mukherjee, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: Nature Chemistry, Ausgabe 17, 2025, Seite(n) 1179-1187, ISSN 1755-4330
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-025-01831-x

Design of DNA strand displacement reactions

Autoren: Križan Jurinović, Merry Mitra, Rakesh Mukherjee, Thomas E Ouldridge
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 97, 2026, Seite(n) 103396, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2025.103396

Handhold-Mediated Strand Displacement: A Nucleic Acid Based Mechanism for Generating Far-from-Equilibrium Assemblies through Templated Reactions

Autoren: Javier Cabello-Garcia, Wooli Bae, Guy-Bart V. Stan, Thomas E. Ouldridge
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 15/2, 2021, Seite(n) 3272-3283, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c10068

Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics

Autoren: Dack, Alexander; Qureshi, Benjamin; Ouldridge, Thomas E.; Plesa, Tomislav
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe in press, 2026, ISSN 2405-4720
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.48550/arxiv.2406.03456

A Primer on the oxDNA Model of DNA: When to Use it, How to Simulate it and How to Interpret the Results

Autoren: A. Sengar, T. E. Ouldridge, O. Henrich, L. Rovigatti, P. Šulc
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Ausgabe 8, 2021, ISSN 2296-889X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2021.693710

Non-peer reviewed articles (1)

Setting a direction for molecular recognition

Autoren: Thomas E. Ouldridge, Rakesh Mukherjee
Veröffentlicht in: Nature Nanotechnology, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) 1359-1360, ISSN 1748-3387
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-025-01997-y