Bright, coherent and focused light to resolve neural circuits

Informations projet

BRILLIANCE

N° de convention de subvention: 852455

DOI

10.3030/852455

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Février 2020

Date de début 1 Mars 2020

Date de fin 28 Février 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 430 275,00

Contribution de l’UE

€ 1 430 275,00

Coordonné par

EUROPEAN SYNCHROTRON RADIATION FACILITY
France

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Open Research Data Pilot

Publications

Peer reviewed articles (10)

Dense neuronal reconstruction through X-ray holographic nano-tomography

Auteurs: Aaron T. Kuan, Jasper S. Phelps, Logan A. Thomas, Tri M. Nguyen, Julie Han, Chiao-Lin Chen, Anthony W. Azevedo, John C. Tuthill, Jan Funke, Peter Cloetens, Alexandra Pacureanu, Wei-Chung Allen Lee
Publié dans: Nature Neuroscience, Numéro 23/12, 2020, Page(s) 1637-1643, ISSN 1097-6256
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-020-0704-9

Functional and multiscale 3D structural investigation of brain tissue through correlative in vivo physiology, synchrotron microtomography and volume electron microscopy

Auteurs: Carles Bosch, Tobias Ackels, Alexandra Pacureanu, Yuxin Zhang, Christopher J. Peddie, Manuel Berning, Norman Rzepka, Marie-Christine Zdora, Isabell Whiteley, Malte Storm, Anne Bonnin, Christoph Rau, Troy Margrie, Lucy Collinson & Andreas T. Schaefer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30199-6

Sample Preparation and Warping Accuracy for Correlative Multimodal Imaging in the Mouse Olfactory Bulb Using 2-Photon, Synchrotron X-Ray and Volume Electron Microscopy

Auteurs: Yuxin Zhang, Tobias Ackels, Alexandra Pacureanu, Marie-Christine Zdora, Anne Bonnin, Andreas T Schaefer, Carles Bosch
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 2296634X, 2022, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2022.880696

Biomechanical origins of proprioceptor feature selectivity and topographic maps in the Drosophila leg

Auteurs: Akira Mamiya, Anne Sustar, Igor Siwanowicz, Yanyan Qi, Tzu-Chiao Lu, Pralaksha Gurung, Chenghao Chen, Jasper S. Phelps, Aaron T. Kuan, Alexandra Pacureanu, Wei-Chung Allen Lee, Hongjie Li, Natasha Mhatre, John C. Tuthill
Publié dans: Neuron, Numéro 111, 2024, Page(s) 3230-3243.e14, ISSN 0896-6273
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2023.07.009

Nondestructive X-ray tomography of brain tissue ultrastructure

Auteurs: Carles Bosch, Tomas Aidukas, Mirko Holler, Alexandra Pacureanu, Elisabeth Müller, Christopher J. Peddie, Yuxin Zhang, Phil Cook, Lucy Collinson, Oliver Bunk, Andreas Menzel, Manuel Guizar-Sicairos, Gabriel Aeppli, Ana Diaz, Adrian A. Wanner, Andreas T. Schaefer
Publié dans: Nature Methods, Numéro 22, 2025, Page(s) 2631-2638, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02891-0

Connectomic reconstruction of a female Drosophila ventral nerve cord

Auteurs: Anthony Azevedo, Ellen Lesser, Jasper S. Phelps, Brandon Mark, Leila Elabbady, Sumiya Kuroda, Anne Sustar, Anthony Moussa, Avinash Khandelwal, Chris J. Dallmann, Sweta Agrawal, Su-Yee J. Lee, Brandon Pratt, Andrew Cook, Kyobi Skutt-Kakaria, Stephan Gerhard, Ran Lu, Nico Kemnitz, Kisuk Lee, Akhilesh Halageri, Manuel Castro, Dodam Ih, Jay Gager, Marwan Tammam, Sven Dorkenwald, Forrest Collman, Casey
Publié dans: Nature, Numéro 631, 2024, Page(s) 360-368, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07389-x

Scaling up X-ray holographic nanotomography for neuronal tissue imaging

Auteurs: Jayde Livingstone, Carles Bosch, Aaron T. Kuan, Lucas Benoït, Paolo Busca, Thierry Martin, Mohd F. E. B. Mazri, Wangchu Xiang, Wei-Chung Allen Lee, Andreas T. Schaefer, Peter Cloetens, Alexandra Pacureanu
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 16, 2025, Page(s) 2047, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.559263

Femtosecond laser preparation of resin embedded samples for correlative microscopy workflows in life sciences

Auteurs: C Bosch, J Lindenau, A Pacureanu, CJ Peddie, M Majkut, AC Douglas, R Carzaniga, A Rack, L Collinson, AT Schaefer, H Stegmann
Publié dans: Applied Physiscs Letters, 2024, ISSN 1077-3118
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1101/2023.01.10.523473

Critical point drying of brain tissue for X-ray phase-contrast imaging

Auteurs: Safe Khan, Jonas Albers, Artem Vorobyev, Yuxin Zhang, Jakob Reichmann, Angelika Svetlove, Fabio De Marco, Ksenia Denisova, Yikai Yang, Florent Seichepine, James O. Douglas, Elizabeth Duke, Peter Cloetens, Alexandra Pacureanu, Andreas T. Schaefer, Carles Bosch
Publié dans: Journal of Synchrotron Radiation, Numéro 33, 2026, Page(s) 759-768, ISSN 1600-5775
Éditeur: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/s1600577526001402

Experimental comparison of X-ray ptychographic and holographic nanotomography of metal-stained neuronal tissue

Auteurs: Alexandra Pacureanu, Thomas Thies, Carles Bosch, Mirko Holler, Manuel Guizar-Sicairos, Elisabeth Müller, Joakim Reuteler, Dmitry Karpov, Andreas T. Schaefer, Peter Cloetens, Andreas Menzel, Ana Diaz
Publié dans: Optics Express, Numéro 33, 2025, Page(s) 26915, ISSN 1094-4087
Éditeur: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.563186

Conference proceedings (3)

The XPRESS Challenge: Xray Projectomic Reconstruction -- Extracting Segmentation with Skeletons

Auteurs: Nguyen, Tri; Narwani, Mukul; Larson, Mark; Li, Yicong; Xie, Shuhan; Pfister, Hanspeter; Wei, Donglai; Shavit, Nir; Mi, Lu; Pacureanu, Alexandra; Lee, Wei-Chung; Kuan, Aaron T.
Publié dans: 2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Numéro 1, 2023
Éditeur: IEEE

MAE-XNT: A Foundation Model for Segmenting Neuronal Tissue VolumesGenerated with X-Ray Nanotomography

Auteurs: Alfred Laugros, Sebastien Roig, Alexandra Pacureanu
Publié dans: Computer Vision and Pattern Recognition, 2026
Éditeur: IEEE

X-Ray2EM: Uncertainty-Aware Cross-Modality Image Reconstruction from X-Ray to Electron Microscopy in Connectomics

Auteurs: Yicong Li, Yaron Meirovitch, Aaron T. Kuan, Jasper S. Phelps, Alexandra Pacureanu, Wei-Chung Allen Lee, Nir Shavit, Lu Mi
Publié dans: 2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2023, Page(s) 1-5
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/isbi53787.2023.10230759

Other (2)

Self-supervised image restoration in coherent X-ray neuronal microscopy

Auteurs: Alfred Laugros, Peter Cloetens, Carles Bosch, Richard Schoonhoven, Liam Pavlovic, Aaron T. Kuan, Jayde Livingstone, Yuxin Zhang, Minsu Kim, Allard Hendriksen, Mirko Holler, Adrian A. Wanner, Anthony Azevedo, K. Joost Batenburg, John C. Tuthill, Wei-Chung Allen Lee, Andreas T. Schaefer, Nicola Vigano, Alexandra Pacureanu
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.02.10.633538

Structure-Function Mapping of Olfactory Bulb Circuits with Synchrotron X-ray Nanotomography

Auteurs: Yuxin Zhang, Carles Bosch, Tobias Ackels, Alfred Laugros, Anne Bonnin, Jayde Livingstone, Carsten Waltenberg, Manuel Berning, Sina Tootoonian, Mihaly Kollo, Andrea Nathansen, Norman Rzepka, Peter Cloetens, Alexandra Pacureanu, Andreas T. Schaefer
Publié dans: bioRxiv, 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.24.650439