Model-guided Engineering of Complex Microbial Communities

Información del proyecto

ModEM

Identificador del acuerdo de subvención: 866028

DOI

10.3030/866028

Fecha de la firma de la CE 22 Septiembre 2020

Fecha de inicio 1 Octubre 2020

Fecha de finalización 31 Marzo 2027

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 995 818,00

Aportación de la UE

€ 1 995 818,00

Coordinado por

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Publicaciones

Other (6)

<i>Bacteroides</i> -driven metabolic remodelling suppresses <i>Clostridioides difficile</i> toxin expression in mixed biofilm communities

Autores: Kavana Kalea Bywater-Brenna, Simran Kaur Aulakh, Kiran Raosaheb Patil, Niranjan Nagarajan, Meera Unnikrishnan
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.03.674004

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autores: Francisco Zorrilla, Kiran R. Patil, Aleksej Zelezniak
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.31.424982

Fluctuating Environment Can Negate Cheater Success Due to Speed-Agility Trade-Off

Autores: Naomi Iris van den Berg, Lajos Kalmar, Kiran R. Patil
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.06.03.446957

Impact of low-calorie sweeteners on gut bacteria is modulated by common xenobiotics

Autores: Sonja Blasche, Vinita Periwal, Nonantzin Beristain Covarrubias, Anna Lindell, Indra Roux, Stephan Kamrad, Rob Bradley, Rui Guan, Hilal Ozgur, Bini Ramachandran, Vladimir Benes, Kiran Raosaheb Patil
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.28.645995

Interspecies interactions drive bacterial proteome reorganisation and emergent metabolism

Autores: Stephan Kamrad, Simone Mozzachiodi, Sonja Blasche, Simran K. Aulakh, David Scheidweiler, Arianna Basile, Rui Guan, Rob Bradley, Naomi Iris van den Berg, Michael Mülleder, Markus Ralser, Kiran R. Patil
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.05.14.653412

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed selection niches

Autores: Paula Jouhten, Dimitrios Konstantinidis, Filipa Pereira, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Payam Ghiachi, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Albert Mas, Jonas Warringer, Ramon Gonzalez, Pilar Morales, Kiran R. Patil
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.05.14.443989

Peer reviewed articles (9)

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autores: Francisco Zorrilla, Filip Buric, Kiran R Patil, Aleksej Zelezniak
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab815

Unravelling metabolic cross‐feeding in a yeast–bacteria community using <scp> ¹³ C </scp> ‐based proteomics

Autores: Natalia Gabrielli; Christoniki Maga‐Nteve; Eleni Kafkia; Mandy Rettel; Jakob Loeffler; Stephan Kamrad; Athanasios Typas; Kiran Raosaheb Patil
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 1, 2023, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211501

Adaptive laboratory evolution of microbial co‐cultures for improved metabolite secretion

Autores: Dimitrios Konstantinidis; Filipa Pereira; Eva‐Maria Geissen; Kristina Grkovska; Eleni Kafkia; Paula Jouhten; Yongkyu Kim; Saravanan Devendran; Michael Zimmermann; Kiran Raosaheb Patil
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 17:e10189, 2021, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010189

Highly parallelized laboratory evolution of wine yeasts for enhanced metabolic phenotypes

Autores: Payam Ghiaci, Paula Jouhten, Nikolay Martyushenko, Helena Roca-Mesa, Jennifer Vázquez, Dimitrios Konstantinidis, Simon Stenberg, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Albert Mas, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Kiran R Patil, Jonas Warringer
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 20, 2025, Página(s) 1109-1133, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00059-0

Impact of drugs and environmental contaminants on amine production by gut bacteria

Autores: Stephan Kamrad, Tara F Davis, Kiran R Patil
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 21, 2025, Página(s) 1351-1370, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00130-4

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed environments

Autores: Jouhten, Paula; Konstantinidis, Dimitrios; Pereira, Filipa; Andrejev, Sergej; Grkovska, Kristina; Castillo, Sandra; Ghiachi, Payam; Beltran, Gemma; Almaas, Eivind; Mas, Albert; Warringer, Jonas; Gonzalez, Ramon; Morales, Pilar; Patil, Kiran R.; 0000-0003-1075-7448; 0000-0002-9125-326X; 0000-0002-0763-1679; 0000-0001-6144-2740; 0000-0002-0130-6111; 0000-0002-6166-8640
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 2, 2022, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202210980

Conformable Device for Independent Measurements of Mucosal and Vascular Barriers in a Complex In Vitro Intestinal Model

Autores: Alexandra Elisabeth Wheeler, Sonja Blasche, Rob Bradley, Rachana Acharya, Sophie Oldroyd, David Bulmer, Kiran R. Patil, Róisín Meabh Owens
Publicado en: Advanced Science, Edición 13, 2026, ISSN 2198-3844
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202511686

Ecological modelling approaches for predicting emergent properties in microbial communities

Autores: Naomi Iris van den Berg, Daniel Machado, Sophia Santos, Isabel Rocha, Jeremy Chacón, William Harcombe, Sara Mitri & Kiran R. Patil
Publicado en: Nature Ecology and Evolution, 2022, ISSN 2397-334X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-022-01746-7

Microbial interactions shape cheese flavour formation

Autores: Chrats Melkonian, Francisco Zorrilla, Inge Kjærbølling, Sonja Blasche, Daniel Machado, Mette Junge, Kim Ib Sørensen, Lene Tranberg Andersen, Kiran R. Patil, Ahmad A. Zeidan
Publicado en: Nature Communications, Edición 14, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41059-2

Thesis and dissertations (1)

Mathematical Modelling of Emergent Survival in Microbial Communities

Autores: van den Berg, Naomi
Publicado en: 2025
Editor: University of Cambridge
DOI: 10.17863/cam.119712