Model-guided Engineering of Complex Microbial Communities

Informations projet

ModEM

N° de convention de subvention: 866028

DOI

10.3030/866028

Date de signature de la CE 22 Septembre 2020

Date de début 1 Octobre 2020

Date de fin 31 Mars 2027

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 995 818,00

Contribution de l’UE

€ 1 995 818,00

Coordonné par

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Other (6)

<i>Bacteroides</i> -driven metabolic remodelling suppresses <i>Clostridioides difficile</i> toxin expression in mixed biofilm communities

Auteurs: Kavana Kalea Bywater-Brenna, Simran Kaur Aulakh, Kiran Raosaheb Patil, Niranjan Nagarajan, Meera Unnikrishnan
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.03.674004

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Auteurs: Francisco Zorrilla, Kiran R. Patil, Aleksej Zelezniak
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.31.424982

Fluctuating Environment Can Negate Cheater Success Due to Speed-Agility Trade-Off

Auteurs: Naomi Iris van den Berg, Lajos Kalmar, Kiran R. Patil
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.06.03.446957

Impact of low-calorie sweeteners on gut bacteria is modulated by common xenobiotics

Auteurs: Sonja Blasche, Vinita Periwal, Nonantzin Beristain Covarrubias, Anna Lindell, Indra Roux, Stephan Kamrad, Rob Bradley, Rui Guan, Hilal Ozgur, Bini Ramachandran, Vladimir Benes, Kiran Raosaheb Patil
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.28.645995

Interspecies interactions drive bacterial proteome reorganisation and emergent metabolism

Auteurs: Stephan Kamrad, Simone Mozzachiodi, Sonja Blasche, Simran K. Aulakh, David Scheidweiler, Arianna Basile, Rui Guan, Rob Bradley, Naomi Iris van den Berg, Michael Mülleder, Markus Ralser, Kiran R. Patil
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.05.14.653412

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed selection niches

Auteurs: Paula Jouhten, Dimitrios Konstantinidis, Filipa Pereira, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Payam Ghiachi, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Albert Mas, Jonas Warringer, Ramon Gonzalez, Pilar Morales, Kiran R. Patil
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.05.14.443989

Peer reviewed articles (9)

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Auteurs: Francisco Zorrilla, Filip Buric, Kiran R Patil, Aleksej Zelezniak
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab815

Unravelling metabolic cross‐feeding in a yeast–bacteria community using <scp> ¹³ C </scp> ‐based proteomics

Auteurs: Natalia Gabrielli; Christoniki Maga‐Nteve; Eleni Kafkia; Mandy Rettel; Jakob Loeffler; Stephan Kamrad; Athanasios Typas; Kiran Raosaheb Patil
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 1, 2023, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211501

Adaptive laboratory evolution of microbial co‐cultures for improved metabolite secretion

Auteurs: Dimitrios Konstantinidis; Filipa Pereira; Eva‐Maria Geissen; Kristina Grkovska; Eleni Kafkia; Paula Jouhten; Yongkyu Kim; Saravanan Devendran; Michael Zimmermann; Kiran Raosaheb Patil
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17:e10189, 2021, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010189

Highly parallelized laboratory evolution of wine yeasts for enhanced metabolic phenotypes

Auteurs: Payam Ghiaci, Paula Jouhten, Nikolay Martyushenko, Helena Roca-Mesa, Jennifer Vázquez, Dimitrios Konstantinidis, Simon Stenberg, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Albert Mas, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Kiran R Patil, Jonas Warringer
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 20, 2025, Page(s) 1109-1133, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00059-0

Impact of drugs and environmental contaminants on amine production by gut bacteria

Auteurs: Stephan Kamrad, Tara F Davis, Kiran R Patil
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 21, 2025, Page(s) 1351-1370, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00130-4

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed environments

Auteurs: Jouhten, Paula; Konstantinidis, Dimitrios; Pereira, Filipa; Andrejev, Sergej; Grkovska, Kristina; Castillo, Sandra; Ghiachi, Payam; Beltran, Gemma; Almaas, Eivind; Mas, Albert; Warringer, Jonas; Gonzalez, Ramon; Morales, Pilar; Patil, Kiran R.; 0000-0003-1075-7448; 0000-0002-9125-326X; 0000-0002-0763-1679; 0000-0001-6144-2740; 0000-0002-0130-6111; 0000-0002-6166-8640
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 2, 2022, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202210980

Conformable Device for Independent Measurements of Mucosal and Vascular Barriers in a Complex In Vitro Intestinal Model

Auteurs: Alexandra Elisabeth Wheeler, Sonja Blasche, Rob Bradley, Rachana Acharya, Sophie Oldroyd, David Bulmer, Kiran R. Patil, Róisín Meabh Owens
Publié dans: Advanced Science, Numéro 13, 2026, ISSN 2198-3844
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202511686

Ecological modelling approaches for predicting emergent properties in microbial communities

Auteurs: Naomi Iris van den Berg, Daniel Machado, Sophia Santos, Isabel Rocha, Jeremy Chacón, William Harcombe, Sara Mitri & Kiran R. Patil
Publié dans: Nature Ecology and Evolution, 2022, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-022-01746-7

Microbial interactions shape cheese flavour formation

Auteurs: Chrats Melkonian, Francisco Zorrilla, Inge Kjærbølling, Sonja Blasche, Daniel Machado, Mette Junge, Kim Ib Sørensen, Lene Tranberg Andersen, Kiran R. Patil, Ahmad A. Zeidan
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41059-2

Thesis and dissertations (1)

Mathematical Modelling of Emergent Survival in Microbial Communities

Auteurs: van den Berg, Naomi
Publié dans: 2025
Éditeur: University of Cambridge
DOI: 10.17863/cam.119712