Model-guided Engineering of Complex Microbial Communities

Informacje na temat projektu

ModEM

Identyfikator umowy o grant: 866028

DOI

10.3030/866028

Data podpisania przez KE 22 Września 2020

Data rozpoczęcia 1 Października 2020

Data zakończenia 31 Marca 2027

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 995 818,00

Wkład UE

€ 1 995 818,00

Koordynowany przez

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Other (6)

<i>Bacteroides</i> -driven metabolic remodelling suppresses <i>Clostridioides difficile</i> toxin expression in mixed biofilm communities

Autorzy: Kavana Kalea Bywater-Brenna, Simran Kaur Aulakh, Kiran Raosaheb Patil, Niranjan Nagarajan, Meera Unnikrishnan
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.03.674004

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autorzy: Francisco Zorrilla, Kiran R. Patil, Aleksej Zelezniak
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.31.424982

Fluctuating Environment Can Negate Cheater Success Due to Speed-Agility Trade-Off

Autorzy: Naomi Iris van den Berg, Lajos Kalmar, Kiran R. Patil
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.06.03.446957

Impact of low-calorie sweeteners on gut bacteria is modulated by common xenobiotics

Autorzy: Sonja Blasche, Vinita Periwal, Nonantzin Beristain Covarrubias, Anna Lindell, Indra Roux, Stephan Kamrad, Rob Bradley, Rui Guan, Hilal Ozgur, Bini Ramachandran, Vladimir Benes, Kiran Raosaheb Patil
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.28.645995

Interspecies interactions drive bacterial proteome reorganisation and emergent metabolism

Autorzy: Stephan Kamrad, Simone Mozzachiodi, Sonja Blasche, Simran K. Aulakh, David Scheidweiler, Arianna Basile, Rui Guan, Rob Bradley, Naomi Iris van den Berg, Michael Mülleder, Markus Ralser, Kiran R. Patil
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.05.14.653412

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed selection niches

Autorzy: Paula Jouhten, Dimitrios Konstantinidis, Filipa Pereira, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Payam Ghiachi, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Albert Mas, Jonas Warringer, Ramon Gonzalez, Pilar Morales, Kiran R. Patil
Opublikowane w: 2026
Wydawca: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.05.14.443989

Peer reviewed articles (9)

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autorzy: Francisco Zorrilla, Filip Buric, Kiran R Patil, Aleksej Zelezniak
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab815

Unravelling metabolic cross‐feeding in a yeast–bacteria community using <scp> ¹³ C </scp> ‐based proteomics

Autorzy: Natalia Gabrielli; Christoniki Maga‐Nteve; Eleni Kafkia; Mandy Rettel; Jakob Loeffler; Stephan Kamrad; Athanasios Typas; Kiran Raosaheb Patil
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 1, 2023, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211501

Adaptive laboratory evolution of microbial co‐cultures for improved metabolite secretion

Autorzy: Dimitrios Konstantinidis; Filipa Pereira; Eva‐Maria Geissen; Kristina Grkovska; Eleni Kafkia; Paula Jouhten; Yongkyu Kim; Saravanan Devendran; Michael Zimmermann; Kiran Raosaheb Patil
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17:e10189, 2021, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010189

Highly parallelized laboratory evolution of wine yeasts for enhanced metabolic phenotypes

Autorzy: Payam Ghiaci, Paula Jouhten, Nikolay Martyushenko, Helena Roca-Mesa, Jennifer Vázquez, Dimitrios Konstantinidis, Simon Stenberg, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Albert Mas, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Kiran R Patil, Jonas Warringer
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 20, 2025, Strona(/y) 1109-1133, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00059-0

Impact of drugs and environmental contaminants on amine production by gut bacteria

Autorzy: Stephan Kamrad, Tara F Davis, Kiran R Patil
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 21, 2025, Strona(/y) 1351-1370, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00130-4

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed environments

Autorzy: Jouhten, Paula; Konstantinidis, Dimitrios; Pereira, Filipa; Andrejev, Sergej; Grkovska, Kristina; Castillo, Sandra; Ghiachi, Payam; Beltran, Gemma; Almaas, Eivind; Mas, Albert; Warringer, Jonas; Gonzalez, Ramon; Morales, Pilar; Patil, Kiran R.; 0000-0003-1075-7448; 0000-0002-9125-326X; 0000-0002-0763-1679; 0000-0001-6144-2740; 0000-0002-0130-6111; 0000-0002-6166-8640
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 2, 2022, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202210980

Conformable Device for Independent Measurements of Mucosal and Vascular Barriers in a Complex In Vitro Intestinal Model

Autorzy: Alexandra Elisabeth Wheeler, Sonja Blasche, Rob Bradley, Rachana Acharya, Sophie Oldroyd, David Bulmer, Kiran R. Patil, Róisín Meabh Owens
Opublikowane w: Advanced Science, Numer 13, 2026, ISSN 2198-3844
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202511686

Ecological modelling approaches for predicting emergent properties in microbial communities

Autorzy: Naomi Iris van den Berg, Daniel Machado, Sophia Santos, Isabel Rocha, Jeremy Chacón, William Harcombe, Sara Mitri & Kiran R. Patil
Opublikowane w: Nature Ecology and Evolution, 2022, ISSN 2397-334X
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-022-01746-7

Microbial interactions shape cheese flavour formation

Autorzy: Chrats Melkonian, Francisco Zorrilla, Inge Kjærbølling, Sonja Blasche, Daniel Machado, Mette Junge, Kim Ib Sørensen, Lene Tranberg Andersen, Kiran R. Patil, Ahmad A. Zeidan
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41059-2

Thesis and dissertations (1)

Mathematical Modelling of Emergent Survival in Microbial Communities

Autorzy: van den Berg, Naomi
Opublikowane w: 2025
Wydawca: University of Cambridge
DOI: 10.17863/cam.119712