Model-guided Engineering of Complex Microbial Communities

Informazioni relative al progetto

ModEM

ID dell’accordo di sovvenzione: 866028

DOI

10.3030/866028

Data della firma CE 22 Settembre 2020

Data di avvio 1 Ottobre 2020

Data di completamento 31 Marzo 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 995 818,00

Contributo UE

€ 1 995 818,00

Coordinato da

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Other (6)

<i>Bacteroides</i> -driven metabolic remodelling suppresses <i>Clostridioides difficile</i> toxin expression in mixed biofilm communities

Autori: Kavana Kalea Bywater-Brenna, Simran Kaur Aulakh, Kiran Raosaheb Patil, Niranjan Nagarajan, Meera Unnikrishnan
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.03.674004

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autori: Francisco Zorrilla, Kiran R. Patil, Aleksej Zelezniak
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.31.424982

Fluctuating Environment Can Negate Cheater Success Due to Speed-Agility Trade-Off

Autori: Naomi Iris van den Berg, Lajos Kalmar, Kiran R. Patil
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.06.03.446957

Impact of low-calorie sweeteners on gut bacteria is modulated by common xenobiotics

Autori: Sonja Blasche, Vinita Periwal, Nonantzin Beristain Covarrubias, Anna Lindell, Indra Roux, Stephan Kamrad, Rob Bradley, Rui Guan, Hilal Ozgur, Bini Ramachandran, Vladimir Benes, Kiran Raosaheb Patil
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.28.645995

Interspecies interactions drive bacterial proteome reorganisation and emergent metabolism

Autori: Stephan Kamrad, Simone Mozzachiodi, Sonja Blasche, Simran K. Aulakh, David Scheidweiler, Arianna Basile, Rui Guan, Rob Bradley, Naomi Iris van den Berg, Michael Mülleder, Markus Ralser, Kiran R. Patil
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.05.14.653412

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed selection niches

Autori: Paula Jouhten, Dimitrios Konstantinidis, Filipa Pereira, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Payam Ghiachi, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Albert Mas, Jonas Warringer, Ramon Gonzalez, Pilar Morales, Kiran R. Patil
Pubblicato in: 2026
Editore: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.05.14.443989

Peer reviewed articles (9)

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autori: Francisco Zorrilla, Filip Buric, Kiran R Patil, Aleksej Zelezniak
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab815

Unravelling metabolic cross‐feeding in a yeast–bacteria community using <scp> ¹³ C </scp> ‐based proteomics

Autori: Natalia Gabrielli; Christoniki Maga‐Nteve; Eleni Kafkia; Mandy Rettel; Jakob Loeffler; Stephan Kamrad; Athanasios Typas; Kiran Raosaheb Patil
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 1, 2023, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211501

Adaptive laboratory evolution of microbial co‐cultures for improved metabolite secretion

Autori: Dimitrios Konstantinidis; Filipa Pereira; Eva‐Maria Geissen; Kristina Grkovska; Eleni Kafkia; Paula Jouhten; Yongkyu Kim; Saravanan Devendran; Michael Zimmermann; Kiran Raosaheb Patil
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17:e10189, 2021, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010189

Highly parallelized laboratory evolution of wine yeasts for enhanced metabolic phenotypes

Autori: Payam Ghiaci, Paula Jouhten, Nikolay Martyushenko, Helena Roca-Mesa, Jennifer Vázquez, Dimitrios Konstantinidis, Simon Stenberg, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Albert Mas, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Kiran R Patil, Jonas Warringer
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 20, 2025, Pagina/e 1109-1133, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00059-0

Impact of drugs and environmental contaminants on amine production by gut bacteria

Autori: Stephan Kamrad, Tara F Davis, Kiran R Patil
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 21, 2025, Pagina/e 1351-1370, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00130-4

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed environments

Autori: Jouhten, Paula; Konstantinidis, Dimitrios; Pereira, Filipa; Andrejev, Sergej; Grkovska, Kristina; Castillo, Sandra; Ghiachi, Payam; Beltran, Gemma; Almaas, Eivind; Mas, Albert; Warringer, Jonas; Gonzalez, Ramon; Morales, Pilar; Patil, Kiran R.; 0000-0003-1075-7448; 0000-0002-9125-326X; 0000-0002-0763-1679; 0000-0001-6144-2740; 0000-0002-0130-6111; 0000-0002-6166-8640
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 2, 2022, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202210980

Conformable Device for Independent Measurements of Mucosal and Vascular Barriers in a Complex In Vitro Intestinal Model

Autori: Alexandra Elisabeth Wheeler, Sonja Blasche, Rob Bradley, Rachana Acharya, Sophie Oldroyd, David Bulmer, Kiran R. Patil, Róisín Meabh Owens
Pubblicato in: Advanced Science, Numero 13, 2026, ISSN 2198-3844
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202511686

Ecological modelling approaches for predicting emergent properties in microbial communities

Autori: Naomi Iris van den Berg, Daniel Machado, Sophia Santos, Isabel Rocha, Jeremy Chacón, William Harcombe, Sara Mitri & Kiran R. Patil
Pubblicato in: Nature Ecology and Evolution, 2022, ISSN 2397-334X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-022-01746-7

Microbial interactions shape cheese flavour formation

Autori: Chrats Melkonian, Francisco Zorrilla, Inge Kjærbølling, Sonja Blasche, Daniel Machado, Mette Junge, Kim Ib Sørensen, Lene Tranberg Andersen, Kiran R. Patil, Ahmad A. Zeidan
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41059-2

Thesis and dissertations (1)

Mathematical Modelling of Emergent Survival in Microbial Communities

Autori: van den Berg, Naomi
Pubblicato in: 2025
Editore: University of Cambridge
DOI: 10.17863/cam.119712