Model-guided Engineering of Complex Microbial Communities

Projektinformationen

ModEM

ID Finanzhilfevereinbarung: 866028

DOI

10.3030/866028

EK-Unterschriftsdatum 22 September 2020

Startdatum 1 Oktober 2020

Enddatum 31 März 2027

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 995 818,00

EU-Beitrag

€ 1 995 818,00

Koordiniert durch

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Other (6)

<i>Bacteroides</i> -driven metabolic remodelling suppresses <i>Clostridioides difficile</i> toxin expression in mixed biofilm communities

Autoren: Kavana Kalea Bywater-Brenna, Simran Kaur Aulakh, Kiran Raosaheb Patil, Niranjan Nagarajan, Meera Unnikrishnan
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.03.674004

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autoren: Francisco Zorrilla, Kiran R. Patil, Aleksej Zelezniak
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.31.424982

Fluctuating Environment Can Negate Cheater Success Due to Speed-Agility Trade-Off

Autoren: Naomi Iris van den Berg, Lajos Kalmar, Kiran R. Patil
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.06.03.446957

Impact of low-calorie sweeteners on gut bacteria is modulated by common xenobiotics

Autoren: Sonja Blasche, Vinita Periwal, Nonantzin Beristain Covarrubias, Anna Lindell, Indra Roux, Stephan Kamrad, Rob Bradley, Rui Guan, Hilal Ozgur, Bini Ramachandran, Vladimir Benes, Kiran Raosaheb Patil
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.28.645995

Interspecies interactions drive bacterial proteome reorganisation and emergent metabolism

Autoren: Stephan Kamrad, Simone Mozzachiodi, Sonja Blasche, Simran K. Aulakh, David Scheidweiler, Arianna Basile, Rui Guan, Rob Bradley, Naomi Iris van den Berg, Michael Mülleder, Markus Ralser, Kiran R. Patil
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.05.14.653412

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed selection niches

Autoren: Paula Jouhten, Dimitrios Konstantinidis, Filipa Pereira, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Payam Ghiachi, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Albert Mas, Jonas Warringer, Ramon Gonzalez, Pilar Morales, Kiran R. Patil
Veröffentlicht in: 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2021.05.14.443989

Peer reviewed articles (9)

metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

Autoren: Francisco Zorrilla, Filip Buric, Kiran R Patil, Aleksej Zelezniak
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab815

Unravelling metabolic cross‐feeding in a yeast–bacteria community using <scp> ¹³ C </scp> ‐based proteomics

Autoren: Natalia Gabrielli; Christoniki Maga‐Nteve; Eleni Kafkia; Mandy Rettel; Jakob Loeffler; Stephan Kamrad; Athanasios Typas; Kiran Raosaheb Patil
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202211501

Adaptive laboratory evolution of microbial co‐cultures for improved metabolite secretion

Autoren: Dimitrios Konstantinidis; Filipa Pereira; Eva‐Maria Geissen; Kristina Grkovska; Eleni Kafkia; Paula Jouhten; Yongkyu Kim; Saravanan Devendran; Michael Zimmermann; Kiran Raosaheb Patil
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17:e10189, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202010189

Highly parallelized laboratory evolution of wine yeasts for enhanced metabolic phenotypes

Autoren: Payam Ghiaci, Paula Jouhten, Nikolay Martyushenko, Helena Roca-Mesa, Jennifer Vázquez, Dimitrios Konstantinidis, Simon Stenberg, Sergej Andrejev, Kristina Grkovska, Albert Mas, Gemma Beltran, Eivind Almaas, Kiran R Patil, Jonas Warringer
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) 1109-1133, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-024-00059-0

Impact of drugs and environmental contaminants on amine production by gut bacteria

Autoren: Stephan Kamrad, Tara F Davis, Kiran R Patil
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) 1351-1370, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00130-4

Predictive evolution of metabolic phenotypes using model-designed environments

Autoren: Jouhten, Paula; Konstantinidis, Dimitrios; Pereira, Filipa; Andrejev, Sergej; Grkovska, Kristina; Castillo, Sandra; Ghiachi, Payam; Beltran, Gemma; Almaas, Eivind; Mas, Albert; Warringer, Jonas; Gonzalez, Ramon; Morales, Pilar; Patil, Kiran R.; 0000-0003-1075-7448; 0000-0002-9125-326X; 0000-0002-0763-1679; 0000-0001-6144-2740; 0000-0002-0130-6111; 0000-0002-6166-8640
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 2, 2022, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202210980

Conformable Device for Independent Measurements of Mucosal and Vascular Barriers in a Complex In Vitro Intestinal Model

Autoren: Alexandra Elisabeth Wheeler, Sonja Blasche, Rob Bradley, Rachana Acharya, Sophie Oldroyd, David Bulmer, Kiran R. Patil, Róisín Meabh Owens
Veröffentlicht in: Advanced Science, Ausgabe 13, 2026, ISSN 2198-3844
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/advs.202511686

Ecological modelling approaches for predicting emergent properties in microbial communities

Autoren: Naomi Iris van den Berg, Daniel Machado, Sophia Santos, Isabel Rocha, Jeremy Chacón, William Harcombe, Sara Mitri & Kiran R. Patil
Veröffentlicht in: Nature Ecology and Evolution, 2022, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-022-01746-7

Microbial interactions shape cheese flavour formation

Autoren: Chrats Melkonian, Francisco Zorrilla, Inge Kjærbølling, Sonja Blasche, Daniel Machado, Mette Junge, Kim Ib Sørensen, Lene Tranberg Andersen, Kiran R. Patil, Ahmad A. Zeidan
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41059-2

Thesis and dissertations (1)

Mathematical Modelling of Emergent Survival in Microbial Communities

Autoren: van den Berg, Naomi
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: University of Cambridge
DOI: 10.17863/cam.119712