Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Información del proyecto

RiboTrace

Identificador del acuerdo de subvención: 866166

DOI

10.3030/866166

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 23 Enero 2020

Fecha de inicio 1 Febrero 2020

Fecha de finalización 31 Enero 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 998 476,00

Aportación de la UE

€ 1 998 476,00

Coordinado por

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Publicaciones

Other (2)

Hierarchical assembly and functional resilience of the mammalian RNA exosome

Autores: Tsimafei Navalayeu, Nikolaus Beer, Monika Bebjaková, Robert W. Kalis, Karel Stejskal, Gabriela Krššáková, Nina Fasching, Veronika A. Herzog, Niko Popitsch, Elisabeth Roitinger, Johannes Zuber, Stefan L. Ameres
Publicado en: bioRxiv, 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.14.643291

Kinetic logic of uridylation-mediated RNA decay

Autores: Annamaria Sgromo, Benjamin M. Jordan, Andrew Aarestad, David Mörsdorf, Franziska Boneberg, Martin Jinek, Thomas R. Burkard, Niko Popitsch, Stefan L. Ameres
Publicado en: bioRxiv, 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.03.27.714668

Peer reviewed articles (10)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Autores: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Publicado en: Bioinformatics, Edición 41, 2025, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Autores: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 117/48, 2020, Página(s) 30370-30379, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Autores: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Publicado en: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Editor: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Autores: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publicado en: Cell Reports, Edición 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Separable roles for Microprocessor and its cofactors, ERH and SAFB1/2, during microRNA cluster assistance

Autores: Renfu Shang, Niko Popitsch, Seungjae Lee, Stefan L. Ameres, Eric C. Lai
Publicado en: Genes & Development, Edición 40, 2026, Página(s) 517-537, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.353316.125

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Autores: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Publicado en: Nature Genetics, Edición 54, 2022, Página(s) 1238-1247, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Collective homeostasis of condensation-prone proteins via their mRNAs

Autores: Rupert Faraway, Neve Costello Heaven, Holly Digby, Klara Kuret Hodnik, Jure Rebselj, Oscar G. Wilkins, Anob M. Chakrabarti, Ira A. Iosub, Neža Vadnjal, Rhys Dore, Lea Knez, Stefan L. Ameres, Clemens Plaschka, Jernej Ule
Publicado en: Nature, Edición 647, 2025, Página(s) 798-808, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09568-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Autores: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Publicado en: Genome Biology, Edición 25, 2024, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Autores: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Publicado en: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Autores: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Publicado en: Nature, Edición 586/7827, 2020, Página(s) 139-144, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Autores: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publicado en: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Edición 655, 2021, Página(s) 205-223, ISBN 9780128235737
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016