Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Información del proyecto

RiboTrace

Identificador del acuerdo de subvención: 866166

DOI

10.3030/866166

Fecha de la firma de la CE 23 Enero 2020

Fecha de inicio 1 Febrero 2020

Fecha de finalización 31 Enero 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 998 476,00

Aportación de la UE

€ 1 998 476,00

Coordinado por

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Publicaciones

Peer reviewed articles (8)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Autores: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Publicado en: Bioinformatics, Edición 41, 2025, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Autores: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 117/48, 2020, Página(s) 30370-30379, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Autores: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Publicado en: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Editor: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Autores: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publicado en: Cell Reports, Edición 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Autores: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Publicado en: Nature Genetics, Edición 54, 2022, Página(s) 1238-1247, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Autores: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Publicado en: Genome Biology, Edición 25, 2024, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Autores: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Publicado en: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Autores: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Publicado en: Nature, Edición 586/7827, 2020, Página(s) 139-144, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Autores: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publicado en: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Edición 655, 2021, Página(s) 205-223, ISBN 9780128235737
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016