Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Informazioni relative al progetto

RiboTrace

ID dell’accordo di sovvenzione: 866166

DOI

10.3030/866166

Data della firma CE 23 Gennaio 2020

Data di avvio 1 Febbraio 2020

Data di completamento 31 Gennaio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 998 476,00

Contributo UE

€ 1 998 476,00

Coordinato da

UNIVERSITAT WIEN
Austria

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (8)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Autori: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 41, 2025, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Autori: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 117/48, 2020, Pagina/e 30370-30379, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Autori: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Pubblicato in: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Editore: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Autori: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Autori: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 54, 2022, Pagina/e 1238-1247, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Autori: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 25, 2024, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Autori: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Pubblicato in: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Autori: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Pubblicato in: Nature, Numero 586/7827, 2020, Pagina/e 139-144, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Autori: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Pubblicato in: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Numero 655, 2021, Pagina/e 205-223, ISBN 9780128235737
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016