Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Informacje na temat projektu

RiboTrace

Identyfikator umowy o grant: 866166

DOI

10.3030/866166

Data podpisania przez KE 23 Stycznia 2020

Data rozpoczęcia 1 Lutego 2020

Data zakończenia 31 Stycznia 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 998 476,00

Wkład UE

€ 1 998 476,00

Koordynowany przez

UNIVERSITAT WIEN
Austria

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (8)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Autorzy: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 41, 2025, ISSN 1367-4811
Wydawca: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Autorzy: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/48, 2020, Strona(/y) 30370-30379, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Autorzy: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Opublikowane w: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Wydawca: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Autorzy: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Autorzy: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 54, 2022, Strona(/y) 1238-1247, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Autorzy: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 25, 2024, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Autorzy: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Opublikowane w: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Autorzy: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Opublikowane w: Nature, Numer 586/7827, 2020, Strona(/y) 139-144, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Autorzy: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Opublikowane w: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Numer 655, 2021, Strona(/y) 205-223, ISBN 9780128235737
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016