Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Informations projet

RiboTrace

N° de convention de subvention: 866166

DOI

10.3030/866166

Date de signature de la CE 23 Janvier 2020

Date de début 1 Février 2020

Date de fin 31 Janvier 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 998 476,00

Contribution de l’UE

€ 1 998 476,00

Coordonné par

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Publications

Peer reviewed articles (8)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Auteurs: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 41, 2025, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Auteurs: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/48, 2020, Page(s) 30370-30379, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Auteurs: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Publié dans: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Éditeur: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Auteurs: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publié dans: Cell Reports, Numéro 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Auteurs: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 54, 2022, Page(s) 1238-1247, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Auteurs: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Publié dans: Genome Biology, Numéro 25, 2024, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Auteurs: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Publié dans: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Auteurs: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Publié dans: Nature, Numéro 586/7827, 2020, Page(s) 139-144, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Auteurs: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Publié dans: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Numéro 655, 2021, Page(s) 205-223, ISBN 9780128235737
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016