Bridging temporal resolution gaps to dissect RNA silencing at the molecular and genomic scale

Projektinformationen

RiboTrace

ID Finanzhilfevereinbarung: 866166

DOI

10.3030/866166

EK-Unterschriftsdatum 23 Januar 2020

Startdatum 1 Februar 2020

Enddatum 31 Januar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 998 476,00

EU-Beitrag

€ 1 998 476,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAT WIEN
Austria

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

Rnalib: a Python library for custom transcriptomics analyses

Autoren: Niko Popitsch, Stefan L Ameres
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae751

Structure-function analysis of microRNA 3′-end trimming by Nibbler

Autoren: Wei Xie, Ivica Sowemimo, Rippei Hayashi, Juncheng Wang, Thomas R. Burkard, Julius Brennecke, Stefan L. Ameres, Dinshaw J. Patel
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/48, 2020, Seite(n) 30370-30379, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2018156117

Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types

Autoren: Ariane Mandlbauer, Qiong Sun, Niko Popitsch, Tanja Schwickert, Miroslava Spanova, Jingkui Wang, Stefan Ameres, Meinrad Busslinger, Luisa Cochella
Veröffentlicht in: EMBO Journal, 2025, ISSN 1460-2075
Herausgeber: EMBO Press (on behalf of European Molecular Biology Organization), in partnership with Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.11.06.565867

SLAMseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression in early zebrafish embryogenesis

Autoren: Pooja Bhat, Luis E. Cabrera-Quio, Veronika A. Herzog, Nina Fasching, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 42,2, 2023, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.06.01.494399

Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses

Autoren: Vahid Asimi, Abhishek Sampath Kumar, Henri Niskanen, Christina Riemenschneider, Sara Hetzel, Julian Naderi, Nina Fasching, Niko Popitsch, Manyu Du, Helene Kretzmer, Zachary D. Smith, Raha Weigert, Maria Walther, Sainath Mamde, David Meierhofer, Lars Wittler, René Buschow, Bernd Timmermann, Ibrahim I. Cisse, Stefan L. Ameres, Alexander Meissner, Denes Hnisz
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 54, 2022, Seite(n) 1238-1247, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01132-w

Splice_sim: a nucleotide conversion-enabled RNA-seq simulation and evaluation framework

Autoren: Niko Popitsch, Tobias Neumann, Arndt von Haeseler, Stefan L. Ameres
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03313-8

Proteome-scale tagging and functional screening in mammalian cells by ORFtag

Autoren: Filip Nemčko, Moritz Himmelsbach, Vincent Loubiere, Ramesh Yelagandula, Michaela Pagani, Nina Fasching, Julius Brennecke, Ulrich Elling, Alexander Stark, Stefan L. Ameres
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2024.01.16.575827

Conformation of sister chromatids in the replicated human genome

Autoren: Michael Mitter, Catherina Gasser, Zsuzsanna Takacs, Christoph C. H. Langer, Wen Tang, Gregor Jessberger, Charlie T. Beales, Eva Neuner, Stefan L. Ameres, Jan-Michael Peters, Anton Goloborodko, Ronald Micura, Daniel W. Gerlich
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 586/7827, 2020, Seite(n) 139-144, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2744-4

Book chapters (1)

Systematic refinement of gene annotations by parsing mRNA 3′ end sequencing datasets

Autoren: Pooja Bhat, Thomas R. Burkard, Veronika A. Herzog, Andrea Pauli, Stefan L. Ameres
Veröffentlicht in: mRNA 3' End Processing and Metabolism, Ausgabe 655, 2021, Seite(n) 205-223, ISBN 9780128235737
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.03.016