Linking within-host and between-host evolution of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Información del proyecto

ECOEVODRTB

Identificador del acuerdo de subvención: 883582

DOI

10.3030/883582

Fecha de la firma de la CE 24 Julio 2020

Fecha de inicio 1 Agosto 2020

Fecha de finalización 31 Enero 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 500 000,00

Aportación de la UE

€ 2 500 000,00

Coordinado por

SCHWEIZERISCHES TROPEN UND PUBLIC HEALTH INSTITUT
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (17)

Phylogenomics of Mycobacterium africanum reveals a new lineage and a complex evolutionary history.

Autores: Mireia Coscolla; Daniela Brites; Daniela Brites; Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Chloé Loiseau; Chloé Loiseau; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Isaac Darko Otchere; Adwoa Asante-Poku; Prince Asare; Leonor Sánchez-Busó; Leonor Sánchez-Busó; Florian Gehre; C. N’Dira Sanoussi; Martin Antonio; Affolabi Dissou; Paula Ruiz-Rodríguez; Janet A. M. Fyfe; Erik C. Böttger; Patrick Becket; Stefan N
Publicado en: Microbial Genomics, Edición 2, 2021, ISSN 2057-5858
Editor: Microbial Society
DOI: 10.17863/cam.64924

Expression Dysregulation as a Mediator of Fitness Costs in Antibiotic Resistance

Autores: Trauner A, Banaei-Esfahani A, Gygli SM, Warmer P, Feldmann J, Zampieri M, Borrell S, Collins BC, Beisel C, Aebersold R, Gagneux S.
Publicado en: Antimicrob Agents Chemother, 2021, ISSN 0021-9193
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00504-21

Effect of compensatory evolution in the emergence and transmission of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis in Cape Town, South Africa: a genomic epidemiology study

Autores: Galo A Goig, Fabrizio Menardo, Zubeida Salaam-Dreyer, Anzaan Dippenaar, Elizabeth M Streicher, Johnny Daniels, Anja Reuter, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Doetsch, Christian Beisel, Robin M Warren, Helen Cox, Sebastien Gagneux
Publicado en: The Lancet Microbe, Edición 4, 2023, Página(s) e506-e515, ISSN 2666-5247
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/s2666-5247(23)00110-6

Mycobacterium tuberculosis complex lineage 5 exhibits high levels of within-lineage genomic diversity and differing gene content compared to the type strain H37Rv.

Autores: C. N’Dira Sanoussi; C. N’Dira Sanoussi; Mireia Coscolla; Boatema Ofori-Anyinam; Isaac Darko Otchere; Martin Antonio; Stefan Niemann; Julian Parkhill; Julian Parkhill; Simon R. Harris; Dorothy Yeboah-Manu; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux; Leen Rigouts; Leen Rigouts; Dissou Affolabi; Bouke C. de Jong; Conor J. Meehan; Conor J. Meehan
Publicado en: Microbial Genomics, Edición 2, 2021, ISSN 2057-5858
Editor: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000437

HIV co-infection is associated with reduced<i>Mycobacterium tuberculosis</i>transmissibility in sub-Saharan Africa

Autores: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox, Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Publicado en: PLoS Pathogens, 2023, ISSN 1553-7374
Editor: PLOS
DOI: 10.1101/2023.09.12.557301

Developing customized stepwise MIRU-VNTR typing for tuberculosis surveillance in Georgia

Autores: Nino Maghradze; Levan Jugheli; Sonia Borrell; Nestani Tukvadze; Russell R. Kempker; Henry M. Blumberg; Sebastien Gagneux
Publicado en: PLoS One, Edición 1, 2022, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.5451/unibas-ep90637

Local adaptation in populations of Mycobacterium tuberculosis endemic to the Indian Ocean Rim

Autores: Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Liliana K. Rutaihwa; Liliana K. Rutaihwa; Michaela Zwyer; Michaela Zwyer; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Iñaki Comas; Emilyn Costa Conceição; Emilyn Costa Conceição; Mireia Coscolla; Helen Cox; Moses Joloba; Horng-Yunn Dou; Julia Feldmann; Julia Feldmann; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Janet A. M. Fyfe; Qian Gao; Darío García de Viedma; Alberto
Publicado en: F1000Research, Edición 1, 2021, ISSN 2046-1402
Editor: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.28318.2

Mortality from drug-resistant tuberculosis in high-burden countries comparing routine drug susceptibility testing with whole-genome sequencing: a multicentre cohort study

Autores: Zürcher K, Reichmuth ML, Ballif M, Loiseau C, Borrell S, Reinhard M, Skrivankova V, Hömke R, Sander P, Avihingsanon A, Abimiku AG, Marcy O, Collantes J, Carter EJ, Wilkinson RJ, Cox H, Yotebieng M, Huebner R, Fenner L, Böttger EC, Gagneux S, Egger M.
Publicado en: Lancet Microbe, 2021, ISSN 0140-6736
Editor: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s2666-5247(21)00044-6

A new nomenclature for the livestock-associated Mycobacterium tuberculosis complex based on phylogenomics

Autores: Michaela Zwyer; Cengiz Çavusoglu; Giovanni Ghielmetti; Maria Lodovica Pacciarini; Erika Scaltriti; Dick Van Soolingen; Anna Dötsch; Miriam Reinhard; Sebastien Gagneux; Daniela Brites
Publicado en: Open Research Europe, Edición 1, 2021, ISSN 2732-5121
Editor: European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.14029.2

The within-host evolution of antimicrobial resistance in Mycobacterium tuberculosis.

Autores: Rhastin A D Castro; Rhastin A D Castro; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux
Publicado en: FEMS Microbiology Reviews, Edición 6, 2021, ISSN 0168-6445
Editor: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuaa071

Using population-specific add-on polymorphisms to improve genotype imputation in underrepresented populations

Autores: Zhi Ming Xu; Sina Rüeger; Michaela Zwyer; Daniela Brites; Hellen Hiza; Miriam Reinhard; Liliana Rutaihwa; Sonia Borrell; Faima Isihaka; Hosiana Temba; Thomas Maroa; Rastard Naftari; Jerry Hella; Mohamed Sasamalo; Klaus Reither; Damien Portevin; Sebastien Gagneux; Jacques Fellay
Publicado en: PLoS Computational Biology, Edición 1, 2022, Página(s) e1009628, ISSN 1553-734X
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009628

Drug-induced differential culturability in diverse strains of Mycobacterium tuberculosis

Autores: Valerie F. A. March, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Selim Bouaouina, Anna Doetsch, Galo A. Goig, Sebastien Gagneux, Sonia Borrell
Publicado en: Scientific Reports, Edición 15, 2025, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-85092-7

The relative transmission fitness of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in a drug resistance hotspot

Autores: Chloé Loiseau, Etthel M. Windels, Sebastian M. Gygli, Levan Jugheli, Nino Maghradze, Daniela Brites, Amanda Ross, Galo Goig, Miriam Reinhard, Sonia Borrell, Andrej Trauner, Anna Dötsch, Rusudan Aspindzelashvili, Rebecca Denes, Klaus Reither, Christian Beisel, Nestani Tukvadze, Zaza Avaliani, Tanja Stadler, Sebastien Gagneux
Publicado en: Nature Communications, Edición 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37719-y

Transmission as a Key Driver of Resistance to the New Tuberculosis Drugs

Autores: Galo A. Goig, Chloé Loiseau, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Daniela Brites, Sonia Borrell, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Sebastien Gagneux
Publicado en: New England Journal of Medicine, Edición 392, 2025, Página(s) 97-99, ISSN 0028-4793
Editor: Massachusetts Medical Society
DOI: 10.1056/nejmc2404644

Back-to-Africa introductions of Mycobacterium tuberculosis as the main cause of tuberculosis in Dar es Salaam, Tanzania

Autores: Michaela Zwyer, Liliana K. Rutaihwa, Etthel Windels, Jerry Hella, Fabrizio Menardo, Mohamed Sasamalo, Gregor Sommer, Lena Schmülling, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Dötsch, Hellen Hiza, Christoph Stritt, George Sikalengo, Lukas Fenner, Bouke C. De Jong, Midori Kato-Maeda, Levan Jugheli, Joel D. Ernst, Stefan Niemann, Leila Jeljeli, Marie Ballif, Matthias Egger, Niaina Rakotosamimanana, Dor
Publicado en: PLOS Pathogens, Edición 19, 2023, Página(s) e1010893, ISSN 1553-7374
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010893

Prisons as ecological drivers of fitness-compensated multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Autores: Gygli SM, Loiseau C, Jugheli L, Adamia N, Trauner A, Reinhard M, Ross A, Borrell S, Aspindzelashvili R, Maghradze N, Reither K, Beisel C, Tukvadze N, Avaliani Z, Gagneux S
Publicado en: Nature Medicine, 2021, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01358-x

How do monomorphic bacteria evolve? The Mycobacterium tuberculosis complex and the awkward population genetics of extreme clonality

Autores: Sebastien Gagneux, Christoph Stritt
Publicado en: Peer Community In Evolutionary Biology, 2022, ISSN 2551-668X
Editor: Peer Community In Evolutionary Biology
DOI: 10.32942/x2gw2p