Linking within-host and between-host evolution of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Informacje na temat projektu

ECOEVODRTB

Identyfikator umowy o grant: 883582

DOI

10.3030/883582

Data podpisania przez KE 24 Lipca 2020

Data rozpoczęcia 1 Sierpnia 2020

Data zakończenia 31 Stycznia 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 500 000,00

Wkład UE

€ 2 500 000,00

Koordynowany przez

SCHWEIZERISCHES TROPEN UND PUBLIC HEALTH INSTITUT
Switzerland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (17)

Phylogenomics of Mycobacterium africanum reveals a new lineage and a complex evolutionary history.

Autorzy: Mireia Coscolla; Daniela Brites; Daniela Brites; Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Chloé Loiseau; Chloé Loiseau; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Isaac Darko Otchere; Adwoa Asante-Poku; Prince Asare; Leonor Sánchez-Busó; Leonor Sánchez-Busó; Florian Gehre; C. N’Dira Sanoussi; Martin Antonio; Affolabi Dissou; Paula Ruiz-Rodríguez; Janet A. M. Fyfe; Erik C. Böttger; Patrick Becket; Stefan N
Opublikowane w: Microbial Genomics, Numer 2, 2021, ISSN 2057-5858
Wydawca: Microbial Society
DOI: 10.17863/cam.64924

Expression Dysregulation as a Mediator of Fitness Costs in Antibiotic Resistance

Autorzy: Trauner A, Banaei-Esfahani A, Gygli SM, Warmer P, Feldmann J, Zampieri M, Borrell S, Collins BC, Beisel C, Aebersold R, Gagneux S.
Opublikowane w: Antimicrob Agents Chemother, 2021, ISSN 0021-9193
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00504-21

Effect of compensatory evolution in the emergence and transmission of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis in Cape Town, South Africa: a genomic epidemiology study

Autorzy: Galo A Goig, Fabrizio Menardo, Zubeida Salaam-Dreyer, Anzaan Dippenaar, Elizabeth M Streicher, Johnny Daniels, Anja Reuter, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Doetsch, Christian Beisel, Robin M Warren, Helen Cox, Sebastien Gagneux
Opublikowane w: The Lancet Microbe, Numer 4, 2023, Strona(/y) e506-e515, ISSN 2666-5247
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/s2666-5247(23)00110-6

Mycobacterium tuberculosis complex lineage 5 exhibits high levels of within-lineage genomic diversity and differing gene content compared to the type strain H37Rv.

Autorzy: C. N’Dira Sanoussi; C. N’Dira Sanoussi; Mireia Coscolla; Boatema Ofori-Anyinam; Isaac Darko Otchere; Martin Antonio; Stefan Niemann; Julian Parkhill; Julian Parkhill; Simon R. Harris; Dorothy Yeboah-Manu; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux; Leen Rigouts; Leen Rigouts; Dissou Affolabi; Bouke C. de Jong; Conor J. Meehan; Conor J. Meehan
Opublikowane w: Microbial Genomics, Numer 2, 2021, ISSN 2057-5858
Wydawca: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000437

HIV co-infection is associated with reduced<i>Mycobacterium tuberculosis</i>transmissibility in sub-Saharan Africa

Autorzy: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox, Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Opublikowane w: PLoS Pathogens, 2023, ISSN 1553-7374
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1101/2023.09.12.557301

Developing customized stepwise MIRU-VNTR typing for tuberculosis surveillance in Georgia

Autorzy: Nino Maghradze; Levan Jugheli; Sonia Borrell; Nestani Tukvadze; Russell R. Kempker; Henry M. Blumberg; Sebastien Gagneux
Opublikowane w: PLoS One, Numer 1, 2022, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.5451/unibas-ep90637

Local adaptation in populations of Mycobacterium tuberculosis endemic to the Indian Ocean Rim

Autorzy: Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Liliana K. Rutaihwa; Liliana K. Rutaihwa; Michaela Zwyer; Michaela Zwyer; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Iñaki Comas; Emilyn Costa Conceição; Emilyn Costa Conceição; Mireia Coscolla; Helen Cox; Moses Joloba; Horng-Yunn Dou; Julia Feldmann; Julia Feldmann; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Janet A. M. Fyfe; Qian Gao; Darío García de Viedma; Alberto
Opublikowane w: F1000Research, Numer 1, 2021, ISSN 2046-1402
Wydawca: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.28318.2

Mortality from drug-resistant tuberculosis in high-burden countries comparing routine drug susceptibility testing with whole-genome sequencing: a multicentre cohort study

Autorzy: Zürcher K, Reichmuth ML, Ballif M, Loiseau C, Borrell S, Reinhard M, Skrivankova V, Hömke R, Sander P, Avihingsanon A, Abimiku AG, Marcy O, Collantes J, Carter EJ, Wilkinson RJ, Cox H, Yotebieng M, Huebner R, Fenner L, Böttger EC, Gagneux S, Egger M.
Opublikowane w: Lancet Microbe, 2021, ISSN 0140-6736
Wydawca: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s2666-5247(21)00044-6

A new nomenclature for the livestock-associated Mycobacterium tuberculosis complex based on phylogenomics

Autorzy: Michaela Zwyer; Cengiz Çavusoglu; Giovanni Ghielmetti; Maria Lodovica Pacciarini; Erika Scaltriti; Dick Van Soolingen; Anna Dötsch; Miriam Reinhard; Sebastien Gagneux; Daniela Brites
Opublikowane w: Open Research Europe, Numer 1, 2021, ISSN 2732-5121
Wydawca: European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.14029.2

The within-host evolution of antimicrobial resistance in Mycobacterium tuberculosis.

Autorzy: Rhastin A D Castro; Rhastin A D Castro; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux
Opublikowane w: FEMS Microbiology Reviews, Numer 6, 2021, ISSN 0168-6445
Wydawca: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuaa071

Using population-specific add-on polymorphisms to improve genotype imputation in underrepresented populations

Autorzy: Zhi Ming Xu; Sina Rüeger; Michaela Zwyer; Daniela Brites; Hellen Hiza; Miriam Reinhard; Liliana Rutaihwa; Sonia Borrell; Faima Isihaka; Hosiana Temba; Thomas Maroa; Rastard Naftari; Jerry Hella; Mohamed Sasamalo; Klaus Reither; Damien Portevin; Sebastien Gagneux; Jacques Fellay
Opublikowane w: PLoS Computational Biology, Numer 1, 2022, Strona(/y) e1009628, ISSN 1553-734X
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009628

Drug-induced differential culturability in diverse strains of Mycobacterium tuberculosis

Autorzy: Valerie F. A. March, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Selim Bouaouina, Anna Doetsch, Galo A. Goig, Sebastien Gagneux, Sonia Borrell
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 15, 2025, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-85092-7

The relative transmission fitness of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in a drug resistance hotspot

Autorzy: Chloé Loiseau, Etthel M. Windels, Sebastian M. Gygli, Levan Jugheli, Nino Maghradze, Daniela Brites, Amanda Ross, Galo Goig, Miriam Reinhard, Sonia Borrell, Andrej Trauner, Anna Dötsch, Rusudan Aspindzelashvili, Rebecca Denes, Klaus Reither, Christian Beisel, Nestani Tukvadze, Zaza Avaliani, Tanja Stadler, Sebastien Gagneux
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37719-y

Transmission as a Key Driver of Resistance to the New Tuberculosis Drugs

Autorzy: Galo A. Goig, Chloé Loiseau, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Daniela Brites, Sonia Borrell, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Sebastien Gagneux
Opublikowane w: New England Journal of Medicine, Numer 392, 2025, Strona(/y) 97-99, ISSN 0028-4793
Wydawca: Massachusetts Medical Society
DOI: 10.1056/nejmc2404644

Back-to-Africa introductions of Mycobacterium tuberculosis as the main cause of tuberculosis in Dar es Salaam, Tanzania

Autorzy: Michaela Zwyer, Liliana K. Rutaihwa, Etthel Windels, Jerry Hella, Fabrizio Menardo, Mohamed Sasamalo, Gregor Sommer, Lena Schmülling, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Dötsch, Hellen Hiza, Christoph Stritt, George Sikalengo, Lukas Fenner, Bouke C. De Jong, Midori Kato-Maeda, Levan Jugheli, Joel D. Ernst, Stefan Niemann, Leila Jeljeli, Marie Ballif, Matthias Egger, Niaina Rakotosamimanana, Dor
Opublikowane w: PLOS Pathogens, Numer 19, 2023, Strona(/y) e1010893, ISSN 1553-7374
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010893

Prisons as ecological drivers of fitness-compensated multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Autorzy: Gygli SM, Loiseau C, Jugheli L, Adamia N, Trauner A, Reinhard M, Ross A, Borrell S, Aspindzelashvili R, Maghradze N, Reither K, Beisel C, Tukvadze N, Avaliani Z, Gagneux S
Opublikowane w: Nature Medicine, 2021, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01358-x

How do monomorphic bacteria evolve? The Mycobacterium tuberculosis complex and the awkward population genetics of extreme clonality

Autorzy: Sebastien Gagneux, Christoph Stritt
Opublikowane w: Peer Community In Evolutionary Biology, 2022, ISSN 2551-668X
Wydawca: Peer Community In Evolutionary Biology
DOI: 10.32942/x2gw2p