Linking within-host and between-host evolution of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Projektinformationen

ECOEVODRTB

ID Finanzhilfevereinbarung: 883582

DOI

10.3030/883582

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 24 Juli 2020

Startdatum 1 August 2020

Enddatum 31 Januar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 500 000,00

EU-Beitrag

€ 2 500 000,00

Koordiniert durch

SCHWEIZERISCHES TROPEN UND PUBLIC HEALTH INSTITUT
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (24)

Mycobacterium tuberculosis complex Lineage 1: A neglected cause of tuberculosis

Autoren: Venus Marie R. Rojas, Michaela Zwyer, Selim Bouaouina, Daniela Brites, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: PLOS Neglected Tropical Diseases, Ausgabe 19, 2025, Seite(n) e0013513, ISSN 1935-2735
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pntd.0013513

Phylogenomics of Mycobacterium africanum reveals a new lineage and a complex evolutionary history.

Autoren: Mireia Coscolla; Daniela Brites; Daniela Brites; Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Chloé Loiseau; Chloé Loiseau; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Isaac Darko Otchere; Adwoa Asante-Poku; Prince Asare; Leonor Sánchez-Busó; Leonor Sánchez-Busó; Florian Gehre; C. N’Dira Sanoussi; Martin Antonio; Affolabi Dissou; Paula Ruiz-Rodríguez; Janet A. M. Fyfe; Erik C. Böttger; Patrick Becket; Stefan N
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 2, 2021, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbial Society
DOI: 10.17863/cam.64924

Expression Dysregulation as a Mediator of Fitness Costs in Antibiotic Resistance

Autoren: Trauner A, Banaei-Esfahani A, Gygli SM, Warmer P, Feldmann J, Zampieri M, Borrell S, Collins BC, Beisel C, Aebersold R, Gagneux S.
Veröffentlicht in: Antimicrob Agents Chemother, 2021, ISSN 0021-9193
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00504-21

Effect of compensatory evolution in the emergence and transmission of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis in Cape Town, South Africa: a genomic epidemiology study

Autoren: Galo A Goig, Fabrizio Menardo, Zubeida Salaam-Dreyer, Anzaan Dippenaar, Elizabeth M Streicher, Johnny Daniels, Anja Reuter, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Doetsch, Christian Beisel, Robin M Warren, Helen Cox, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: The Lancet Microbe, Ausgabe 4, 2023, Seite(n) e506-e515, ISSN 2666-5247
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/s2666-5247(23)00110-6

Mycobacterium tuberculosis complex lineage 5 exhibits high levels of within-lineage genomic diversity and differing gene content compared to the type strain H37Rv.

Autoren: C. N’Dira Sanoussi; C. N’Dira Sanoussi; Mireia Coscolla; Boatema Ofori-Anyinam; Isaac Darko Otchere; Martin Antonio; Stefan Niemann; Julian Parkhill; Julian Parkhill; Simon R. Harris; Dorothy Yeboah-Manu; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux; Leen Rigouts; Leen Rigouts; Dissou Affolabi; Bouke C. de Jong; Conor J. Meehan; Conor J. Meehan
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 2, 2021, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000437

Clinical and bacterial determinants of unfavorable tuberculosis treatment outcomes: an observational study in Georgia

Autoren: Galo A. Goig, Chloé Loiseau, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Ana Tsutsunava, Daniela Brites, Sevda Kalkan, Sonia Borrell, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 17, 2025, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-025-01555-0

HIV co-infection is associated with reduced<i>Mycobacterium tuberculosis</i>transmissibility in sub-Saharan Africa

Autoren: Etthel M. Windels, Eddie M. Wampande, Moses L. Joloba, W. Henry Boom, Galo A. Goig, Helen Cox, Jerry Hella, Sonia Borrell, Sebastien Gagneux, Daniela Brites, Tanja Stadler
Veröffentlicht in: PLoS Pathogens, 2023, ISSN 1553-7374
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1101/2023.09.12.557301

Developing customized stepwise MIRU-VNTR typing for tuberculosis surveillance in Georgia

Autoren: Nino Maghradze; Levan Jugheli; Sonia Borrell; Nestani Tukvadze; Russell R. Kempker; Henry M. Blumberg; Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: PLoS One, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.5451/unibas-ep90637

Local adaptation in populations of Mycobacterium tuberculosis endemic to the Indian Ocean Rim

Autoren: Fabrizio Menardo; Fabrizio Menardo; Liliana K. Rutaihwa; Liliana K. Rutaihwa; Michaela Zwyer; Michaela Zwyer; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Iñaki Comas; Emilyn Costa Conceição; Emilyn Costa Conceição; Mireia Coscolla; Helen Cox; Moses Joloba; Horng-Yunn Dou; Julia Feldmann; Julia Feldmann; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Lukas Fenner; Janet A. M. Fyfe; Qian Gao; Darío García de Viedma; Alberto
Veröffentlicht in: F1000Research, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2046-1402
Herausgeber: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.28318.2

Mortality from drug-resistant tuberculosis in high-burden countries comparing routine drug susceptibility testing with whole-genome sequencing: a multicentre cohort study

Autoren: Zürcher K, Reichmuth ML, Ballif M, Loiseau C, Borrell S, Reinhard M, Skrivankova V, Hömke R, Sander P, Avihingsanon A, Abimiku AG, Marcy O, Collantes J, Carter EJ, Wilkinson RJ, Cox H, Yotebieng M, Huebner R, Fenner L, Böttger EC, Gagneux S, Egger M.
Veröffentlicht in: Lancet Microbe, 2021, ISSN 0140-6736
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s2666-5247(21)00044-6

A new nomenclature for the livestock-associated Mycobacterium tuberculosis complex based on phylogenomics

Autoren: Michaela Zwyer; Cengiz Çavusoglu; Giovanni Ghielmetti; Maria Lodovica Pacciarini; Erika Scaltriti; Dick Van Soolingen; Anna Dötsch; Miriam Reinhard; Sebastien Gagneux; Daniela Brites
Veröffentlicht in: Open Research Europe, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2732-5121
Herausgeber: European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.14029.2

Variability in intrinsic drug tolerance in <i>Mycobacterium tuberculosis</i> corresponds with phylogenetic lineage

Autoren: Valerie F. A. March, Michaela Zwyer, Chloé Loiseau, Daniela Brites, Galo A. Goig, Selim Bouaouina, Anna Doetsch, Miriam Reinhard, Sevda Kalkan, Sebastien Gagneux, Sonia Borrell
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 69, 2025, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00996-25

The within-host evolution of antimicrobial resistance in Mycobacterium tuberculosis.

Autoren: Rhastin A D Castro; Rhastin A D Castro; Sonia Borrell; Sonia Borrell; Sebastien Gagneux; Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, Ausgabe 6, 2021, ISSN 0168-6445
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuaa071

Using population-specific add-on polymorphisms to improve genotype imputation in underrepresented populations

Autoren: Zhi Ming Xu; Sina Rüeger; Michaela Zwyer; Daniela Brites; Hellen Hiza; Miriam Reinhard; Liliana Rutaihwa; Sonia Borrell; Faima Isihaka; Hosiana Temba; Thomas Maroa; Rastard Naftari; Jerry Hella; Mohamed Sasamalo; Klaus Reither; Damien Portevin; Sebastien Gagneux; Jacques Fellay
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Ausgabe 1, 2022, Seite(n) e1009628, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009628

Gene conversion and duplication contribute to genetic variation in an outbreak of Mycobacterium tuberculosis

Autoren: Christoph Stritt, Michelle Reitsma, Ana Maria Garcia Marin, Galo Goig, Anna Dötsch, Sonia Borrell, Christian Beisel, Iñaki Comas, Daniela Brites, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.001396

Drug-induced differential culturability in diverse strains of Mycobacterium tuberculosis

Autoren: Valerie F. A. March, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Selim Bouaouina, Anna Doetsch, Galo A. Goig, Sebastien Gagneux, Sonia Borrell
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-85092-7

Onset of infectiousness explains differences in transmissibility across Mycobacterium tuberculosis lineages

Autoren: Etthel M. Windels, Cecilia Valenzuela Agüí, Bouke C. de Jong, Conor J. Meehan, Chloé Loiseau, Galo A. Goig, Michaela Zwyer, Sonia Borrell, Daniela Brites, Sebastien Gagneux, Tanja Stadler
Veröffentlicht in: Epidemics, Ausgabe 51, 2025, Seite(n) 100821, ISSN 1755-4365
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.epidem.2025.100821

The relative transmission fitness of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in a drug resistance hotspot

Autoren: Chloé Loiseau, Etthel M. Windels, Sebastian M. Gygli, Levan Jugheli, Nino Maghradze, Daniela Brites, Amanda Ross, Galo Goig, Miriam Reinhard, Sonia Borrell, Andrej Trauner, Anna Dötsch, Rusudan Aspindzelashvili, Rebecca Denes, Klaus Reither, Christian Beisel, Nestani Tukvadze, Zaza Avaliani, Tanja Stadler, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37719-y

Transmission as a Key Driver of Resistance to the New Tuberculosis Drugs

Autoren: Galo A. Goig, Chloé Loiseau, Nino Maghradze, Kakha Mchedlishvili, Teona Avaliani, Daniela Brites, Sonia Borrell, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: New England Journal of Medicine, Ausgabe 392, 2025, Seite(n) 97-99, ISSN 0028-4793
Herausgeber: Massachusetts Medical Society
DOI: 10.1056/nejmc2404644

Within-host evolution of drug tolerance in <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Autoren: Valerie F A March, Kakha Mchedlishvili, Galo A Goig, Nino Maghradze, Teona Avaliani, Rusudan Aspindzelashvili, Zaza Avaliani, Maia Kipiani, Nestani Tukvadze, Levan Jugheli, Selim Bouaouina, Anna Doetsch, Sevda Kalkan, Miriam Reinhard, Sebastien Gagneux, Sonia Borrell
Veröffentlicht in: JAC-Antimicrobial Resistance, Ausgabe 8, 2026, ISSN 2632-1823
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/jacamr/dlag007

Linking genetic and phenotypic bedaquiline resistance in Mycobacterium tuberculosis strains from Georgia

Autoren: Nino Maghradze, Chloé Loiseau, Galo Adrian Goig, Nino Bablishvili, Levan Jugheli, Sonia Borrell, Nestani Tukvadze, Russell Ryan Kempker, Zaza Avaliani, Sebastien Gagneux
Veröffentlicht in: PLOS One, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) e0326794, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0326794

Back-to-Africa introductions of Mycobacterium tuberculosis as the main cause of tuberculosis in Dar es Salaam, Tanzania

Autoren: Michaela Zwyer, Liliana K. Rutaihwa, Etthel Windels, Jerry Hella, Fabrizio Menardo, Mohamed Sasamalo, Gregor Sommer, Lena Schmülling, Sonia Borrell, Miriam Reinhard, Anna Dötsch, Hellen Hiza, Christoph Stritt, George Sikalengo, Lukas Fenner, Bouke C. De Jong, Midori Kato-Maeda, Levan Jugheli, Joel D. Ernst, Stefan Niemann, Leila Jeljeli, Marie Ballif, Matthias Egger, Niaina Rakotosamimanana, Dor
Veröffentlicht in: PLOS Pathogens, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) e1010893, ISSN 1553-7374
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1010893

Prisons as ecological drivers of fitness-compensated multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Autoren: Gygli SM, Loiseau C, Jugheli L, Adamia N, Trauner A, Reinhard M, Ross A, Borrell S, Aspindzelashvili R, Maghradze N, Reither K, Beisel C, Tukvadze N, Avaliani Z, Gagneux S
Veröffentlicht in: Nature Medicine, 2021, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01358-x

How do monomorphic bacteria evolve? The Mycobacterium tuberculosis complex and the awkward population genetics of extreme clonality

Autoren: Sebastien Gagneux, Christoph Stritt
Veröffentlicht in: Peer Community In Evolutionary Biology, 2022, ISSN 2551-668X
Herausgeber: Peer Community In Evolutionary Biology
DOI: 10.32942/x2gw2p