Accessing Nucleosomal DNA

Informations projet

NucEM

N° de convention de subvention: 884331

DOI

10.3030/884331

Date de signature de la CE 18 Septembre 2020

Date de début 1 Mars 2021

Date de fin 28 Février 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 100 929,00

Contribution de l’UE

€ 2 100 929,00

Coordonné par

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (16)

A Multicomponent Reaction-Based Platform Opens New Avenues in Aryl Hydrocarbon Receptor Modulation

Auteurs: Pau Nadal Rodríguez, Frederick Hartung, Marina Pedrola, Seemon Coomar, Alejandro Diaz-Moreno, Anna M. Hätälä, Katharina M. Rolfes, Ismael Sánchez-Vera, Joan Gil, Elies Molins, Antonio Viayna, Alexander Hanzl, Nicolas H. Thomä, Thomas Haarmann-Stemmann, F. Javier Luque, Rodolfo Lavilla, Ouldouz Ghashghaei
Publié dans: ACS Central Science, Numéro 11, 2025, Page(s) 629-641, ISSN 2374-7943
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acscentsci.5c00194

Pioneer factors: Emerging rules of engagement for transcription factors on chromatinized DNA

Auteurs: Manuel Carminati, Luca Vecchia, Lisa Stoos, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 88, 2024, Page(s) 102875, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102875

Design principles for cyclin K molecular glue degraders

Auteurs: Zuzanna Kozicka, Dakota J. Suchyta, Vivian Focht, Georg Kempf, Georg Petzold, Marius Jentzsch, Charles Zou, Cristina Di Genua, Katherine A. Donovan, Seemon Coomar, Marko Cigler, Cristina Mayor-Ruiz, Jonathan L. Schmid-Burgk, Daniel Häussinger, Georg E. Winter, Eric S. Fischer, Mikołaj Słabicki, Dennis Gillingham, Benjamin L. Ebert & Nicolas H. Thomä
Publié dans: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4469
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41589-023-01409-z

Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access

Auteurs: "Alicia K Michael # 1 2 , Lisa Stoos # 1 2 , Priya Crosby 3 , Nikolas Eggers 4 , Xinyu Y Nie 5 , Kristina Makasheva 6 , Martina Minnich 7 , Kelly L Healy 8 , Joscha Weiss 1 2 , Georg Kempf 1 , Simone Cavadini 1 , Lukas Kater 1 , Jan Seebacher 1 , Luca Vecchia 1 , Deyasini Chakraborty 1 2 , Luke Isbel 1 , Ralph S Grand 1 , Florian Andersch 7 , Jennifer L Fribourgh 3 , Dirk"
Publié dans: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06282-3

A deep dive into degrader-induced protein-protein interfaces

Auteurs: Pius Galli 1 , Carlos Pla-Prats 1 , Nicolas H Thomä 2
Publié dans: Trends Pharmacol Sci, 2023, ISSN 0165-6147
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2023.02.001

Recognition of the CCT5 di-Glu degron by CRL4DCAF12 is dependent on TRiC assembly

Auteurs: Carlos Pla-Prats 1 2 , Simone Cavadini 1 , Georg Kempf 1 , Nicolas H Thomä 1
Publié dans: EMBO J ., 2023, ISSN 1460-2075
Éditeur: Embo Press
DOI: 10.15252/embj.2022112253

Niclosamide: CRL4^AMBRA1 mediated degradation of cyclin D1 following mitochondrial membrane depolarization

Auteurs: Seemon Coomar, Jessica A. Gasser, Mikołaj Słabicki, Katherine A. Donovan, Eric S. Fischer, Benjamin L. Ebert, Dennis Gillingham, Nicolas H. Thomä
Publié dans: RSC Medicinal Chemistry, Numéro 16, 2025, Page(s) 3049-3057, ISSN 2632-8682
Éditeur: RSC Medicinal Chemistry
DOI: 10.1039/d5md00054h

Rational Design of CDK12/13 and BRD4 Molecular Glue Degraders

Auteurs: Zhe Zhuang, Woong Sub Byun, Zuzanna Kozicka, Katherine A. Donovan, Brendan G. Dwyer, Abby M. Thornhill, Hannah M. Jones, Zixuan Jiang, Xijun Zhu, Eric S. Fischer, Nicolas H. Thomä, Nathanael S. Gray
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 64, 2025, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202508427

Quality control of protein complex assembly by the ubiquitin-proteasome system

Auteurs: Carlos Pla-Prats, Nicolas H Thomä
Publié dans: Trends Cell Biol, 2022, ISSN 0962-8924
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2022.02.005

Primed for degradation: How weak protein interactions enable molecular glue degraders

Auteurs: Alexander Hanzl, Clara Inghelram, Stefan Schmitt, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 92, 2025, Page(s) 103052, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2025.103052

Reading the chromatinized genome

Auteurs: Alicia K Michael, Nicolas H Thomä
Publié dans: Cell, 2021, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.05.029

UBR5 forms ligand-dependent complexes on chromatin to regulate nuclear hormone receptor stability

Auteurs: Jonathan M Tsai 1 , Jacob D Aguirre 2 , Yen-Der Li 3 , Jared Brown 4 , Vivian Focht 2 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brittany Sandoval 5 , Stefan Schmitt 2 , Justine C Rutter 5 , Pius Galli 6 , Colby R Sandate 2 , Jevon A Cutler 7 , Charles Zou 5 , Katherine A Donovan 8 , Ryan J Lumpkin 8 , Simone Cavadini 2 , Paul M C Park 5 , Quinlan Sievers 5 , Charlie Hatton 7 , Elizabet
Publié dans: Mol. cell, 2023, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.06.028

Nucleosomes specify co-factor access to p53

Auteurs: Deyasini Chakraborty, Colby R. Sandate, Luke Isbel, Georg Kempf, Joscha Weiss, Simone Cavadini, Lukas Kater, Jan Seebacher, Zuzanna Kozicka, Lisa Stoos, Ralph S. Grand, Dirk Schübeler, Alicia K. Michael, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 85, 2025, Page(s) 2919-2936.e12, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2025.06.027

Orphan quality control shapes network dynamics and gene expression

Auteurs: Kevin G Mark 1 , SriDurgaDevi Kolla 1 , Jacob D Aguirre 2 , Danielle M Garshott 1 , Stefan Schmitt 2 , Diane L Haakonsen 3 , Christina Xu 1 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brenda Martínez-González 1 , David Akopian 1 , Stephanie K See 4 , Nicolas H Thomä 5 , Michael Rapé 6
Publié dans: Cell, 2023, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.015

DCAF1-based PROTACs with activity against clinically validated targets overcoming intrinsic- and acquired-degrader resistance

Auteurs: Martin Schröder, Martin Renatus, Xiaoyou Liang, Fabian Meili, Thomas Zoller, Sandrine Ferrand, Francois Gauter, Xiaoyan Li, Frederic Sigoillot, Scott Gleim, Therese-Marie Stachyra, Jason R. Thomas, Damien Begue, Maryam Khoshouei, Peggy Lefeuvre, Rita Andraos-Rey, BoYee Chung, Renate Ma, Benika Pinch, Andreas Hofmann, Markus Schirle, Niko Schmiedeberg, Patricia Imbach, Delphine Gorses, Keith Calki
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44237-4

Readout of histone methylation by Trim24 locally restricts chromatin opening by p53

Auteurs: Luke Isbel 1 2 , Murat Iskar 1 , Sevi Durdu 1 , Joscha Weiss 1 3 , Ralph S Grand 1 4 , Eric Hietter-Pfeiffer 1 3 , Zuzanna Kozicka 1 3 , Alicia K Michael 1 5 , Lukas Burger 1 6 , Nicolas H Thomä 1 , Dirk Schübeler 7 8
Publié dans: Nat Struct Mol Biol, 2023, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01021-8