Accessing Nucleosomal DNA

Informazioni relative al progetto

NucEM

ID dell’accordo di sovvenzione: 884331

DOI

10.3030/884331

Data della firma CE 18 Settembre 2020

Data di avvio 1 Marzo 2021

Data di completamento 28 Febbraio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 100 929,00

Contributo UE

€ 2 100 929,00

Coordinato da

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (16)

A Multicomponent Reaction-Based Platform Opens New Avenues in Aryl Hydrocarbon Receptor Modulation

Autori: Pau Nadal Rodríguez, Frederick Hartung, Marina Pedrola, Seemon Coomar, Alejandro Diaz-Moreno, Anna M. Hätälä, Katharina M. Rolfes, Ismael Sánchez-Vera, Joan Gil, Elies Molins, Antonio Viayna, Alexander Hanzl, Nicolas H. Thomä, Thomas Haarmann-Stemmann, F. Javier Luque, Rodolfo Lavilla, Ouldouz Ghashghaei
Pubblicato in: ACS Central Science, Numero 11, 2025, Pagina/e 629-641, ISSN 2374-7943
Editore: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acscentsci.5c00194

Pioneer factors: Emerging rules of engagement for transcription factors on chromatinized DNA

Autori: Manuel Carminati, Luca Vecchia, Lisa Stoos, Nicolas H. Thomä
Pubblicato in: Current Opinion in Structural Biology, Numero 88, 2024, Pagina/e 102875, ISSN 0959-440X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102875

Design principles for cyclin K molecular glue degraders

Autori: Zuzanna Kozicka, Dakota J. Suchyta, Vivian Focht, Georg Kempf, Georg Petzold, Marius Jentzsch, Charles Zou, Cristina Di Genua, Katherine A. Donovan, Seemon Coomar, Marko Cigler, Cristina Mayor-Ruiz, Jonathan L. Schmid-Burgk, Daniel Häussinger, Georg E. Winter, Eric S. Fischer, Mikołaj Słabicki, Dennis Gillingham, Benjamin L. Ebert & Nicolas H. Thomä
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4469
Editore: Nature
DOI: 10.1038/s41589-023-01409-z

Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access

Autori: "Alicia K Michael # 1 2 , Lisa Stoos # 1 2 , Priya Crosby 3 , Nikolas Eggers 4 , Xinyu Y Nie 5 , Kristina Makasheva 6 , Martina Minnich 7 , Kelly L Healy 8 , Joscha Weiss 1 2 , Georg Kempf 1 , Simone Cavadini 1 , Lukas Kater 1 , Jan Seebacher 1 , Luca Vecchia 1 , Deyasini Chakraborty 1 2 , Luke Isbel 1 , Ralph S Grand 1 , Florian Andersch 7 , Jennifer L Fribourgh 3 , Dirk"
Pubblicato in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06282-3

A deep dive into degrader-induced protein-protein interfaces

Autori: Pius Galli 1 , Carlos Pla-Prats 1 , Nicolas H Thomä 2
Pubblicato in: Trends Pharmacol Sci, 2023, ISSN 0165-6147
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2023.02.001

Recognition of the CCT5 di-Glu degron by CRL4DCAF12 is dependent on TRiC assembly

Autori: Carlos Pla-Prats 1 2 , Simone Cavadini 1 , Georg Kempf 1 , Nicolas H Thomä 1
Pubblicato in: EMBO J ., 2023, ISSN 1460-2075
Editore: Embo Press
DOI: 10.15252/embj.2022112253

Niclosamide: CRL4^AMBRA1 mediated degradation of cyclin D1 following mitochondrial membrane depolarization

Autori: Seemon Coomar, Jessica A. Gasser, Mikołaj Słabicki, Katherine A. Donovan, Eric S. Fischer, Benjamin L. Ebert, Dennis Gillingham, Nicolas H. Thomä
Pubblicato in: RSC Medicinal Chemistry, Numero 16, 2025, Pagina/e 3049-3057, ISSN 2632-8682
Editore: RSC Medicinal Chemistry
DOI: 10.1039/d5md00054h

Rational Design of CDK12/13 and BRD4 Molecular Glue Degraders

Autori: Zhe Zhuang, Woong Sub Byun, Zuzanna Kozicka, Katherine A. Donovan, Brendan G. Dwyer, Abby M. Thornhill, Hannah M. Jones, Zixuan Jiang, Xijun Zhu, Eric S. Fischer, Nicolas H. Thomä, Nathanael S. Gray
Pubblicato in: Angewandte Chemie International Edition, Numero 64, 2025, ISSN 1433-7851
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202508427

Quality control of protein complex assembly by the ubiquitin-proteasome system

Autori: Carlos Pla-Prats, Nicolas H Thomä
Pubblicato in: Trends Cell Biol, 2022, ISSN 0962-8924
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2022.02.005

Primed for degradation: How weak protein interactions enable molecular glue degraders

Autori: Alexander Hanzl, Clara Inghelram, Stefan Schmitt, Nicolas H. Thomä
Pubblicato in: Current Opinion in Structural Biology, Numero 92, 2025, Pagina/e 103052, ISSN 0959-440X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2025.103052

Reading the chromatinized genome

Autori: Alicia K Michael, Nicolas H Thomä
Pubblicato in: Cell, 2021, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.05.029

UBR5 forms ligand-dependent complexes on chromatin to regulate nuclear hormone receptor stability

Autori: Jonathan M Tsai 1 , Jacob D Aguirre 2 , Yen-Der Li 3 , Jared Brown 4 , Vivian Focht 2 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brittany Sandoval 5 , Stefan Schmitt 2 , Justine C Rutter 5 , Pius Galli 6 , Colby R Sandate 2 , Jevon A Cutler 7 , Charles Zou 5 , Katherine A Donovan 8 , Ryan J Lumpkin 8 , Simone Cavadini 2 , Paul M C Park 5 , Quinlan Sievers 5 , Charlie Hatton 7 , Elizabet
Pubblicato in: Mol. cell, 2023, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.06.028

Nucleosomes specify co-factor access to p53

Autori: Deyasini Chakraborty, Colby R. Sandate, Luke Isbel, Georg Kempf, Joscha Weiss, Simone Cavadini, Lukas Kater, Jan Seebacher, Zuzanna Kozicka, Lisa Stoos, Ralph S. Grand, Dirk Schübeler, Alicia K. Michael, Nicolas H. Thomä
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 85, 2025, Pagina/e 2919-2936.e12, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2025.06.027

Orphan quality control shapes network dynamics and gene expression

Autori: Kevin G Mark 1 , SriDurgaDevi Kolla 1 , Jacob D Aguirre 2 , Danielle M Garshott 1 , Stefan Schmitt 2 , Diane L Haakonsen 3 , Christina Xu 1 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brenda Martínez-González 1 , David Akopian 1 , Stephanie K See 4 , Nicolas H Thomä 5 , Michael Rapé 6
Pubblicato in: Cell, 2023, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.015

DCAF1-based PROTACs with activity against clinically validated targets overcoming intrinsic- and acquired-degrader resistance

Autori: Martin Schröder, Martin Renatus, Xiaoyou Liang, Fabian Meili, Thomas Zoller, Sandrine Ferrand, Francois Gauter, Xiaoyan Li, Frederic Sigoillot, Scott Gleim, Therese-Marie Stachyra, Jason R. Thomas, Damien Begue, Maryam Khoshouei, Peggy Lefeuvre, Rita Andraos-Rey, BoYee Chung, Renate Ma, Benika Pinch, Andreas Hofmann, Markus Schirle, Niko Schmiedeberg, Patricia Imbach, Delphine Gorses, Keith Calki
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44237-4

Readout of histone methylation by Trim24 locally restricts chromatin opening by p53

Autori: Luke Isbel 1 2 , Murat Iskar 1 , Sevi Durdu 1 , Joscha Weiss 1 3 , Ralph S Grand 1 4 , Eric Hietter-Pfeiffer 1 3 , Zuzanna Kozicka 1 3 , Alicia K Michael 1 5 , Lukas Burger 1 6 , Nicolas H Thomä 1 , Dirk Schübeler 7 8
Pubblicato in: Nat Struct Mol Biol, 2023, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01021-8