Accessing Nucleosomal DNA

Projektinformationen

NucEM

ID Finanzhilfevereinbarung: 884331

DOI

10.3030/884331

EK-Unterschriftsdatum 18 September 2020

Startdatum 1 März 2021

Enddatum 28 Februar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 100 929,00

EU-Beitrag

€ 2 100 929,00

Koordiniert durch

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

A Multicomponent Reaction-Based Platform Opens New Avenues in Aryl Hydrocarbon Receptor Modulation

Autoren: Pau Nadal Rodríguez, Frederick Hartung, Marina Pedrola, Seemon Coomar, Alejandro Diaz-Moreno, Anna M. Hätälä, Katharina M. Rolfes, Ismael Sánchez-Vera, Joan Gil, Elies Molins, Antonio Viayna, Alexander Hanzl, Nicolas H. Thomä, Thomas Haarmann-Stemmann, F. Javier Luque, Rodolfo Lavilla, Ouldouz Ghashghaei
Veröffentlicht in: ACS Central Science, Ausgabe 11, 2025, Seite(n) 629-641, ISSN 2374-7943
Herausgeber: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acscentsci.5c00194

Pioneer factors: Emerging rules of engagement for transcription factors on chromatinized DNA

Autoren: Manuel Carminati, Luca Vecchia, Lisa Stoos, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 88, 2024, Seite(n) 102875, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102875

Design principles for cyclin K molecular glue degraders

Autoren: Zuzanna Kozicka, Dakota J. Suchyta, Vivian Focht, Georg Kempf, Georg Petzold, Marius Jentzsch, Charles Zou, Cristina Di Genua, Katherine A. Donovan, Seemon Coomar, Marko Cigler, Cristina Mayor-Ruiz, Jonathan L. Schmid-Burgk, Daniel Häussinger, Georg E. Winter, Eric S. Fischer, Mikołaj Słabicki, Dennis Gillingham, Benjamin L. Ebert & Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4469
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41589-023-01409-z

Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access

Autoren: "Alicia K Michael # 1 2 , Lisa Stoos # 1 2 , Priya Crosby 3 , Nikolas Eggers 4 , Xinyu Y Nie 5 , Kristina Makasheva 6 , Martina Minnich 7 , Kelly L Healy 8 , Joscha Weiss 1 2 , Georg Kempf 1 , Simone Cavadini 1 , Lukas Kater 1 , Jan Seebacher 1 , Luca Vecchia 1 , Deyasini Chakraborty 1 2 , Luke Isbel 1 , Ralph S Grand 1 , Florian Andersch 7 , Jennifer L Fribourgh 3 , Dirk"
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06282-3

A deep dive into degrader-induced protein-protein interfaces

Autoren: Pius Galli 1 , Carlos Pla-Prats 1 , Nicolas H Thomä 2
Veröffentlicht in: Trends Pharmacol Sci, 2023, ISSN 0165-6147
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2023.02.001

Recognition of the CCT5 di-Glu degron by CRL4DCAF12 is dependent on TRiC assembly

Autoren: Carlos Pla-Prats 1 2 , Simone Cavadini 1 , Georg Kempf 1 , Nicolas H Thomä 1
Veröffentlicht in: EMBO J ., 2023, ISSN 1460-2075
Herausgeber: Embo Press
DOI: 10.15252/embj.2022112253

Niclosamide: CRL4^AMBRA1 mediated degradation of cyclin D1 following mitochondrial membrane depolarization

Autoren: Seemon Coomar, Jessica A. Gasser, Mikołaj Słabicki, Katherine A. Donovan, Eric S. Fischer, Benjamin L. Ebert, Dennis Gillingham, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: RSC Medicinal Chemistry, Ausgabe 16, 2025, Seite(n) 3049-3057, ISSN 2632-8682
Herausgeber: RSC Medicinal Chemistry
DOI: 10.1039/d5md00054h

Rational Design of CDK12/13 and BRD4 Molecular Glue Degraders

Autoren: Zhe Zhuang, Woong Sub Byun, Zuzanna Kozicka, Katherine A. Donovan, Brendan G. Dwyer, Abby M. Thornhill, Hannah M. Jones, Zixuan Jiang, Xijun Zhu, Eric S. Fischer, Nicolas H. Thomä, Nathanael S. Gray
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 64, 2025, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202508427

Quality control of protein complex assembly by the ubiquitin-proteasome system

Autoren: Carlos Pla-Prats, Nicolas H Thomä
Veröffentlicht in: Trends Cell Biol, 2022, ISSN 0962-8924
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2022.02.005

Primed for degradation: How weak protein interactions enable molecular glue degraders

Autoren: Alexander Hanzl, Clara Inghelram, Stefan Schmitt, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 92, 2025, Seite(n) 103052, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2025.103052

Reading the chromatinized genome

Autoren: Alicia K Michael, Nicolas H Thomä
Veröffentlicht in: Cell, 2021, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.05.029

UBR5 forms ligand-dependent complexes on chromatin to regulate nuclear hormone receptor stability

Autoren: Jonathan M Tsai 1 , Jacob D Aguirre 2 , Yen-Der Li 3 , Jared Brown 4 , Vivian Focht 2 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brittany Sandoval 5 , Stefan Schmitt 2 , Justine C Rutter 5 , Pius Galli 6 , Colby R Sandate 2 , Jevon A Cutler 7 , Charles Zou 5 , Katherine A Donovan 8 , Ryan J Lumpkin 8 , Simone Cavadini 2 , Paul M C Park 5 , Quinlan Sievers 5 , Charlie Hatton 7 , Elizabet
Veröffentlicht in: Mol. cell, 2023, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.06.028

Nucleosomes specify co-factor access to p53

Autoren: Deyasini Chakraborty, Colby R. Sandate, Luke Isbel, Georg Kempf, Joscha Weiss, Simone Cavadini, Lukas Kater, Jan Seebacher, Zuzanna Kozicka, Lisa Stoos, Ralph S. Grand, Dirk Schübeler, Alicia K. Michael, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 85, 2025, Seite(n) 2919-2936.e12, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2025.06.027

Orphan quality control shapes network dynamics and gene expression

Autoren: Kevin G Mark 1 , SriDurgaDevi Kolla 1 , Jacob D Aguirre 2 , Danielle M Garshott 1 , Stefan Schmitt 2 , Diane L Haakonsen 3 , Christina Xu 1 , Lukas Kater 2 , Georg Kempf 2 , Brenda Martínez-González 1 , David Akopian 1 , Stephanie K See 4 , Nicolas H Thomä 5 , Michael Rapé 6
Veröffentlicht in: Cell, 2023, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.015

DCAF1-based PROTACs with activity against clinically validated targets overcoming intrinsic- and acquired-degrader resistance

Autoren: Martin Schröder, Martin Renatus, Xiaoyou Liang, Fabian Meili, Thomas Zoller, Sandrine Ferrand, Francois Gauter, Xiaoyan Li, Frederic Sigoillot, Scott Gleim, Therese-Marie Stachyra, Jason R. Thomas, Damien Begue, Maryam Khoshouei, Peggy Lefeuvre, Rita Andraos-Rey, BoYee Chung, Renate Ma, Benika Pinch, Andreas Hofmann, Markus Schirle, Niko Schmiedeberg, Patricia Imbach, Delphine Gorses, Keith Calki
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44237-4

Readout of histone methylation by Trim24 locally restricts chromatin opening by p53

Autoren: Luke Isbel 1 2 , Murat Iskar 1 , Sevi Durdu 1 , Joscha Weiss 1 3 , Ralph S Grand 1 4 , Eric Hietter-Pfeiffer 1 3 , Zuzanna Kozicka 1 3 , Alicia K Michael 1 5 , Lukas Burger 1 6 , Nicolas H Thomä 1 , Dirk Schübeler 7 8
Veröffentlicht in: Nat Struct Mol Biol, 2023, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01021-8