Descrizione del progetto
Lo spettro d’ospite e l’adattamento del genoma dei virus giganti
I virus giganti sono caratterizzati da genomi insolitamente grandi e codificano geni relativi alla traduzione; ciò significa che essi sono dotati di un’indipendenza di traduzione maggiore rispetto ad altri virus. Sebbene la loro scoperta abbia messo in discussione l’attuale comprensione dei virus, la loro gamma di organismi ospiti e le specie ospiti naturali non sono ancora stati determinati. L’ipotesi su cui si fonda il progetto GIVIREVOL, finanziato dall’UE, è che l’utilizzo del codone sia fondamentale per l’adattamento virale. Grazie all’impiego di strategie in silico e di laboratorio umido, gli scienziati analizzeranno le preferenze d’uso del codone tra i virus giganti ed effettueranno previsioni. Tali preferenze verranno testate sperimentalmente. Il progetto fornirà inoltre informazioni sul modo in cui l’adattamento del genoma modella il rapporto evolutivo tra i virus giganti e i loro ospiti, facendo progredire il campo della virologia evolutiva.
Obiettivo
For more than a century, viruses were considered tiny particles, fully dependent on their host cells to replicate. The recent discovery of giant viruses, containing unusually large genomes, challenged this assumption and blurred the sharp division between viruses and cellular life. It was also striking to learn that many of the giant virus genomes encode translation-related genes, indicating that they are presumably more independent -in terms of translation- as compared to other viruses and potentially infect and replicate in a broad range of hosts. Nonetheless, for most of the giant viruses, the precise host range and natural host species remain to be investigated.
In the proposed project, I will investigate the host range and genome adaptation of giant viruses by combining in silico and wet-lab strategies. I postulate that, codon usage is an important factor in the adaptation of giant viruses to their hosts, where well-adapted codon usage provides for superior viral fitness. I will analyse the codon usage preferences among giant viruses and correlate these with the known and presumable hosts they infect. This will allow me to computationally predict the best-suited hosts, and subsequently, experimentally assess my predictions on different laboratory hosts. To further investigate whether codon usage defines the rate of genome adaptation of giant viruses, I will perform experimental evolution over a half year time period.
The origin and evolutionary history of giant viruses is controversially discussed. By investigating the evolutionary relationships between giant viruses and their hosts in the context of their codon usage preferences, I will contribute to a better understanding of the factors determining host range and the evolutionary processes shaping giant virus genomes. Disentangling the connection between genomic content and host range will provide important knowledge in the fields of virology, evolutionary biology, genomics, and virus-host interactions.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze umanistiche storia e archeologia storia
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia virologia
- scienze naturali scienze biologiche biologia evoluzionistica
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1010 Wien
Austria
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.