Descrizione del progetto
Approfondimento strutturale nella regolazione dell’espressione genica
L’espressione genica nelle cellule eucariotiche è guidata da una complessa interazione di fattori tra cui stimolatori e repressori, accessibilità della cromatina e modificazioni del DNA. L’orchestrazione di questi fattori sembra ospitare eventi casuali, quali il danno al DNA e l’azione del meccanismo di riparazione del DNA. Il progetto EPIDNA, finanziato dall’UE, si concentrerà sul ruolo delle modificazioni del DNA in modelli nucleosomici accanto all’interazione tra stress ossidativo e regolazione trascrizionale. L’obiettivo è quello di comprendere la messa a punto dei parametri che guidano l’espressione genica, contribuendo a gettare luce su una moltitudine di processi quali lo sviluppo embrionale e la determinazione del destino cellulare.
Obiettivo
In eukaryotic cells, gene expression is regulated by a complex interplay between a number of factors, from large-scale chromatin accessibility to inducible enhancers or repressors to local DNA modifications, changes in nucleosome architecture and specific histone markers. These finely tuned factors coordinate embrional development, response to stimuli and changes in cell fate. At the same time, this regulatory network has to robustly accommodate random events, most notably the presence of DNA damage and the action of DNA repair factors. While recent reports suggest this interplay is not always smooth, our mechanistic understanding of the underlying processes is severely limited, highlighting the need for quantitative approaches that will yield predictive models.
In this proposal, I plan to investigate three aspects of this interplay that recently came into the spotlight. Firstly, an integrative computational and experimental approach will be used to quantify the positioning effect resulting from a range of common DNA modifications: regulatory base variants that can be used to enforce specific nucleosome patterns, and damage byproducts that would thereby interfere with DNA repair through altered exposure to the environment. Secondly, a number of transcription factors will be systematically assessed to detect ones sensitive to the presence of the most common oxidative lesion, 8-oxoguanine, to identify possible direct cross-talk between oxidative stress and transcriptional regulation at oxidative hot spots. Finally, a multiscale quantum/classical study will explore the thermodynamics, mechanism of formation and possible nucleosomal locations of covalent histone-DNA cross-links that were recently postulated to both mediate the regulatory role of 5-formylcytosine and accelerate strand scission at abasic sites.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- scienze naturaliscienze biologichegeneticaDNA
- scienze naturaliscienze fisichetermodinamica
- scienze naturaliscienze biologichegeneticaepigenetica
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Argomento(i)
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(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2019
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinatore
08028 Barcelona
Spagna