Projektbeschreibung
Sekundäre Stoffwechselprodukte des Mikrobioms und ihre Funktionen
Das Darmmikrobiom hat sich gemeinsam mit dem Wirt so entwickelt, dass durch komplexe Interaktionen von Wirt und Mikroorganismen bzw. zwischen Mikroorganismen Homöostase möglich wird. Das Forschungsteam des EU-finanzierten Projekts RiPPs from the Gut will nun das Mikrobiom aus funktionaler Perspektive untersuchen und sich dabei vor allem auf mikrobielle sekundäre Stoffwechselprodukte und Naturstoffe konzentrieren. Mit Hilfe von Bioaktivitäts-Assays und chemischer Proteomik werden Rolle und Synthese verschiedener Naturstoffe in biosynthetischen Genclustern der ergiebigsten Darmbakterien analysiert. Vor allem soll es um die Naturstoffe der sogenannten RiPP-Familie (ribosomal synthetisierte und posttranslational modifizierte Peptide) gehen. Anhand der Ergebnisse könnten sich mögliche therapeutische Anwendungen dieser Stoffwechselprodukte für Syndrome mit Störungen des Darmmikrobioms finden lassen.
Ziel
The human gut is the habitat for trillions of microbial cells living in synergy with each other and with the host. While metagenomic studies of the gut microbiome have provided a wealth of DNA sequence data, functional studies of gut bacteria remain challenging. To study the gut microbiome from a functional perspective, understanding host-microbe and microbe-microbe interactions is key. These contacts are often established by specialized molecules termed secondary metabolites or natural products (NPs). The machinery required to synthesize these metabolites is encoded in bacterial genomes by biosynthetic gene clusters (BCGs). Remarkably, even though 14,000 BGCs were identified in the human microbiota, very little is known about the identities and functions of their products. To address that, we will focus on NPs of the ribosomally synthesized and post-translationally modified peptide (RiPP) family, the second most abundant NP class in the human gut. The Piel group recently discovered unprecedented RiPPs with altered peptide backbones, challenging the paradigm that ribosomal synthesis is limited to the L-alpha-amino acid topology. These modifications include the excision of a tyramine moiety from a tyrosine-glycine motif, which introduces an alpha-keto-beta-amino acid in the peptide precursor backbone; and the epimerization of amino acids from L- to D-configuration. Enzymes homologous to these backbone-modifying catalysts and associated with RiPP gene clusters have been found bioinformatically in a wide variety of bacterial genomes, including gut microbiome representatives. The pervasiveness of these BGCs in microbiome bacteria suggests a function for these metabolites and possible therapeutic applications. This proposal aims to identify the products of these gene clusters in representatives of the most abundant phyla in the gut microbiome. In addition, we will examine the functions of the discovered metabolites utilizing bioactivity assays and chemical proteomics.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteomik
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Bakteriologie
- Naturwissenschaften Naturwissenschaften Astronomie Astrophysik dunkle Materie
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften organische Chemie Amine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2019
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
8092 Zuerich
Schweiz
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.