HEPARIN AND HEPARAN SULPHATE: FROM SEQUENCE DETERMINATION TO THERAPEUTIC STRATEGIES FOR PARKINSON’S DISEASE

Informations projet

HS-SEQ

N° de convention de subvention: 899687

DOI

10.3030/899687

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Mai 2020

Date de début 1 Octobre 2020

Date de fin 30 Septembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Future and Emerging Technologies (FET)

Coût total

€ 3 998 385,00

Contribution de l’UE

€ 3 848 385,00

Coordonné par

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (4)

Prototype MS-IMS-IR instrument based on Waters SYNAPT G2S

Prototype MSIMSIR instrument based on Waters SYNAPT G2S

Automation platform for chemoenzymatic synthesis of HS saccharide standards
Advanced separations methods for natural heparin and HS
Workflows for phage-display antibodies development using synthetic and cellular HS

Workflows for phagedisplay antibodies development using synthetic and cellular HS

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Public website

Publications

Peer reviewed articles (16)

A reference human induced pluripotent stem cell line for large-scale collaborative studies

Auteurs: Pantazis C.B., Yang A., Lara E., McDonough J.A., Blauwendraat C., Peng L., Oguro H., Kanaujiya J., Zou J., Sebesta D., Pratt G., Cross E., Blockwick J., Buxton P., Kinner-Bibeau L., Medura C., Tompkins C., Hughes S., Santiana M., Faghri F., Nalls M.A., Vitale D., Ballard S., Qi Y.A., Ramos D.M., Anderson K.M., Stadler J., Narayan P., Papademetriou J., Reilly L., Nelson M.P., Aggarwal S., Rosen L.U
Publié dans: Cell Stem Cell, 2022, Page(s) 1685-1702 e22, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2022.11.004

Heparin increases the antibiotic efficacy of colistin

Auteurs: Szekeres G.P., Hanozin E., Diehn R., Horlebein J., Polewski L., Zappe A., Lauster D., Pagel K.
Publié dans: Frontiers in Analytical Science, 2023, ISSN 2673-9283
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/frans.2023.1154391

Chondroitin Sulfate Disaccharides in the Gas Phase: Differentiation and Conformational Constraints

Auteurs: Maike Lettow, Kim Greis, Márkó Grabarics, Jan Horlebein, Rebecca L. Miller, Gerard Meijer, Gert von Helden, Kevin Pagel
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry A, Numéro 125/20, 2021, Page(s) 4373-4379, ISSN 1089-5639
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpca.1c02463

Identification of heparin-binding amino acid residues in antibody HS4C3 with the potential to design antibodies against heparan sulfate domains

Auteurs: Lars A A Damen, Thao P Bui, Thierry van Wessel, Yong Li, Bart F Straten, Robin Pampiermole, Willeke F Daamen, David G Fernig, Toin H van Kuppevelt
Publié dans: Glycobiology, Numéro 34, 2024, ISSN 1460-2423
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/glycob/cwae046

Ion Mobility Mass Spectrometry‐Based Disaccharide Analysis of Glycosaminoglycans

Auteurs: Lukasz Polewski, Eunjin Moon, Andreas Zappe, Michael Götze, Gergo Peter Szekeres, Christian Roth, Kevin Pagel
Publié dans: Chemistry – A European Journal, Numéro 30, 2024, ISSN 0947-6539
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202400783

Predicting structural motifs of glycosaminoglycans using cryogenic infrared spectroscopy and random forest

Auteurs: Riedel J., Lettow M., Grabarics M., Gotze M., Miller R.L., Boons G.J., Meijer G., von Helden G., Szekeres G.P., Pagel K.
Publié dans: J. Am. Chem. Soc., 2023, Page(s) 7859-7868, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c12762

Chemokine Oligomers and the Impact of Fondaparinux Binding

Auteurs: Gergo Peter Szekeres, Douglas P. Dyer, Rebecca L. Miller, Kevin Pagel
Publié dans: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Numéro 35, 2024, Page(s) 1550-1555, ISSN 1044-0305
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.4c00142

Analytical challenges of glycosaminoglycans at biological interfaces

Auteurs: Gergo Peter Szekeres, Kevin Pagel, Zsuzsanna Heiner
Publié dans: Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, ISSN 1618-2642
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00216-021-03705-w

Ion mobility-tandem mass spectrometry of mucin-type O-glycans

Auteurs: Leïla Bechtella, Jin Chunsheng, Kerstin Fentker, Güney R. Ertürk, Marc Safferthal, Łukasz Polewski, Michael Götze, Simon Y. Graeber, Gaël M. Vos, Weston B. Struwe, Marcus A. Mall, Philipp Mertins, Niclas G. Karlsson, Kevin Pagel
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, Page(s) 1-10, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46825-4

Mass Spectrometry-Based Techniques to Elucidate the Sugar Code

Auteurs: Márkó Grabarics, Maike Lettow, Carla Kirschbaum, Kim Greis, Christian Manz, Kevin Pagel
Publié dans: Chemical Reviews, 2021, ISSN 0009-2665
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.1c00380

The interaction of chondroitin sulfate with a lipid monolayer observed by using nonlinear vibrational spectroscopy

Auteurs: Gergo Peter Szekeres, Szilvia Krekic, Rebecca L. Miller, Mark Mero, Kevin Pagel, Zsuzsanna Heiner
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 23/23, 2021, Page(s) 13389-13395, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp01975a

Well-defined heparin mimetics can inhibit binding of the trimeric spike of SARS—COV2 in a length-dependent manner

Auteurs: Sun L., Chopra P., Tomris I., van der Woude R., Liu L., de Vries R.P., Boons G.J.
Publié dans: JACS Au, 2023, Page(s) 1185-1195, ISSN 2691-3704
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacsau.3c00042

Chemokine CXCL4 interactions with extracellular matrix proteoglycans mediate widespread immune cell recruitment independent of chemokine receptors

Auteurs: Gray A.L., Karlsson R., Roberts A.R.E., Ridley A.J.L., Pun N., Khan B., Lawless C., Luis R., Szpakowska M., Chevigne A., Hughes C.E., Medina-Ruiz L., Birchenough H.L., Mulholland I.Z., Salanga C.L., Yates E.A., Turnbull J.E., Handel T.M., Graham G.J., Jowitt T.A., Schiessl I., Richter R.P., Miller R.L., Dyer D.P.
Publié dans: Cell Rep, 2023, Page(s) 111930, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111930

Chemoenzymatic Synthesis of Heparan Sulfate Oligosaccharides having a Domain Structure**

Auteurs: Sun, Lifeng; Chopra, Pradeep; Boons, Geert-Jan; Afd Chemical Biology and Drug Discovery; Sub Chemical Biology and Drug Discovery; Chemical Biology and Drug Discovery; Chemical Biology and Drug Discovery
Publié dans: Angewandte Chemie-International Edition, 2022, Page(s) e202211112, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202211112

State‐of‐the‐art glycosaminoglycan characterization

Auteurs: Andreas Zappe, Rebecca L. Miller, Weston B. Struwe, Kevin Pagel
Publié dans: Mass Spectrometry Reviews, 2021, ISSN 0277-7037
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/mas.21737

Protein Secondary Structure Affects Glycan Clustering in Native Mass Spectrometry

Auteurs: Hao Yan, Julia Lockhauserbäumer, Gergo Peter Szekeres, Alvaro Mallagaray, Robert Creutznacher, Stefan Taube, Thomas Peters, Kevin Pagel, Charlotte Uetrecht
Publié dans: Life, Numéro 11/6, 2021, Page(s) 554, ISSN 2075-1729
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/life11060554