Integrative mechanistic and multi-omics Modelling of Antigen Presentation to predict epitope dynamics

Informations projet

IMAP

N° de convention de subvention: 945528

DOI

10.3030/945528

Date de signature de la CE 13 Octobre 2020

Date de début 1 Avril 2021

Date de fin 31 Mars 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 495 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 495 000,00

Coordonné par

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (7)

iBench: A ground truth approach for advanced validation of mass spectrometry identification method

Auteurs: John A. Cormican, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Proteomics, Numéro 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200271

Database search engines and target database features impinge upon the identification of post-translationally cis-spliced peptides in HLA class I immunopeptidomes

Auteurs: Michele Mishto, Yehor Horokhovskyi, John A. Cormican, Xiaoping Yang, Steven Lynham, Henning Urlaub, Juliane Liepe
Publié dans: Proteomics, Numéro 16159853, 2022, Page(s) 2100226, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100226

Predicting the success of Fmoc-based peptide synthesis.

Auteurs: Ilanit Gutman; Ron Gutman; John Sidney; Leila Chihab; Michele Mishto; Juliane Liepe; Anthony Chiem; Jason Greenbaum; Zhen Yan; Alessandro Sette; Zeynep Koşaloğlu-Yalçın; Bjoern Peters
Publié dans: ACS Omega, Numéro 24701343, 2022, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.25418/crick.20376597.v1

Response: Commentary: An In Silico–In Vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01+ KRAS G12V+ Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients

Auteurs: Michele Mishto, Guillermo Rodriguez-Hernandez, Jacques Neefjes, Henning Urlaub, Juliane Liepe4*
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 12, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.679836

Potential Mimicry of Viral and Pancreatic β Cell Antigens Through Non-Spliced and cis-Spliced Zwitter Epitope Candidates in Type 1 Diabetes

Auteurs: Michele Mishto, Artem Mansurkhodzhaev, Teresa Rodriguez-Calvo, Juliane Liepe
Publié dans: Front. Immunol., Numéro 16643224, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.656451

InvitroSPI and a large database of proteasome-generated spliced and non-spliced peptides

Auteurs: Hanna P. Roetschke; Guillermo Rodriguez-Hernandez; John A. Cormican; Xiaoping Yang; Steven Lynham; Michele Mishto; Juliane Liepe
Publié dans: Scientific Data, Numéro 1, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Nature Publishing Group, 2014-
DOI: 10.1038/s41597-022-01890-6

inSPIRE: An open-source tool for increased mass spectrometry identification rates using Prosit spectral prediction

Auteurs: John A. Cormican, Yehor Horokhovskyi, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 15359476, 2022, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100432