Integrative mechanistic and multi-omics Modelling of Antigen Presentation to predict epitope dynamics

Informations projet

IMAP

N° de convention de subvention: 945528

DOI

10.3030/945528

Date de signature de la CE 13 Octobre 2020

Date de début 1 Avril 2021

Date de fin 31 Mars 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 495 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 495 000,00

Coordonné par

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (14)

The maintenance of oocytes in the mammalian ovary involves extreme protein longevity

Auteurs: Katarina Harasimov, Rebecca L. Gorry, Luisa M. Welp, Sarah Mae Penir, Yehor Horokhovskyi, Shiya Cheng, Katsuyoshi Takaoka, Alexandra Stützer, Ann-Sophie Frombach, Ana Lisa Taylor Tavares, Monika Raabe, Sara Haag, Debojit Saha, Katharina Grewe, Vera Schipper, Silvio O. Rizzoli, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Melina Schuh
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 26, 2024, Page(s) 1124-1138, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01442-7

iBench: A ground truth approach for advanced validation of mass spectrometry identification method

Auteurs: John A. Cormican, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Proteomics, Numéro 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200271

Protein degradation by human 20S proteasomes elucidates the interplay between peptide hydrolysis and splicing

Auteurs: Wai Tuck Soh, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Bei Fang Teo, Nyet Cheng Chiam, Monika Raabe, Ralf Pflanz, Fabian Henneberg, Stefan Becker, Ashwin Chari, Haiyan Liu, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Michele Mishto
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45339-3

Database search engines and target database features impinge upon the identification of post-translationally cis-spliced peptides in HLA class I immunopeptidomes

Auteurs: Michele Mishto, Yehor Horokhovskyi, John A. Cormican, Xiaoping Yang, Steven Lynham, Henning Urlaub, Juliane Liepe
Publié dans: Proteomics, Numéro 16159853, 2022, Page(s) 2100226, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100226

Chemical crosslinking extends and complements UV crosslinking in analysis of RNA/DNA nucleic acid–protein interaction sites by mass spectrometry

Auteurs: Luisa M Welp, Alexander Wulf, Aleksandar Chernev, Yehor Horokhovskyi, Sergei Moshkovskii, Olexandr Dybkov, Piotr Neumann, Martin Pašen, Arslan Siraj, Monika Raabe, Henri Göthert, James L Walshe, Deliana A Infante, Ana C de A.P. Schwarzer, Achim Dickmanns, Sven Johannsson, Jana Schmitzová, Ingo Wohlgemuth, Eugen Netz, Yi He, Kai Fritzemeier, Bernard Delanghe, Rosa Viner, Seychelle M Vos,
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf727

An Automated Workflow to Address Proteome Complexity and the Large Search Space Problem in Proteomics and HLA-I Immunopeptidomics

Auteurs: Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Martin Pašen, Sina Garazhian, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 24, 2025, Page(s) 101039, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.101039

Predicting the success of Fmoc-based peptide synthesis.

Auteurs: Ilanit Gutman; Ron Gutman; John Sidney; Leila Chihab; Michele Mishto; Juliane Liepe; Anthony Chiem; Jason Greenbaum; Zhen Yan; Alessandro Sette; Zeynep Koşaloğlu-Yalçın; Bjoern Peters
Publié dans: ACS Omega, Numéro 24701343, 2022, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.25418/crick.20376597.v1

A roadmap for ribosome assembly in human mitochondria

Auteurs: Elena Lavdovskaia, Elisa Hanitsch, Andreas Linden, Martin Pašen, Venkatapathi Challa, Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, Franziska Nadler, Luisa Welp, Emely Steube, Marleen Heinrichs, Mandy Mong-Quyen Mai, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Ricarda Richter-Dennerlein
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 31, 2024, Page(s) 1898-1908, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01356-w

Response: Commentary: An In Silico–In Vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01+ KRAS G12V+ Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients

Auteurs: Michele Mishto, Guillermo Rodriguez-Hernandez, Jacques Neefjes, Henning Urlaub, Juliane Liepe4*
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 12, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.679836

Proteasome isoforms in human thymi and mouse models

Auteurs: Michele Mishto, Iina Takala, Paola Bonfanti, Juliane Liepe
Publié dans: Immunology Letters, Numéro 269, 2025, Page(s) 106899, ISSN 0165-2478
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.imlet.2024.106899

PEPSeek-Mediated Identification of Novel Epitopes From Viral and Bacterial Pathogens and the Impact on Host Cell Immunopeptidomes

Auteurs: John A. Cormican, Lobna Medfai, Magdalena Wawrzyniuk, Martin Pašen, Hassnae Afrache, Constance Fourny, Sahil Khan, Pascal Gneiße, Wai Tuck Soh, Arianna Timelli, Emanuele Nolfi, Yvonne Pannekoek, Andrew Cope, Henning Urlaub, Alice J.A.M. Sijts, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 24, 2025, Page(s) 100937, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100937

Potential Mimicry of Viral and Pancreatic β Cell Antigens Through Non-Spliced and cis-Spliced Zwitter Epitope Candidates in Type 1 Diabetes

Auteurs: Michele Mishto, Artem Mansurkhodzhaev, Teresa Rodriguez-Calvo, Juliane Liepe
Publié dans: Front. Immunol., Numéro 16643224, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.656451

InvitroSPI and a large database of proteasome-generated spliced and non-spliced peptides

Auteurs: Hanna P. Roetschke; Guillermo Rodriguez-Hernandez; John A. Cormican; Xiaoping Yang; Steven Lynham; Michele Mishto; Juliane Liepe
Publié dans: Scientific Data, Numéro 1, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Nature Publishing Group, 2014-
DOI: 10.1038/s41597-022-01890-6

inSPIRE: An open-source tool for increased mass spectrometry identification rates using Prosit spectral prediction

Auteurs: John A. Cormican, Yehor Horokhovskyi, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 15359476, 2022, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100432