Integrative mechanistic and multi-omics Modelling of Antigen Presentation to predict epitope dynamics

Projektinformationen

IMAP

ID Finanzhilfevereinbarung: 945528

DOI

10.3030/945528

EK-Unterschriftsdatum 13 Oktober 2020

Startdatum 1 April 2021

Enddatum 31 März 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 495 000,00

EU-Beitrag

€ 1 495 000,00

Koordiniert durch

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (7)

iBench: A ground truth approach for advanced validation of mass spectrometry identification method

Autoren: John A. Cormican, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Proteomics, Ausgabe 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200271

Database search engines and target database features impinge upon the identification of post-translationally cis-spliced peptides in HLA class I immunopeptidomes

Autoren: Michele Mishto, Yehor Horokhovskyi, John A. Cormican, Xiaoping Yang, Steven Lynham, Henning Urlaub, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Proteomics, Ausgabe 16159853, 2022, Seite(n) 2100226, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100226

Predicting the success of Fmoc-based peptide synthesis.

Autoren: Ilanit Gutman; Ron Gutman; John Sidney; Leila Chihab; Michele Mishto; Juliane Liepe; Anthony Chiem; Jason Greenbaum; Zhen Yan; Alessandro Sette; Zeynep Koşaloğlu-Yalçın; Bjoern Peters
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 24701343, 2022, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.25418/crick.20376597.v1

Response: Commentary: An In Silico–In Vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01+ KRAS G12V+ Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients

Autoren: Michele Mishto, Guillermo Rodriguez-Hernandez, Jacques Neefjes, Henning Urlaub, Juliane Liepe4*
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.679836

Potential Mimicry of Viral and Pancreatic β Cell Antigens Through Non-Spliced and cis-Spliced Zwitter Epitope Candidates in Type 1 Diabetes

Autoren: Michele Mishto, Artem Mansurkhodzhaev, Teresa Rodriguez-Calvo, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Front. Immunol., Ausgabe 16643224, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.656451

InvitroSPI and a large database of proteasome-generated spliced and non-spliced peptides

Autoren: Hanna P. Roetschke; Guillermo Rodriguez-Hernandez; John A. Cormican; Xiaoping Yang; Steven Lynham; Michele Mishto; Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Nature Publishing Group, 2014-
DOI: 10.1038/s41597-022-01890-6

inSPIRE: An open-source tool for increased mass spectrometry identification rates using Prosit spectral prediction

Autoren: John A. Cormican, Yehor Horokhovskyi, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 15359476, 2022, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100432