Integrative mechanistic and multi-omics Modelling of Antigen Presentation to predict epitope dynamics

Projektinformationen

IMAP

ID Finanzhilfevereinbarung: 945528

DOI

10.3030/945528

EK-Unterschriftsdatum 13 Oktober 2020

Startdatum 1 April 2021

Enddatum 31 März 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 495 000,00

EU-Beitrag

€ 1 495 000,00

Koordiniert durch

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

The maintenance of oocytes in the mammalian ovary involves extreme protein longevity

Autoren: Katarina Harasimov, Rebecca L. Gorry, Luisa M. Welp, Sarah Mae Penir, Yehor Horokhovskyi, Shiya Cheng, Katsuyoshi Takaoka, Alexandra Stützer, Ann-Sophie Frombach, Ana Lisa Taylor Tavares, Monika Raabe, Sara Haag, Debojit Saha, Katharina Grewe, Vera Schipper, Silvio O. Rizzoli, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Melina Schuh
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 26, 2024, Seite(n) 1124-1138, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01442-7

iBench: A ground truth approach for advanced validation of mass spectrometry identification method

Autoren: John A. Cormican, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Proteomics, Ausgabe 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200271

Protein degradation by human 20S proteasomes elucidates the interplay between peptide hydrolysis and splicing

Autoren: Wai Tuck Soh, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Bei Fang Teo, Nyet Cheng Chiam, Monika Raabe, Ralf Pflanz, Fabian Henneberg, Stefan Becker, Ashwin Chari, Haiyan Liu, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Michele Mishto
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45339-3

Database search engines and target database features impinge upon the identification of post-translationally cis-spliced peptides in HLA class I immunopeptidomes

Autoren: Michele Mishto, Yehor Horokhovskyi, John A. Cormican, Xiaoping Yang, Steven Lynham, Henning Urlaub, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Proteomics, Ausgabe 16159853, 2022, Seite(n) 2100226, ISSN 1615-9853
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100226

Chemical crosslinking extends and complements UV crosslinking in analysis of RNA/DNA nucleic acid–protein interaction sites by mass spectrometry

Autoren: Luisa M Welp, Alexander Wulf, Aleksandar Chernev, Yehor Horokhovskyi, Sergei Moshkovskii, Olexandr Dybkov, Piotr Neumann, Martin Pašen, Arslan Siraj, Monika Raabe, Henri Göthert, James L Walshe, Deliana A Infante, Ana C de A.P. Schwarzer, Achim Dickmanns, Sven Johannsson, Jana Schmitzová, Ingo Wohlgemuth, Eugen Netz, Yi He, Kai Fritzemeier, Bernard Delanghe, Rosa Viner, Seychelle M Vos,
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 53, 2025, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf727

An Automated Workflow to Address Proteome Complexity and the Large Search Space Problem in Proteomics and HLA-I Immunopeptidomics

Autoren: Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Martin Pašen, Sina Garazhian, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 101039, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.101039

Predicting the success of Fmoc-based peptide synthesis.

Autoren: Ilanit Gutman; Ron Gutman; John Sidney; Leila Chihab; Michele Mishto; Juliane Liepe; Anthony Chiem; Jason Greenbaum; Zhen Yan; Alessandro Sette; Zeynep Koşaloğlu-Yalçın; Bjoern Peters
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 24701343, 2022, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.25418/crick.20376597.v1

A roadmap for ribosome assembly in human mitochondria

Autoren: Elena Lavdovskaia, Elisa Hanitsch, Andreas Linden, Martin Pašen, Venkatapathi Challa, Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, Franziska Nadler, Luisa Welp, Emely Steube, Marleen Heinrichs, Mandy Mong-Quyen Mai, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Ricarda Richter-Dennerlein
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 31, 2024, Seite(n) 1898-1908, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01356-w

Response: Commentary: An In Silico–In Vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01+ KRAS G12V+ Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients

Autoren: Michele Mishto, Guillermo Rodriguez-Hernandez, Jacques Neefjes, Henning Urlaub, Juliane Liepe4*
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 12, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.679836

Proteasome isoforms in human thymi and mouse models

Autoren: Michele Mishto, Iina Takala, Paola Bonfanti, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Immunology Letters, Ausgabe 269, 2025, Seite(n) 106899, ISSN 0165-2478
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.imlet.2024.106899

PEPSeek-Mediated Identification of Novel Epitopes From Viral and Bacterial Pathogens and the Impact on Host Cell Immunopeptidomes

Autoren: John A. Cormican, Lobna Medfai, Magdalena Wawrzyniuk, Martin Pašen, Hassnae Afrache, Constance Fourny, Sahil Khan, Pascal Gneiße, Wai Tuck Soh, Arianna Timelli, Emanuele Nolfi, Yvonne Pannekoek, Andrew Cope, Henning Urlaub, Alice J.A.M. Sijts, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 24, 2025, Seite(n) 100937, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100937

Potential Mimicry of Viral and Pancreatic β Cell Antigens Through Non-Spliced and cis-Spliced Zwitter Epitope Candidates in Type 1 Diabetes

Autoren: Michele Mishto, Artem Mansurkhodzhaev, Teresa Rodriguez-Calvo, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Front. Immunol., Ausgabe 16643224, 2021, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.656451

InvitroSPI and a large database of proteasome-generated spliced and non-spliced peptides

Autoren: Hanna P. Roetschke; Guillermo Rodriguez-Hernandez; John A. Cormican; Xiaoping Yang; Steven Lynham; Michele Mishto; Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Nature Publishing Group, 2014-
DOI: 10.1038/s41597-022-01890-6

inSPIRE: An open-source tool for increased mass spectrometry identification rates using Prosit spectral prediction

Autoren: John A. Cormican, Yehor Horokhovskyi, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Proteomics, Ausgabe 15359476, 2022, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100432