Integrative mechanistic and multi-omics Modelling of Antigen Presentation to predict epitope dynamics

Informacje na temat projektu

IMAP

Identyfikator umowy o grant: 945528

DOI

10.3030/945528

Data podpisania przez KE 13 Października 2020

Data rozpoczęcia 1 Kwietnia 2021

Data zakończenia 31 Marca 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 495 000,00

Wkład UE

€ 1 495 000,00

Koordynowany przez

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (14)

The maintenance of oocytes in the mammalian ovary involves extreme protein longevity

Autorzy: Katarina Harasimov, Rebecca L. Gorry, Luisa M. Welp, Sarah Mae Penir, Yehor Horokhovskyi, Shiya Cheng, Katsuyoshi Takaoka, Alexandra Stützer, Ann-Sophie Frombach, Ana Lisa Taylor Tavares, Monika Raabe, Sara Haag, Debojit Saha, Katharina Grewe, Vera Schipper, Silvio O. Rizzoli, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Melina Schuh
Opublikowane w: Nature Cell Biology, Numer 26, 2024, Strona(/y) 1124-1138, ISSN 1465-7392
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01442-7

iBench: A ground truth approach for advanced validation of mass spectrometry identification method

Autorzy: John A. Cormican, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Opublikowane w: Proteomics, Numer 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200271

Protein degradation by human 20S proteasomes elucidates the interplay between peptide hydrolysis and splicing

Autorzy: Wai Tuck Soh, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Bei Fang Teo, Nyet Cheng Chiam, Monika Raabe, Ralf Pflanz, Fabian Henneberg, Stefan Becker, Ashwin Chari, Haiyan Liu, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Michele Mishto
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45339-3

Database search engines and target database features impinge upon the identification of post-translationally cis-spliced peptides in HLA class I immunopeptidomes

Autorzy: Michele Mishto, Yehor Horokhovskyi, John A. Cormican, Xiaoping Yang, Steven Lynham, Henning Urlaub, Juliane Liepe
Opublikowane w: Proteomics, Numer 16159853, 2022, Strona(/y) 2100226, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100226

Chemical crosslinking extends and complements UV crosslinking in analysis of RNA/DNA nucleic acid–protein interaction sites by mass spectrometry

Autorzy: Luisa M Welp, Alexander Wulf, Aleksandar Chernev, Yehor Horokhovskyi, Sergei Moshkovskii, Olexandr Dybkov, Piotr Neumann, Martin Pašen, Arslan Siraj, Monika Raabe, Henri Göthert, James L Walshe, Deliana A Infante, Ana C de A.P. Schwarzer, Achim Dickmanns, Sven Johannsson, Jana Schmitzová, Ingo Wohlgemuth, Eugen Netz, Yi He, Kai Fritzemeier, Bernard Delanghe, Rosa Viner, Seychelle M Vos,
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf727

An Automated Workflow to Address Proteome Complexity and the Large Search Space Problem in Proteomics and HLA-I Immunopeptidomics

Autorzy: Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, John A. Cormican, Martin Pašen, Sina Garazhian, Michele Mishto, Juliane Liepe
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 24, 2025, Strona(/y) 101039, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.101039

Predicting the success of Fmoc-based peptide synthesis.

Autorzy: Ilanit Gutman; Ron Gutman; John Sidney; Leila Chihab; Michele Mishto; Juliane Liepe; Anthony Chiem; Jason Greenbaum; Zhen Yan; Alessandro Sette; Zeynep Koşaloğlu-Yalçın; Bjoern Peters
Opublikowane w: ACS Omega, Numer 24701343, 2022, ISSN 2470-1343
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.25418/crick.20376597.v1

A roadmap for ribosome assembly in human mitochondria

Autorzy: Elena Lavdovskaia, Elisa Hanitsch, Andreas Linden, Martin Pašen, Venkatapathi Challa, Yehor Horokhovskyi, Hanna P. Roetschke, Franziska Nadler, Luisa Welp, Emely Steube, Marleen Heinrichs, Mandy Mong-Quyen Mai, Henning Urlaub, Juliane Liepe, Ricarda Richter-Dennerlein
Opublikowane w: Nature Structural & Molecular Biology, Numer 31, 2024, Strona(/y) 1898-1908, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01356-w

Response: Commentary: An In Silico–In Vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01+ KRAS G12V+ Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients

Autorzy: Michele Mishto, Guillermo Rodriguez-Hernandez, Jacques Neefjes, Henning Urlaub, Juliane Liepe4*
Opublikowane w: Frontiers in Immunology, Numer 12, 2021, ISSN 1664-3224
Wydawca: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.679836

Proteasome isoforms in human thymi and mouse models

Autorzy: Michele Mishto, Iina Takala, Paola Bonfanti, Juliane Liepe
Opublikowane w: Immunology Letters, Numer 269, 2025, Strona(/y) 106899, ISSN 0165-2478
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.imlet.2024.106899

PEPSeek-Mediated Identification of Novel Epitopes From Viral and Bacterial Pathogens and the Impact on Host Cell Immunopeptidomes

Autorzy: John A. Cormican, Lobna Medfai, Magdalena Wawrzyniuk, Martin Pašen, Hassnae Afrache, Constance Fourny, Sahil Khan, Pascal Gneiße, Wai Tuck Soh, Arianna Timelli, Emanuele Nolfi, Yvonne Pannekoek, Andrew Cope, Henning Urlaub, Alice J.A.M. Sijts, Michele Mishto, Juliane Liepe
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 24, 2025, Strona(/y) 100937, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100937

Potential Mimicry of Viral and Pancreatic β Cell Antigens Through Non-Spliced and cis-Spliced Zwitter Epitope Candidates in Type 1 Diabetes

Autorzy: Michele Mishto, Artem Mansurkhodzhaev, Teresa Rodriguez-Calvo, Juliane Liepe
Opublikowane w: Front. Immunol., Numer 16643224, 2021, ISSN 1664-3224
Wydawca: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2010-
DOI: 10.3389/fimmu.2021.656451

InvitroSPI and a large database of proteasome-generated spliced and non-spliced peptides

Autorzy: Hanna P. Roetschke; Guillermo Rodriguez-Hernandez; John A. Cormican; Xiaoping Yang; Steven Lynham; Michele Mishto; Juliane Liepe
Opublikowane w: Scientific Data, Numer 1, 2023, ISSN 2052-4463
Wydawca: Nature Publishing Group, 2014-
DOI: 10.1038/s41597-022-01890-6

inSPIRE: An open-source tool for increased mass spectrometry identification rates using Prosit spectral prediction

Autorzy: John A. Cormican, Yehor Horokhovskyi, Wai Tuck Soh, Michele Mishto, Juliane Liepe
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 15359476, 2022, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100432