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Cracking the Code for Protein Quality Control Mechanisms Recognizing Exposed Hydrophobicity in Protein Substrates

Descrizione del progetto

I meccanismi cellulari per mantenere il proteoma in salute

La proteostasi è un meccanismo che aiuta le cellule a mantenere il proteoma in salute e la perdita di questa funzione è stata associata a invecchiamento e malattia. Le cellule preservano la proteostasi mediante l’impiego di percorsi di controllo della qualità delle proteine che monitorano il destino delle stesse, dalla sintesi alla degradazione. I residui idrofobici esposti in proteine aberranti o posizionate in modo anomalo sono i segnali riconosciuti da diversi meccanismi di controllo della qualità delle proteine. L’obiettivo del progetto HyDegronomics, finanziato dall’UE, è quello di svolgere un’indagine approfondita dell’idrofobicità esposta e del campo di controllo della qualità delle proteine. Lo studio si avvarrà di un ampio spettro di metodi per comprendere il significato fisiologico dei meccanismi di controllo della qualità delle proteine e le modalità di riconoscimento delle caratteristiche aberranti delle proteine, generando conoscenze sullo sviluppo di nuove strategie di intervento terapeutico che bersagliano le proteine anormali coinvolte nella malattia.

Obiettivo

Proteostasis is a highly regulated process by which cells maintain a healthy proteome. Loss of proteostasis is a common feature of aging and disease. To preserve proteostasis, the cell has developed protein quality control (PQC) pathways that monitor a proteins’s fate from synthesis to degradation. Exposed hydrophobic residues in aberrant or mislocalized protein substrates is a key feature recognized by distinct PQC mechanisms. If not handled properly, exposed hydrophobicity can result in protein aggregation and subsequent reduced cell fitness. To prevent accumulation of toxic aggregates, cells are equipped both with chaperones and proteolytic pathways. Within the degradation systems, E3 ligases are the major determinants of specificity, which is achieved through their selective recognition of specific short peptide motifs, or degrons, in substrate proteins. Despite the growing list of PQC players and substrates, it has yet to be determined what are the client range, selectivity and specificity of each of the PQC mechanisms. The objective of this proposal is to systematically investigate the exposed hydrophobicity “code” and to advance the state-of-the-art of the PQC field. Here, we utilize the GPS-peptidome method that we recently developed together with genetics, biochemistry, cell biology and proteomic approaches to: (1) map distinct classes of hydrophobic degrons to elucidate the specificity of substrate selection; (2) identify novel E3 ligases playing a role in PQC pathways, explore redundancies among them and identify endogenous substrates proteome- wide; (3) investigate the physiological significance of PQC mechanisms. This work will provide a comprehensive view of PQC pathways that recognize hydrophobicity. This is critical to further our understanding on how aberrant features in proteins are recognized and can provide valuable information for the development of new therapeutic intervention strategies that target abnormal proteins implicated in disease.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

ERC-STG - Starting Grant

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2020-STG

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Istituzione ospitante

BAR ILAN UNIVERSITY
Contributo netto dell'UE
€ 1 801 490,00
Costo totale
€ 1 801 490,00

Beneficiari (1)