Deciphering the evolution and roles of cytosine DNA methylation across eukaryotes

Informations projet

METHYLEVOL

N° de convention de subvention: 950230

DOI

10.3030/950230

Date de signature de la CE 20 Octobre 2020

Date de début 1 Septembre 2021

Date de fin 31 Decembre 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 965,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 965,00

Coordonné par

QUEEN MARY UNIVERSITY OF LONDON
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Annelid methylomes reveal ancestral developmental and aging-associated epigenetic erosion across Bilateria

Auteurs: Kero Guynes, Luke A. Sarre, Allan M. Carrillo-Baltodano, Billie E. Davies, Lan Xu, Yan Liang, Francisco M. Martín-Zamora, Paul J. Hurd, Alex de Mendoza, José M. Martín-Durán
Publié dans: Genome Biology, Numéro 25, 2024, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03346-z

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Auteurs: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002917, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

The genomic origin of the unique chaetognath body plan

Auteurs: Laura Piovani, Daria Gavriouchkina, Elise Parey, Luke A. Sarre, Katja T. C. A. Peijnenburg, José María Martín-Durán, Daniel S. Rokhsar, Noriyuki Satoh, Alex de Mendoza, Taichiro Goto, Ferdinand Marlétaz
Publié dans: Nature, Numéro 645, 2025, Page(s) 964-973, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09403-2

Chromatin loops are an ancestral hallmark of the animal regulatory genome

Auteurs: Iana V. Kim, Cristina Navarrete, Xavier Grau-Bové, Marta Iglesias, Anamaria Elek, Grygoriy Zolotarov, Nikolai S. Bykov, Sean A. Montgomery, Ewa Ksiezopolska, Didac Cañas-Armenteros, Joan J. Soto-Angel, Sally P. Leys, Pawel Burkhardt, Hiroshi Suga, Alex de Mendoza, Marc A. Marti-Renom, Arnau Sebé-Pedrós
Publié dans: Nature, Numéro 642, 2025, Page(s) 1097-1105, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-08960-w

Specific DNMT3C flanking sequence preferences facilitate methylation of young murine retrotransposons

Auteurs: Leonie Dossmann, Max Emperle, Michael Dukatz, Alex de Mendoza, Pavel Bashtrykov, Albert Jeltsch
Publié dans: Communications Biology, Numéro 7, 2024, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-024-06252-z

Repressive Cytosine Methylation is a Marker of Viral Gene Transfer Across Divergent Eukaryotes

Auteurs: Luke A Sarre, Giselle Azucena Gastellou Peralta, Pedro Romero Charria, Vladimir Ovchinnikov, Alex de Mendoza
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 42, 2025, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaf176

Epigenetic silencing and genome dynamics determine the fate of giant virus endogenizations in Acanthamoeba

Auteurs: Cédric Blais, Morgan J. Colp, Luke A. Sarre, Alex de Mendoza, John M. Archibald
Publié dans: BMC Biology, Numéro 23, 2025, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-025-02280-1

DNA methylation enables recurrent endogenization of giant viruses in an animal relative

Auteurs: Luke A. Sarre, Iana V. Kim, Vladimir Ovchinnikov, Marine Olivetta, Hiroshi Suga, Omaya Dudin, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Publié dans: Science Advances, Numéro 10, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.ado6406

The emergence of Sox and POU transcription factors predates the origins of animal stem cells

Auteurs: Ya Gao, Daisylyn Senna Tan, Mathias Girbig, Haoqing Hu, Xiaomin Zhou, Qianwen Xie, Shi Wing Yeung, Kin Shing Lee, Sik Yin Ho, Vlad Cojocaru, Jian Yan, Georg K. A. Hochberg, Alex de Mendoza, Ralf Jauch
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54152-x

Adenine DNA methylation associated with transcriptionally permissive chromatin is widespread across eukaryotes

Auteurs: Pedro Romero Charria, Cristina Navarrete, Vladimir Ovchinnikov, Lan Xu, Luke A. Sarre, Victoria Shabardina, Ewa Ksiezopolska, Elena Casacuberta, David Lara-Astiaso, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 57, 2025, Page(s) 3126-3136, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02409-6

Non-peer reviewed articles (1)

Genome synteny reveals hidden enhancer conservation

Auteurs: Alex de Mendoza
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 57, 2025, Page(s) 1328-1329, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02194-2