Deciphering the evolution and roles of cytosine DNA methylation across eukaryotes

Projektinformationen

METHYLEVOL

ID Finanzhilfevereinbarung: 950230

DOI

10.3030/950230

EK-Unterschriftsdatum 20 Oktober 2020

Startdatum 1 September 2021

Enddatum 31 Dezember 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 965,00

EU-Beitrag

€ 1 499 965,00

Koordiniert durch

QUEEN MARY UNIVERSITY OF LONDON
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

Annelid methylomes reveal ancestral developmental and aging-associated epigenetic erosion across Bilateria

Autoren: Kero Guynes, Luke A. Sarre, Allan M. Carrillo-Baltodano, Billie E. Davies, Lan Xu, Yan Liang, Francisco M. Martín-Zamora, Paul J. Hurd, Alex de Mendoza, José M. Martín-Durán
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03346-z

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Autoren: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) e3002917, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

The genomic origin of the unique chaetognath body plan

Autoren: Laura Piovani, Daria Gavriouchkina, Elise Parey, Luke A. Sarre, Katja T. C. A. Peijnenburg, José María Martín-Durán, Daniel S. Rokhsar, Noriyuki Satoh, Alex de Mendoza, Taichiro Goto, Ferdinand Marlétaz
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 645, 2025, Seite(n) 964-973, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09403-2

Chromatin loops are an ancestral hallmark of the animal regulatory genome

Autoren: Iana V. Kim, Cristina Navarrete, Xavier Grau-Bové, Marta Iglesias, Anamaria Elek, Grygoriy Zolotarov, Nikolai S. Bykov, Sean A. Montgomery, Ewa Ksiezopolska, Didac Cañas-Armenteros, Joan J. Soto-Angel, Sally P. Leys, Pawel Burkhardt, Hiroshi Suga, Alex de Mendoza, Marc A. Marti-Renom, Arnau Sebé-Pedrós
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 642, 2025, Seite(n) 1097-1105, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-08960-w

Specific DNMT3C flanking sequence preferences facilitate methylation of young murine retrotransposons

Autoren: Leonie Dossmann, Max Emperle, Michael Dukatz, Alex de Mendoza, Pavel Bashtrykov, Albert Jeltsch
Veröffentlicht in: Communications Biology, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2399-3642
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-024-06252-z

Repressive Cytosine Methylation is a Marker of Viral Gene Transfer Across Divergent Eukaryotes

Autoren: Luke A Sarre, Giselle Azucena Gastellou Peralta, Pedro Romero Charria, Vladimir Ovchinnikov, Alex de Mendoza
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 42, 2025, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaf176

Epigenetic silencing and genome dynamics determine the fate of giant virus endogenizations in Acanthamoeba

Autoren: Cédric Blais, Morgan J. Colp, Luke A. Sarre, Alex de Mendoza, John M. Archibald
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 23, 2025, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-025-02280-1

DNA methylation enables recurrent endogenization of giant viruses in an animal relative

Autoren: Luke A. Sarre, Iana V. Kim, Vladimir Ovchinnikov, Marine Olivetta, Hiroshi Suga, Omaya Dudin, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 10, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.ado6406

The emergence of Sox and POU transcription factors predates the origins of animal stem cells

Autoren: Ya Gao, Daisylyn Senna Tan, Mathias Girbig, Haoqing Hu, Xiaomin Zhou, Qianwen Xie, Shi Wing Yeung, Kin Shing Lee, Sik Yin Ho, Vlad Cojocaru, Jian Yan, Georg K. A. Hochberg, Alex de Mendoza, Ralf Jauch
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54152-x

Adenine DNA methylation associated with transcriptionally permissive chromatin is widespread across eukaryotes

Autoren: Pedro Romero Charria, Cristina Navarrete, Vladimir Ovchinnikov, Lan Xu, Luke A. Sarre, Victoria Shabardina, Ewa Ksiezopolska, Elena Casacuberta, David Lara-Astiaso, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 57, 2025, Seite(n) 3126-3136, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02409-6

Non-peer reviewed articles (1)

Genome synteny reveals hidden enhancer conservation

Autoren: Alex de Mendoza
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 57, 2025, Seite(n) 1328-1329, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02194-2