Deciphering the evolution and roles of cytosine DNA methylation across eukaryotes

Informazioni relative al progetto

METHYLEVOL

ID dell’accordo di sovvenzione: 950230

DOI

10.3030/950230

Data della firma CE 20 Ottobre 2020

Data di avvio 1 Settembre 2021

Data di completamento 31 Dicembre 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 499 965,00

Contributo UE

€ 1 499 965,00

Coordinato da

QUEEN MARY UNIVERSITY OF LONDON
United Kingdom

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

Annelid methylomes reveal ancestral developmental and aging-associated epigenetic erosion across Bilateria

Autori: Kero Guynes, Luke A. Sarre, Allan M. Carrillo-Baltodano, Billie E. Davies, Lan Xu, Yan Liang, Francisco M. Martín-Zamora, Paul J. Hurd, Alex de Mendoza, José M. Martín-Durán
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 25, 2024, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13059-024-03346-z

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Autori: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Pubblicato in: PLOS Biology, Numero 22, 2024, Pagina/e e3002917, ISSN 1545-7885
Editore: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

The genomic origin of the unique chaetognath body plan

Autori: Laura Piovani, Daria Gavriouchkina, Elise Parey, Luke A. Sarre, Katja T. C. A. Peijnenburg, José María Martín-Durán, Daniel S. Rokhsar, Noriyuki Satoh, Alex de Mendoza, Taichiro Goto, Ferdinand Marlétaz
Pubblicato in: Nature, Numero 645, 2025, Pagina/e 964-973, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09403-2

Chromatin loops are an ancestral hallmark of the animal regulatory genome

Autori: Iana V. Kim, Cristina Navarrete, Xavier Grau-Bové, Marta Iglesias, Anamaria Elek, Grygoriy Zolotarov, Nikolai S. Bykov, Sean A. Montgomery, Ewa Ksiezopolska, Didac Cañas-Armenteros, Joan J. Soto-Angel, Sally P. Leys, Pawel Burkhardt, Hiroshi Suga, Alex de Mendoza, Marc A. Marti-Renom, Arnau Sebé-Pedrós
Pubblicato in: Nature, Numero 642, 2025, Pagina/e 1097-1105, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-08960-w

Specific DNMT3C flanking sequence preferences facilitate methylation of young murine retrotransposons

Autori: Leonie Dossmann, Max Emperle, Michael Dukatz, Alex de Mendoza, Pavel Bashtrykov, Albert Jeltsch
Pubblicato in: Communications Biology, Numero 7, 2024, ISSN 2399-3642
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-024-06252-z

Repressive Cytosine Methylation is a Marker of Viral Gene Transfer Across Divergent Eukaryotes

Autori: Luke A Sarre, Giselle Azucena Gastellou Peralta, Pedro Romero Charria, Vladimir Ovchinnikov, Alex de Mendoza
Pubblicato in: Molecular Biology and Evolution, Numero 42, 2025, ISSN 0737-4038
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaf176

Epigenetic silencing and genome dynamics determine the fate of giant virus endogenizations in Acanthamoeba

Autori: Cédric Blais, Morgan J. Colp, Luke A. Sarre, Alex de Mendoza, John M. Archibald
Pubblicato in: BMC Biology, Numero 23, 2025, ISSN 1741-7007
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-025-02280-1

DNA methylation enables recurrent endogenization of giant viruses in an animal relative

Autori: Luke A. Sarre, Iana V. Kim, Vladimir Ovchinnikov, Marine Olivetta, Hiroshi Suga, Omaya Dudin, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Pubblicato in: Science Advances, Numero 10, 2024, ISSN 2375-2548
Editore: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.ado6406

The emergence of Sox and POU transcription factors predates the origins of animal stem cells

Autori: Ya Gao, Daisylyn Senna Tan, Mathias Girbig, Haoqing Hu, Xiaomin Zhou, Qianwen Xie, Shi Wing Yeung, Kin Shing Lee, Sik Yin Ho, Vlad Cojocaru, Jian Yan, Georg K. A. Hochberg, Alex de Mendoza, Ralf Jauch
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-54152-x

Adenine DNA methylation associated with transcriptionally permissive chromatin is widespread across eukaryotes

Autori: Pedro Romero Charria, Cristina Navarrete, Vladimir Ovchinnikov, Lan Xu, Luke A. Sarre, Victoria Shabardina, Ewa Ksiezopolska, Elena Casacuberta, David Lara-Astiaso, Arnau Sebé-Pedrós, Alex de Mendoza
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 57, 2025, Pagina/e 3126-3136, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02409-6

Non-peer reviewed articles (1)

Genome synteny reveals hidden enhancer conservation

Autori: Alex de Mendoza
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 57, 2025, Pagina/e 1328-1329, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02194-2