Beyond super-resolution: ultra-resolution imaging provides solutions for synapse physiology and brain pathology

Informations projet

ULTRARESOLUTION

N° de convention de subvention: 951275

DOI

10.3030/951275

Date de signature de la CE 1 Mars 2021

Date de début 1 Juin 2021

Date de fin 31 Mai 2027

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 11 100 221,00

Contribution de l’UE

€ 11 100 221,00

Coordonné par

UNIVERSITAETSMEDIZIN GOETTINGEN - GEORG-AUGUST-UNIVERSITAET GOETTINGEN - STIFTUNG OEFFENTLICHEN RECHTS
Germany

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (17)

Microtubules as a versatile reference standard for expansion microscopy

Auteurs: Rajdeep Chowdhury, Tiago Mimoso, Abed Alrahman Chouaib, Nikolaos Mougios, Donatus Krah, Felipe Opazo, Sarah Köster, Silvio O. Rizzoli, Ali H. Shaib
Publié dans: Communications Biology, Numéro 8, 2025, Page(s) USA, ISSN 2399-3642
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-025-07967-3

PCNA as Protein‐Based Nanoruler for Sub‐10 nm Fluorescence Imaging

Auteurs: Dominic A. Helmerich, Made Budiarta, Danush Taban, Sören Doose, Gerti Beliu, Markus Sauer
Publié dans: Advanced Materials, Numéro 36, 2024, ISSN 0935-9648
Éditeur: United Nations Industrial Developement Organization
DOI: 10.1002/adma.202310104

Convex hull as diagnostic tool in single-molecule localization microscopy.

Auteurs: Ebert V, Eiring P, Helmerich DA, Seifert R, Sauer M, Doose S.
Publié dans: Bioinformatics, 2022, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac700

Functionalized Docetaxel Probes for Refined Visualization of Mitotic Spindles by Expansion Microscopy

Auteurs: Gang Wen, Xiong Chen, Patrick Eiring, Volker Leen, Johan Hofkens, Markus Sauer
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 147, 2025, Page(s) 6604-6611, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c15608

Multiplexed expansion revealing for imaging multiprotein nanostructures in healthy and diseased brain

Auteurs: Jinyoung Kang, Margaret E. Schroeder, Youngmi Lee, Chaitanya Kapoor, Eunah Yu, Tyler B. Tarr, Kat Titterton, Menglong Zeng, Demian Park, Emily Niederst, Donglai Wei, Guoping Feng, Edward S. Boyden
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53729-w

Extracellular matrix remodeling throughendocytosis and resurfacing of Tenascin-R

Auteurs: Dankovich TM, Kaushik R, Olsthoorn LHM, Petersen GC, Giro PE, Kluever V, Agüi-Gonzalez P, Grewe K, Bao G, Beuermann S, Hadi HA, Doeren J, Klöppner S, Cooper BH, Dityatev A, Rizzoli SO
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27462-7

ReCSAI: recursive compressed sensing artificial intelligence for confocal lifetime localization microscopy.

Auteurs: Reinhard S, Helmerich DA, Boras D, Sauer M, Kollmannsberger P
Publié dans: BMC Bioinformatics, 2022, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-05071-5

Visualization of F-Actin Through Expansion Microscopy (ExM) with Trifunctional Linker-Conjugated Phalloidin

Auteurs: Jianjun Huang, Gang Wen, Thibo Iven, Débora Linhares, Leewon Koo, Markus Sauer, Wim Dehaen, Volker Leen, Johan Hofkens
Publié dans: BIO-PROTOCOL, Numéro 15, 2025, ISSN 2331-8325
Éditeur: Bio-Protocol, LLC
DOI: 10.21769/bioprotoc.5273

Photoswitching fingerprint analysis bypasses the 10-nm resolution barrier

Auteurs: Helmerich DA, Beliu G, Taban D, Meub M, Streit M, Kuhlemann A, Doose S, Sauer M
Publié dans: Nature Methods, 2022, ISSN 1548-7105
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s41592-022-01548-6

Decoding the molecular interplay of CD20 and therapeutic antibodies with fast volumetric nanoscopy

Auteurs: Arindam Ghosh, Mara Meub, Dominic A. Helmerich, Julia Weingart, Patrick Eiring, Thomas Nerreter, K. Martin Kortüm, Sören Doose, Markus Sauer
Publié dans: Science, Numéro 387, 2025, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adq4510

Enhanced synaptic protein visualization by multicolor super-resolution expansion microscopy

Auteurs: Janna Eilts, Sebastian Reinhard, Nikolas Michetschläger, Christian Werner, Markus Sauer
Publié dans: Neurophotonics, Numéro 10, 2024, ISSN 2329-423X
Éditeur: SPIE-Intl Soc Optical Eng
DOI: 10.1117/1.nph.10.4.044412

One-step nanoscale expansion microscopy reveals individual protein shapes

Auteurs: Ali H. Shaib, Abed Alrahman Chouaib, Rajdeep Chowdhury, Jonas Altendorf, Daniel Mihaylov, Chi Zhang, Donatus Krah, Vanessa Imani, Russell K. W. Spencer, Svilen Veselinov Georgiev, Nikolaos Mougios, Mehar Monga, Sofiia Reshetniak, Tiago Mimoso, Han Chen, Parisa Fatehbasharzad, Dagmar Crzan, Kim-Ann Saal, Mohamad Mahdi Alawieh, Nadia Alawar, Janna Eilts, Jinyoung Kang, Alireza Soleimani, Marcus Mül
Publié dans: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02431-9

Single-shot 20-fold expansion microscopy

Auteurs: Shiwei Wang, Tay Won Shin, Harley B. Yoder, Ryan B. McMillan, Hanquan Su, Yixi Liu, Chi Zhang, Kylie S. Leung, Peng Yin, Laura L. Kiessling, Edward S. Boyden
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 2128-2134, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02454-9

Coronaviruses Use ACE2 Monomers as Entry-Receptors

Auteurs: Eiring P, Klein T, Backes S, Streit M, Jungblut M, Doose S, Beliu G, Sauer M.
Publié dans: Angew Chem Int Ed Engl, 2023, ISSN 1521-3757
Éditeur: Society of German Chemists
DOI: 10.1002/anie.202300821

Bioorthogonal labeling of transmembrane proteins with non-canonical amino acids unveils masked epitopes in live neurons.

Auteurs: Diogo Bessa-Neto; Gerti Beliu; Alexander Kuhlemann; Valeria Pecoraro; Sören Doose; Natacha Retailleau; Nicolas Chevrier; David Perrais; Markus Sauer; Daniel Choquet
Publié dans: "Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-27025-w⟩", Numéro 1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27025-w

Advanced Data Analysis for Fluorescence-Lifetime Single-Molecule Localization Microscopy

Auteurs: Jan Christoph Thiele; Oleksii Nevskyi; Dominic A. Helmerich; Markus Sauer; Jörg Enderlein; Jörg Enderlein
Publié dans: Frontiers in Bioinformatics, Vol 1 (2021), Numéro 1, 2021, ISSN 2673-7647
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fbinf.2021.740281

Heat denaturation enables multicolor X10-STED microscopy.

Auteurs: Saal KA, Shaib AH, Mougios N, Crzan D, Opazo F, Rizzoli SO
Publié dans: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-32524-5

Other (3)

Visualizing proteins by expansion microscopy.

Auteurs: Ali H. Shaib, Abed Alrahman Chouaib, Rajdeep Chowdhury, Daniel Mihaylov, Chi Zhang, Vanessa Imani, Svilen Veselinov Georgiev, Nikolaos Mougios, Mehar Monga, Sofiia Reshetniak, Tiago Mimoso, Han Chen, Parisa Fatehbasharzad, Dagmar Crzan, Kim-Ann Saal, Nadia Alawar, Janna Eilts, Jinyoung Kang, Luis Alvarez, Claudia Trenkwalder, Brit Mollenhauer, Tiago F. Outeiro, Sarah Köster, Julia Preobraschenski
Publié dans: BioRxiv, 2023
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.08.03.502284

A Multifunctional Anchor for Multimodal Expansion Microscopy.

Auteurs: Yi Cui, Gaojie Yang, Daniel R. Goodwin, Ciara H. O’Flanagan, Anubhav Sinha, Chi Zhang, Kristina E. Kitko, Demian Park, Samuel Aparicio, IMAXT Consortium, Edward S. Boyden
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.06.19.496699

Trifunctional linkers enable improved visualization of actin by expansion microscopy.

Auteurs: G Wen, MD Lycas, Y Jia, V Leen, M Sauer, J Hofkens
Publié dans: BioRxiv, 2023
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2023.05.10.540261v1