Unraveling the complexity of fungal drug tolerance at multiple scales of biology

Veröffentlichungen

The natural diversity of the yeast proteome reveals chromosome-wide dosage compensation in aneuploids

Autoren: Julia Muenzner, Pauline Trébulle, Federica Agostini, Christoph B. Messner, Martin Steger, Andrea Lehmann, Elodie Caudal, Anna-Sophia Egger, Fatma Amari, Natalie Barthel, Matteo De Chiara, Michael Mülleder, Vadim Demichev, Gianni Liti, Joseph Schacherer, Toni Gossmann, Judith Berman, Markus Ralser
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.04.06.487392

Inorganic sulfur fixation via a new homocysteine synthase allows yeast cells to cooperatively compensate for methionine auxotrophy

Autoren: Jason S.L. Yu, Benjamin M. Heineike, Johannes Hartl, Clara Correia-Melo, Simran Kaur Aulakh, Andrea Lehmann, Oliver Lemke, Federica Agostini, Cory T. Lee, Vadim Demichev, Christoph B. Messner, Michael Mülleder, Markus Ralser
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.03.14.484209

The Proteomic Landscape of Genome-Wide Genetic Perturbations

Autoren: Christoph B. Messner, Vadim Demichev, Julia Muenzner, Simran Aulakh, Annika Röhl, Lucía Herrera-Domínguez, Anna-Sophia Egger, Stephan Kamrad, Oliver Lemke, Enrica Calvani, Michael Mülleder, Kathryn S. Lilley, Georg Kustatscher, Markus Ralser
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.05.17.492318

High-throughput proteomics of nanogram-scale samples with Zeno SWATH DIA

Autoren: Ziyue Wang, Michael Mülleder, Ihor Batruch, Anjali Chelur, Kathrin Textoris-Taube, Torsten Schwecke, Johannes Hartl, Jason Causon, Jose Castro-Perez, Vadim Demichev, Stephen Tate, Markus Ralser
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2022.04.14.488299

Increasing the throughput of sensitive proteomics by plexDIA

Autoren: Jason Derks, Andrew Leduc, Georg Wallmann, R. Gray Huffman, Matthew Willetts, Saad Khan, Harrison Specht, Markus Ralser, Vadim Demichev & Nikolai Slavov
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 15461696, 2022, ISSN 1546-1696
Herausgeber: Nature Biotechnology
DOI: 10.1038/s41587-022-01389-w

The importance of antimicrobial resistance in medical mycology

Autoren: Neil A. R. Gow, Carolyn Johnson, Judith Berman, Alix T. Coste, Christina A. Cuomo, David S. Perlin, Tihana Bicanic, Thomas S. Harrison, Nathan Wiederhold, Mike Bromley, Tom Chiller & Keegan Edgar
Veröffentlicht in: Getting acquainted with npj Antimicrobials and Resistance, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group

A live-cell ergosterol reporter for visualization of the effects of fluconazole on the human fungal pathogen Candida albicans

Autoren: Antonio Serrano , Miguel A Basante-Bedoya, Martine Bassilan, Robert A Arkowitz
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe Nov 30;14(6), 2023, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society of Microbiology

The metabolic growth limitations of petite cells lacking the mitochondrial genome

Autoren: Jakob Vowinckel, Johannes Hartl, Hans Marx, Martin Kerick, Kathrin Runggatscher, Markus A. Keller, Michael Mülleder, Jason Day, Manuela Weber, Mark Rinnerthaler, Jason S. L. Yu, Simran Kaur Aulakh, Andrea Lehmann, Diethard Mattanovich, Bernd Timmermann, Nianshu Zhang, Cory D. Dunn, James I. MacRae, Michael Breitenbach & Markus Ralser
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, Ausgabe 25225812, 2021, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nat. Metab.
DOI: 10.1038/s42255-021-00477-6

dia-PASEF data analysis using FragPipe and DIA-NN for deep proteomics of low sample amounts

Autoren: Vadim Demichev, Lukasz Szyrwiel, Fengchao Yu, Guo Ci Teo, George Rosenberger, Agathe Niewienda, Daniela Ludwig, Jens Decker, Stephanie Kaspar-Schoenefeld, Kathryn S. Lilley, Michael Mülleder, Alexey I. Nesvizhskii & Markus Ralser
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31492-0

Reshaping Echinocandin Antifungal Drugs To Circumvent Glucan Synthase Point-Mutation-Mediated Resistance

Autoren: Moriah Jospe-Kaufman, Dr. Efrat Ben-Zeev, Dr. Austin Mottola, Dr. Anna Dukhovny, Prof. Judith Berman, Prof. Shmuel Carmeli, Prof. Micha Fridman
Veröffentlicht in: NA, 2024, ISSN 1521-3773
Herausgeber: Agwandte Chemie

Tackling the emerging threat of antifungal resistance to human health

Autoren: Matthew C. Fisher, Ana Alastruey-Izquierdo, Judith Berman, Tihana Bicanic, Elaine M. Bignell, Paul Bowyer, Michael Bromley, Roger Brüggemann, Gary Garber, Oliver A. Cornely, Sarah. J. Gurr, Thomas S. Harrison, Ed Kuijper, Johanna Rhodes, Donald C. Sheppard, Adilia Warris, P. Lewis White, Jianping Xu, Bas Zwaan & Paul E. Verweij
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 17401534, 2022, ISSN 1740-1534
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41579-022-00720-1

Tunicamycin Potentiates Antifungal Drug Tolerance via Aneuploidy in Candida albicans

Autoren: Feng Yang, Vladimir Gritsenko, Yaniv Slor Futterman, Lu Gao, Cheng Zhen, Hui Lu, Yuan-ying Jiang jiangyy@tongji.edu.cn, Judith Berman
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 21507511, 2021, ISSN 2150-7511
Herausgeber: ASM Journals
DOI: 10.1128/mbio.02272-21

Microbial communities form rich extracellular metabolomes that foster metabolic interactions and promote drug tolerance

Autoren: Jason S. L. Yu, Clara Correia-Melo, Francisco Zorrilla, Lucia Herrera-Dominguez, Mary Y. Wu, Johannes Hartl, Kate Campbell, Sonja Blasche, Marco Kreidl, Anna-Sophia Egger, Christoph B. Messner, Vadim Demichev, Anja Freiwald, Michael Mülleder, Michael Howell, Judith Berman, Kiran R. Patil, Mohammad Tauqeer Alam & Markus Ralser
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 20585276, 2022, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nat Microbiol
DOI: 10.1038/s41564-022-01072-5

Candida albicans exhibits heterogeneous and adaptive cytoprotective responses to antifungal compounds

Autoren: Vanessa DumeauxSamira MassahiVan BettauerAustin MottolaAnna DukovnySanny Singh KhurdiaAnna Carolina Borges Pereira CostaRaha Parvizi OmranShawn SimpsonJinglin Lucy XieMalcolm WhitewayJudith BermanMichael T Hallett
Veröffentlicht in: Computational and Systems Biology, Microbiology and Infectious Disease, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications

Antifungal Tolerance and Resistance Emerge at Distinct Drug Concentrations and Rely upon Different Aneuploid Chromosomes

Autoren: Feng Yang https://orcid.org/0000-0003-2363-0745, Eduardo F. C. Scopel https://orcid.org/0000-0002-0064-3466, Hao Li, Liu-liu Sun, Nora Kawar, Yong-bing Cao, Yuan-Ying Jiang jiangyy@tongji.edu.cn, Judith Berman
Veröffentlicht in: ASM Journals, 2024, ISSN 2379-5077
Herausgeber: ASM Journals

The future of fungi: threats and opportunities

Autoren: Nicola T Case, Judith Berman, David S Blehert, Robert A Cramer, Christina Cuomo, Cameron R Currie, Iuliana V Ene, Matthew C Fisher, Lillian K Fritz-Laylin, Aleeza C Gerstein, N Louise Glass, Neil A R Gow, Sarah J Gurr, Chris Todd Hittinger, Tobias M Hohl, Iliyan D Iliev, Timothy Y James, Hailing Jin, Bruce S Klein, James W Kronstad, Jeffrey M Lorch, Victoria McGovern, Aaron P Mitchell, Julia A Seg
Veröffentlicht in: G3, 2022, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America

Microbial communities form rich extracellular metabolomes that foster metabolic interactions and promote drug tolerance.

Autoren: Jason S. L. Yu; Clara Correia-Melo; Francisco Zorrilla; Lucia Herrera-Dominguez; Mary Y. Wu; Johannes Hartl; Kate Campbell; Sonja Blasche; Marco Kreidl; Anna-Sophia Egger; Christoph B. Messner; Vadim Demichev; Anja Freiwald; Michael Mülleder; Michael Howell; Judith Berman; Kiran R. Patil; Mohammad Tauqeer Alam; Markus Ralser
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 4, 2022, Seite(n) pages542–555, ISSN 2058-5276
Herausgeber: NPG
DOI: 10.17863/cam.83116

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