Innvative approaches to identification of metabolic Targets for antimicrobials

Informations projet

INNOTARGETS

N° de convention de subvention: 956154

DOI

10.3030/956154

Projet clôturé

Date de signature de la CE 13 Août 2020

Date de début 1 Mars 2021

Date de fin 30 Novembre 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 260 954,70

Contribution de l’UE

€ 3 260 954,70

Coordonné par

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (1)

At least 6 outreach and dissemination events (as per Table 2.3a and 2.4)

At least 6 outreach and dissemination events as per Table 23a and 24 have been completed

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

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Publications

Peer reviewed articles (16)

Optimizing phage-based mutant recovery and minimizing heat effect in the construction of transposon libraries in Staphylococcus aureus

Auteurs: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Bianca Paglietti
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-73731-y

Chromosomal genes modulating fosfomycin susceptibility in uropathogenic <i>Escherichia coli</i> : a genome-wide analysis

Auteurs: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Lily Giarratana, Karen Leth Nielsen, Susanne Häussler, Luca Guardabassi
Publié dans: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Numéro 69, 2025, ISSN 0066-4804
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.01417-24

Algebraic differentiation for fast sensitivity analysis of optimal flux modes in metabolic models

Auteurs: Hester Chapman, Miroslav Kratochvíl, Oliver Ebenhöh, St Elmo Wilken
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 41, 2025, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf287

The Secondary Resistome of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus to β-Lactam Antibiotics

Auteurs: Nader Abdelmalek, Sally Waheed Yousief, Martin Saxtorph Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John Elmerdahl Olsen, Bianca Paglietti
Publié dans: Antibiotics, Numéro 14, 2025, Page(s) 112, ISSN 2079-6382
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/antibiotics14020112

Exploring the susceptome of methicillin-resistant Staphylococcus aureus to oxacillin and cefazolin using integrated transposon-directed insertion site sequencing and proteomics

Auteurs: Nader Abdelmalek, Sally W. Yousief, Alessandro Tanca, Martin S. Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Publié dans: International Journal of Antimicrobial Agents, Numéro 66, 2025, Page(s) 107652, ISSN 0924-8579
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2025.107652

A Novel Algorithm to Calculate Elementary Modes: Analysis of<i>Campylobacter jejuni</i>Metabolism

Auteurs: Yanica Said, Dipali Singh, Cristiana Sebu, Mark Poolman
Publié dans: Biosystems, 2023, ISSN 1872-8324
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.11.521685

Early prediction of potential hepatotoxic metabolites to aid lead selection in drug discovery

Auteurs: Linda Chiappalupi, Domingo Gargallo-Viola, Antoni Torrens
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 5, 2025, Page(s) 307, ISSN 2732-5121
Éditeur: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.21392.1

Genome-wide identification of tissue-specific fitness genes in murine models of Staphylococcus aureus infection

Auteurs: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Martin S. Bojer, Yibing Ma, Priscila R. Guerra, Sajid Nisar, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Publié dans: iScience, Numéro 29, 2025, Page(s) 114261, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.114261

Deletion of pcnB affects antibiotic susceptibility in resistant Escherichia coli by reducing copy number of ColE1-family plasmids

Auteurs: Sandra Marina Wellner, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-92308-x

The intrinsic macrolide resistome of <i>Escherichia coli</i>

Auteurs: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Bimal Jana, Viktor Hundtofte Mebus, Luca Guardabassi
Publié dans: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Numéro 68, 2024, ISSN 0066-4804
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00452-24

Screening Actinomycetes extracts for antimicrobial compounds against methicillin-resistant Staphylococcus aureus and helper-compounds against aminoglycoside-resistant E. coli

Auteurs: Dina Al Nahhas, Sandra Marina Wellner, Margherita Sosio, Sonia I Maffioli, Salvatore Pisanu, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi, Stefano Donadio, John Elmerdahl Olsen
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 5, 2025, Page(s) 110, ISSN 2732-5121
Éditeur: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.19988.1

Comparative proteomics analysis of MRSA under different experimental conditions

Auteurs: Dina Al Nahhas, Salvatore Pisanu, Alessandro Tanca, Bianca Paglietti, Antonella Santona, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-04224-9

A novel high-throughput screening method for identifying compounds that inhibit plasmid conjugation

Auteurs: Jennifer Moussa, Domingo Gargallo-Viola, Line Elnif Thomsen
Publié dans: MethodsX, Numéro 12, 2025, Page(s) 102740, ISSN 2215-0161
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mex.2024.102740

Genome-wide identification of fitness-genes in aminoglycoside-resistant Escherichia coli during antibiotic stress

Auteurs: Sandra Marina Wellner, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-54169-8

Macrolide Resistance and In Vitro Potentiation by Peptidomimetics in Porcine Clinical Escherichia coli

Auteurs: Yibing Ma, Mattia Pirolo https://orcid.org/0000-0002-9814-1500 Prabha Subramani, Ronette Gehring, Peter Damborg https://orcid.org/0000-0001-9932-5996 Henrik Franzyk https://orcid.org/0000-0002-2822-1927 Luca Guardabassi https://orcid.org/0000-0002-2389-5084
Publié dans: mSphere, Numéro vol 7 number 5, 2023, ISSN 2379-5042
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00402-22

Genome-wide Identification of conditionally essential genes supporting <i>Streptococcus suis</i> growth in serum and cerebrospinal fluid

Auteurs: Maria Juanpere-Borras, Tiantong Zhao, Jos Boekhorst, Blanca Fernandez-Ciruelos, Rajrita Sanyal, Nissa Arifa, Troy Wagenaar, Peter van Baarlen, Jerry M. Wells
Publié dans: Virulence, Numéro 17, 2025, ISSN 2150-5594
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/21505594.2025.2600145