Innvative approaches to identification of metabolic Targets for antimicrobials

Projektinformationen

INNOTARGETS

ID Finanzhilfevereinbarung: 956154

DOI

10.3030/956154

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 13 August 2020

Startdatum 1 März 2021

Enddatum 30 November 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 260 954,70

EU-Beitrag

€ 3 260 954,70

Koordiniert durch

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Leistungen

Documents, reports (1)

At least 6 outreach and dissemination events (as per Table 2.3a and 2.4)

At least 6 outreach and dissemination events as per Table 23a and 24 have been completed

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Optimizing phage-based mutant recovery and minimizing heat effect in the construction of transposon libraries in Staphylococcus aureus

Autoren: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-73731-y

Chromosomal genes modulating fosfomycin susceptibility in uropathogenic <i>Escherichia coli</i> : a genome-wide analysis

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Lily Giarratana, Karen Leth Nielsen, Susanne Häussler, Luca Guardabassi
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 69, 2025, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.01417-24

Algebraic differentiation for fast sensitivity analysis of optimal flux modes in metabolic models

Autoren: Hester Chapman, Miroslav Kratochvíl, Oliver Ebenhöh, St Elmo Wilken
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf287

The Secondary Resistome of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus to β-Lactam Antibiotics

Autoren: Nader Abdelmalek, Sally Waheed Yousief, Martin Saxtorph Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John Elmerdahl Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: Antibiotics, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 112, ISSN 2079-6382
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/antibiotics14020112

Exploring the susceptome of methicillin-resistant Staphylococcus aureus to oxacillin and cefazolin using integrated transposon-directed insertion site sequencing and proteomics

Autoren: Nader Abdelmalek, Sally W. Yousief, Alessandro Tanca, Martin S. Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: International Journal of Antimicrobial Agents, Ausgabe 66, 2025, Seite(n) 107652, ISSN 0924-8579
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2025.107652

A Novel Algorithm to Calculate Elementary Modes: Analysis of<i>Campylobacter jejuni</i>Metabolism

Autoren: Yanica Said, Dipali Singh, Cristiana Sebu, Mark Poolman
Veröffentlicht in: Biosystems, 2023, ISSN 1872-8324
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.11.521685

Early prediction of potential hepatotoxic metabolites to aid lead selection in drug discovery

Autoren: Linda Chiappalupi, Domingo Gargallo-Viola, Antoni Torrens
Veröffentlicht in: Open Research Europe, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 307, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.21392.1

Genome-wide identification of tissue-specific fitness genes in murine models of Staphylococcus aureus infection

Autoren: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Martin S. Bojer, Yibing Ma, Priscila R. Guerra, Sajid Nisar, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 29, 2025, Seite(n) 114261, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.114261

Deletion of pcnB affects antibiotic susceptibility in resistant Escherichia coli by reducing copy number of ColE1-family plasmids

Autoren: Sandra Marina Wellner, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-92308-x

The intrinsic macrolide resistome of <i>Escherichia coli</i>

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Bimal Jana, Viktor Hundtofte Mebus, Luca Guardabassi
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 68, 2024, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00452-24

Screening Actinomycetes extracts for antimicrobial compounds against methicillin-resistant Staphylococcus aureus and helper-compounds against aminoglycoside-resistant E. coli

Autoren: Dina Al Nahhas, Sandra Marina Wellner, Margherita Sosio, Sonia I Maffioli, Salvatore Pisanu, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi, Stefano Donadio, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Open Research Europe, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 110, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.19988.1

Comparative proteomics analysis of MRSA under different experimental conditions

Autoren: Dina Al Nahhas, Salvatore Pisanu, Alessandro Tanca, Bianca Paglietti, Antonella Santona, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-04224-9

A novel high-throughput screening method for identifying compounds that inhibit plasmid conjugation

Autoren: Jennifer Moussa, Domingo Gargallo-Viola, Line Elnif Thomsen
Veröffentlicht in: MethodsX, Ausgabe 12, 2025, Seite(n) 102740, ISSN 2215-0161
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mex.2024.102740

Genome-wide identification of fitness-genes in aminoglycoside-resistant Escherichia coli during antibiotic stress

Autoren: Sandra Marina Wellner, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-54169-8

Macrolide Resistance and In Vitro Potentiation by Peptidomimetics in Porcine Clinical Escherichia coli

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo https://orcid.org/0000-0002-9814-1500 Prabha Subramani, Ronette Gehring, Peter Damborg https://orcid.org/0000-0001-9932-5996 Henrik Franzyk https://orcid.org/0000-0002-2822-1927 Luca Guardabassi https://orcid.org/0000-0002-2389-5084
Veröffentlicht in: mSphere, Ausgabe vol 7 number 5, 2023, ISSN 2379-5042
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00402-22

Genome-wide Identification of conditionally essential genes supporting <i>Streptococcus suis</i> growth in serum and cerebrospinal fluid

Autoren: Maria Juanpere-Borras, Tiantong Zhao, Jos Boekhorst, Blanca Fernandez-Ciruelos, Rajrita Sanyal, Nissa Arifa, Troy Wagenaar, Peter van Baarlen, Jerry M. Wells
Veröffentlicht in: Virulence, Ausgabe 17, 2025, ISSN 2150-5594
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/21505594.2025.2600145