Innvative approaches to identification of metabolic Targets for antimicrobials

Projektinformationen

INNOTARGETS

ID Finanzhilfevereinbarung: 956154

DOI

10.3030/956154

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 13 August 2020

Startdatum 1 März 2021

Enddatum 30 November 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 260 954,70

EU-Beitrag

€ 3 260 954,70

Koordiniert durch

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Leistungen

Documents, reports (2)

At least 6 outreach and dissemination events (as per Table 2.3a and 2.4)

At least 6 outreach and dissemination events as per Table 23a and 24 have been completed

At least 22 other outreaches and dissemination event (as per Table 2.3a and 2.4)

At least 22 other outreaches and dissemination event (as per Table 2.3a and 2.4) have been held

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Optimizing phage-based mutant recovery and minimizing heat effect in the construction of transposon libraries in Staphylococcus aureus

Autoren: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-73731-y

Chromosomal genes modulating fosfomycin susceptibility in uropathogenic <i>Escherichia coli</i> : a genome-wide analysis

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Lily Giarratana, Karen Leth Nielsen, Susanne Häussler, Luca Guardabassi
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 69, 2025, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.01417-24

Algebraic differentiation for fast sensitivity analysis of optimal flux modes in metabolic models

Autoren: Hester Chapman, Miroslav Kratochvíl, Oliver Ebenhöh, St Elmo Wilken
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 41, 2025, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf287

The Secondary Resistome of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus to β-Lactam Antibiotics

Autoren: Nader Abdelmalek, Sally Waheed Yousief, Martin Saxtorph Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John Elmerdahl Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: Antibiotics, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 112, ISSN 2079-6382
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/antibiotics14020112

Exploring the susceptome of methicillin-resistant Staphylococcus aureus to oxacillin and cefazolin using integrated transposon-directed insertion site sequencing and proteomics

Autoren: Nader Abdelmalek, Sally W. Yousief, Alessandro Tanca, Martin S. Bojer, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: International Journal of Antimicrobial Agents, Ausgabe 66, 2025, Seite(n) 107652, ISSN 0924-8579
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2025.107652

A Novel Algorithm to Calculate Elementary Modes: Analysis of<i>Campylobacter jejuni</i>Metabolism

Autoren: Yanica Said, Dipali Singh, Cristiana Sebu, Mark Poolman
Veröffentlicht in: Biosystems, 2023, ISSN 1872-8324
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.11.521685

Early prediction of potential hepatotoxic metabolites to aid lead selection in drug discovery

Autoren: Linda Chiappalupi, Domingo Gargallo-Viola, Antoni Torrens
Veröffentlicht in: Open Research Europe, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 307, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.21392.1

Genome-wide identification of tissue-specific fitness genes in murine models of Staphylococcus aureus infection

Autoren: Sally W. Yousief, Nader Abdelmalek, Martin S. Bojer, Yibing Ma, Priscila R. Guerra, Sajid Nisar, John E. Olsen, Bianca Paglietti
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 29, 2025, Seite(n) 114261, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.114261

Deletion of pcnB affects antibiotic susceptibility in resistant Escherichia coli by reducing copy number of ColE1-family plasmids

Autoren: Sandra Marina Wellner, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-92308-x

The intrinsic macrolide resistome of <i>Escherichia coli</i>

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo, Bimal Jana, Viktor Hundtofte Mebus, Luca Guardabassi
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 68, 2024, ISSN 0066-4804
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aac.00452-24

Screening Actinomycetes extracts for antimicrobial compounds against methicillin-resistant Staphylococcus aureus and helper-compounds against aminoglycoside-resistant E. coli

Autoren: Dina Al Nahhas, Sandra Marina Wellner, Margherita Sosio, Sonia I Maffioli, Salvatore Pisanu, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi, Stefano Donadio, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Open Research Europe, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 110, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.19988.1

Comparative proteomics analysis of MRSA under different experimental conditions

Autoren: Dina Al Nahhas, Salvatore Pisanu, Alessandro Tanca, Bianca Paglietti, Antonella Santona, Sergio Uzzau, Daniela Pagnozzi
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-04224-9

A novel high-throughput screening method for identifying compounds that inhibit plasmid conjugation

Autoren: Jennifer Moussa, Domingo Gargallo-Viola, Line Elnif Thomsen
Veröffentlicht in: MethodsX, Ausgabe 12, 2025, Seite(n) 102740, ISSN 2215-0161
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mex.2024.102740

Genome-wide identification of fitness-genes in aminoglycoside-resistant Escherichia coli during antibiotic stress

Autoren: Sandra Marina Wellner, Mosaed Saleh A. Alobaidallah, Xiao Fei, Ana Herrero-Fresno, John Elmerdahl Olsen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-54169-8

Macrolide Resistance and In Vitro Potentiation by Peptidomimetics in Porcine Clinical Escherichia coli

Autoren: Yibing Ma, Mattia Pirolo https://orcid.org/0000-0002-9814-1500 Prabha Subramani, Ronette Gehring, Peter Damborg https://orcid.org/0000-0001-9932-5996 Henrik Franzyk https://orcid.org/0000-0002-2822-1927 Luca Guardabassi https://orcid.org/0000-0002-2389-5084
Veröffentlicht in: mSphere, Ausgabe vol 7 number 5, 2023, ISSN 2379-5042
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00402-22

Genome-wide Identification of conditionally essential genes supporting <i>Streptococcus suis</i> growth in serum and cerebrospinal fluid

Autoren: Maria Juanpere-Borras, Tiantong Zhao, Jos Boekhorst, Blanca Fernandez-Ciruelos, Rajrita Sanyal, Nissa Arifa, Troy Wagenaar, Peter van Baarlen, Jerry M. Wells
Veröffentlicht in: Virulence, Ausgabe 17, 2025, ISSN 2150-5594
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/21505594.2025.2600145