DNA-Fast light dRiven data technologY with multiplexed optical encoding and readout

Informazioni relative al progetto

DNA-FAIRYLIGHTS

ID dell’accordo di sovvenzione: 964995

DOI

10.3030/964995

Progetto chiuso

Data della firma CE 22 Gennaio 2021

Data di avvio 1 Settembre 2021

Data di completamento 28 Febbraio 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Future and Emerging Technologies (FET)

Costo totale

€ 3 116 536,25

Contributo UE

€ 3 116 536,25

Coordinato da

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA
Italy

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Demonstrators, pilots, prototypes (2)

Scale up model.
Electro-optical read out of high density data structures with nanopores and optical detection

Documents, reports (3)

Characterization and evaluation of dynamic control of NPs and NCs positons and orientations.
Report on project communication n.1

Report on project communication n 1

Report on project communication n. 2

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project WebSite and Logo

realization and publication online of the project website

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (28)

DNA Volume, Topology, and Flexibility Dictate Nanopore Current Signals

Autori: Yunxuan Li, Sarah E. Sandler, Ulrich F. Keyser, Jinbo Zhu
Pubblicato in: Nano Letters, Numero 23, 2023, Pagina/e 7054-7061, ISSN 1530-6984
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.3c01823

Magnetic control of particle trapping in a hybrid plasmonic nanopore

Autori: Nicolo Maccaferri, Paolo Vavassori, and Denis Garoli
Pubblicato in: Applied physics letters, 2021, ISSN 0003-6951
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0046245

Aptamer Conformational Dynamics Modulate Neurotransmitter Sensing in Nanopores

Autori: Annina Stuber, Ali Douaki, Julian Hengsteler, Denis Buckingham, Dmitry Momotenko, Denis Garoli, and Nako Nakatsuka
Pubblicato in: ACS Nano, 2023, ISSN 1936-0851
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.3c05377

Dynamics of ultrafine silver implanted DNA nanowire formation

Autori: Qifei Ma, Mauro Chinappi, Ali Douaki, Yanqiu Zou, Huaizhou Jin, Emiliano Descrovi, Roman Krahne, Remo Proietti Zaccaria, Roberto Marotta, Weihong Wang, Dan Cojoc, Karol kołątaj, Guillermo Acuna, Shangzhong Jin, Denis Garoli
Pubblicato in: Nanoscale, Numero 17, 2025, Pagina/e 16342-16348, ISSN 2040-3364
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5nr00934k

Nanopore detection of single-nucleotide RNA mutations and modifications with programmable nanolatches

Autori: Yunxuan Li, Siong Chen Meng, Yesheng Wang, Casey M. Platnich, Max K. Earle, Elli Mylona, Plamena Naydenova, Stephen Baker, Jinbo Zhu, Ulrich F. Keyser
Pubblicato in: Nature Nanotechnology, 2025, ISSN 1748-3387
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-025-01965-6

Modulating Lipid Membrane Morphology by Dynamic DNA Origami Networks

Autori: Juanjuan Yang, Kevin Jahnke, Ling Xin, Xinxin Jing, Pengfei Zhan, Andreas Peil, Alessandra Griffo, Marko Škugor, Donglei Yang, Sisi Fan, Kerstin Göpfrich, Hao Yan, Pengfei Wang, Na Liu
Pubblicato in: Nano Letters, Numero 23, 2023, Pagina/e 6330-6336, ISSN 1530-6984
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.3c00750

Detection of protein oligomers with nanopores 

Autori: Robert I. Horne, Sarah E. Sandler, Michele Vendruscolo, Ulrich F. Keyser
Pubblicato in: Nature Reviews Chemistry, Numero 9, 2025, Pagina/e 224-240, ISSN 2397-3358
Editore: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41570-025-00694-7

Dry synthesis of bi-layer nanoporous metal films as plasmonic metamaterial

Autori: Vincenzo Caligiuri, Hyunah Kwon, Andrea Griesi, Yurii P. Ivanov, Andrea Schirato, Alessandro Alabastri, Massimo Cuscunà, Gianluca Balestra, Antonio De Luca, Tlek Tapani, Haifeng Lin, Nicolò Maccaferri, Roman Krahne, Giorgio Divitini, Peer Fischer, Denis Garoli
Pubblicato in: Nanophotonics, Numero 13, 2024, Pagina/e 1159-1167, ISSN 2192-8614
Editore: Walter de Gruyter GmbH
DOI: 10.1515/nanoph-2023-0942

Detection of small-sized DNA fragments in a glassy nanopore by utilization of CRISPR-Cas12a as a converter system

Autori: Shumin Zhang, Minyi Liu, Haofa Cui, Muhammad Asad Ziaee, Rongwei Sun, Liting Chen, Daqi Chen, Denis Garoli and Jiahai Wang
Pubblicato in: Analyst, Numero 13645528, 2022, ISSN 1364-5528
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1an02313f

Biomolecular ligands as tools to modulate the optical and chiroptical properties of gold nanoclusters

Autori: Laura Saa, Manuel Núñez-Martínez, Eva Carpintero-Cueto, Aitziber L. Cortajarena
Pubblicato in: Nanoscale, Numero 17, 2025, Pagina/e 3671-3687, ISSN 2040-3364
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4nr04267k

Plasmonic Photochemistry as a Tool to Prepare Metallic Nanopores with Controlled Diameter for Optimized Detection of Single Entities

Autori: German Lanzavecchia, Joel Kuttruff, Andrea Doricchi, Ali Douaki, Krishnadas Kumaranchira Ramankutty, Isabel García, Lyuye Lin, Alba Viejo Rodríguez, Thomas Wågberg, Roman Krahne, Nicolò Maccaferri, Denis Garoli
Pubblicato in: Advanced Optical Materials, 2023, Pagina/e 2300786, ISSN 2195-1071
Editore: Wyley
DOI: 10.1002/adom.202300786

Chiroptical hybrid nanomaterials based on metal nanoparticles and biomolecules

Autori: Manuel Núñez-Martínez, Jinyi Dong, Isabel García, Luis M. Liz-Marzán
Pubblicato in: Advances in Colloid and Interface Science, Numero 341, 2025, Pagina/e 103501, ISSN 0001-8686
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cis.2025.103501

Disordered plasmonic system with dense copper nano-island morphology

Autori: Tlek Tapani, Vincenzo Caligiuri, Yanqiu Zou, Andrea Griesi, Yurii P. Ivanov, Massimo Cuscunà, Gianluca Balestra, Haifeng Lin, Anastasiia Sapunova, Paolo Franceschini, Andrea Tognazzi, Costantino De Angelis, Giorgio Divitini, Riccardo Carzino, Hyunah Kwon, Peer Fischer, Roman Krahne, Nicolò Maccaferri, Denis Garoli
Pubblicato in: Nanophotonics, Numero 14, 2025, Pagina/e 2151-2160, ISSN 2192-8614
Editore: Walter de Gruyter GmbH
DOI: 10.1515/nanoph-2024-0743

Universal Click-Chemistry Approach for the DNA Functionalization of Nanoparticles

Autori: Nicole Siegel, Hiroaki Hasebe, Germán Chiarelli, Denis Garoli, Hiroshi Sugimoto, Minoru Fujii, Guillermo P. Acuna, Karol Kołątaj
Pubblicato in: Journal of the American Chemical Society, Numero 146, 2024, Pagina/e 17250-17260, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.4c03833

High-Frequency Light Rectification by Nanoscale Plasmonic Conical Antenna in Point-Contact-Insulator-Metal Architecture

Autori: Rajeshkumar Mupparapu,Joao Cunha,Francesco Tantussi,Andrea Jacassi,Leopold Summerer,Maddalena Patrini,Andrea Giugni,Lorenzo Maserati,Alessandro Alabastri,Denis Garoli,Remo Proietti Zaccaria
Pubblicato in: Advanced energy materials, 2022, ISSN 1614-6840
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/aenm.202103785

Chemical annealing restructures RNA for nanopore detection

Autori: Casey Platnich, Max Earle, Ulrich Keyser
Pubblicato in: Journal of the american chemical society, 2024, ISSN 1520-5126
Editore: American chemical society
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-2pm9p

A digital twin for DNA data storage based on comprehensive quantification of errors and biases

Autori: Andreas L. Gimpel, Wendelin J. Stark, Reinhard Heckel & Robert N. Grass
Pubblicato in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41729-1

Enhanced Optical Spectroscopy for Multiplexed DNA and Protein-Sequencing with Plasmonic Nanopores: Challenges and Prospects

Autori: Wang Li, Juan Zhou, Nicolò Maccaferri, Roman Krahne, Kang Wang, and Denis Garoli
Pubblicato in: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 1520-6882
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04459

Emerging Approaches to DNA Data Storage: Challenges and Prospects

Autori: Andrea Doricchi, Casey M. Platnich, Andreas Gimpel, Friederikee Horn, Max Earle, German Lanzavecchia, Aitziber L. Cortajarena, Luis M. Liz-Marzán, Na Liu, Reinhard Heckel, Robert N. Grass, Roman Krahne, Ulrich F. Keyser, and Denis Garoli
Pubblicato in: ACS Nano, Numero 16, 2022, ISSN 1936-086X
Editore: Americal Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06748

Transformable Plasmonic Helix with Swinging Gold Nanoparticles

Autori: Andreas Peil, Dr. Pengfei Zhan, Dr. Xiaoyang Duan, Prof. Roman Krahne, Dr. Denis Garoli, Prof. Dr. Luis M. Liz-Marzán, Prof. Dr. Na Liu
Pubblicato in: Angewandte Chemie, 2022, ISSN 1521-3773
Editore: wyley
DOI: 10.1002/anie.202213992

Nanoporous Metals: From Plasmonic Properties to Applications in Enhanced Spectroscopy and Photocatalysis

Autori: Alemayehu Nana Koya, Xiangchao Zhu, Nareg Ohannesian, A. Ali Yanik, Alessandro Alabastri, Remo Proietti Zaccaria, Roman Krahne, Wei-Chuan Shih, and Denis Garoli
Pubblicato in: ACS Nano, Numero 15, 2021, Pagina/e 6038–6060, ISSN 1936-0851
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c10945

Chemical unclonable functions based on operable random DNA pools

Autori: Anne M. Luescher, Andreas L. Gimpel, Wendelin J. Stark, Reinhard Heckel, Robert N. Grass
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-47187-7

Recent Advances in DNA Origami-Engineered Nanomaterials and Applications

Autori: Pengfei Zhan, Andreas Peil, Qiao Jiang, Dongfang Wang, Shikufa Mousavi, Qiancheng Xiong, Qi Shen, Yingxu Shang, Baoquan Ding, Chenxiang Lin, Yonggang Ke, Na Liu
Pubblicato in: Chemical Reviews, Numero 123, 2023, Pagina/e 3976-4050, ISSN 0009-2665
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.3c00028

Modular Plasmonic Nanopore for Opto‐Thermal Gating

Autori: Ali Douaki, Shukun Weng, German Lanzavecchia, Anastasiia Sapunova, Annina Stuber, Gabriele Nanni, Nako Nakatsuka, Makusu Tsutsui, Kazumichi Yokota, Roman Krahne, Denis Garoli
Pubblicato in: Advanced Optical Materials, Numero 13, 2025, ISSN 2195-1071
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/adom.202402189

UV-SERS monitoring of plasmonic photodegradation of biomolecules on aluminum platforms decorated with rhodium nanoparticles

Autori: Yanqiu Zou, Luca Mattarozzi, Huaizhou Jin, Qifei Ma, Sandro Cattarin, Shukun Weng, Ali Douaki, German Lanzavecchia, Karol Kołątaj, Nicco Corduri, Ben Johns, Nicolò Maccaferri, Guillermo Acuna, Zhenrong Zheng, Shangzhong Jin, Denis Garoli
Pubblicato in: Nanoscale Advances, 2025, ISSN 2516-0230
Editore: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d5na00486a

Advances in ultrafast plasmonics

Autori: Alemayehu Nana Koya ; Marco Romanelli ; Joel Kuttruff; Nils Henriksson ; Andrei Stefancu ; Gustavo Grinblat ; Aitor De Andres ; Fritz Schnur ; Mirko Vanzan ; Margherita Marsili ; Mahfujur Rahaman ; Alba Viejo Rodríguez ; Tlek Tapani ; Haifeng Lin ; Bereket Dalga Dana ; Jingquan Lin ; Grégory Barbillon ; Remo Proietti Zaccaria ; Daniele Brida ; Deep Jariwala ; László Veisz ; Emiliano Cor
Pubblicato in: Applied Physics Review, 2023, ISSN 1931-9401
Editore: AIP Publishing LLC
DOI: 10.1063/5.0134993

Porous aluminum decorated with rhodium nanoparticles: preparation and use as a platform for UV SERS

Autori: Shrobona Banerjee, Luca Mattarozzi, Nicolò Maccaferri, Sandro Cattarin, Shukun Weng, Ali Douaki, German Lanzavecchia, Anastasiia Sapunova, Francesco D'Amico, Qifei Ma, Yanqiu Zou, Roman Krahne, Janina Kneipp, Denis Garoli
Pubblicato in: Materials Advances, Numero 5, 2024, Pagina/e 6248-6254, ISSN 2633-5409
Editore: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d4ma00203b

Challenges for error-correction coding in DNA data storage: photolithographic synthesis and DNA decay

Autori: Andreas L. Gimpel, Wendelin J. Stark, Reinhard Heckel, Robert N. Grass
Pubblicato in: Digital Discovery, Numero 3, 2024, Pagina/e 2497-2508, ISSN 2635-098X
Editore: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/d4dd00220b

Non-peer reviewed articles (3)

Nanopore detection of modified RNA and DNA with nucleic acid catalyst-free click chemistry

Autori: Iva Mohora, Gerardo Patiño Guillén, Kevin Neis, Julián Valero, Ulrich Keyser, Filip Boskovic
Pubblicato in: chemxiv, 2024, ISSN 0000-0000
Editore: chemrxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2024-swxn6

Single-Molecule Quantification of RNA Degradation with Nanopore Sensing

Autori: Mohammed Alawami, Max Earle, Ulrich Keyser, Casey Platnich
Pubblicato in: Chemrxiv, 2025, ISSN 0000-0000
Editore: chemrxiv
DOI: 10.26434/chemrxiv-2025-th9vf

Corrigendum to “Chiroptical hybrid nanomaterials based on metal nanoparticles and biomolecules” [Adv. Colloid Interface Sci. 341 (2025) 103501]

Autori: Manuel Núñez-Martínez, Jinyi Dong, Isabel García, Luis M. Liz-Marzán
Pubblicato in: Advances in Colloid and Interface Science, Numero 342, 2025, Pagina/e 103560, ISSN 0001-8686
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cis.2025.103560