Ziel
This project has the goal to investigate the mechanism of dNTP interaction with human DNA polymerases alpha and beta and human immunodeficiency virus reverse transcriptase. dNTP recognition by DNA polymerases is a major determinant of specificity of DNA replication. Highly selective affinity labelling, site-directed mutagenesis of dNTP pockets and kinetic measurements of dNTP interaction will be used to solve the problem. One of the main approaches to be applied is the original technique based on the "catalytic competence. In the reaction of primer elongation of dNTP bound by base to the active centers of DNA polymerases. New photoreactive derivatives of dNTP will be synthesised and used for affinity labelling of human DNA polymerase alpha and beta, HIV-RT and HIV-RT mutants affecting dNTP pockets. The efficiency of "catalytically competent" labelling will be compared when the enzymes are irradiated in the presence of complementary, noncomplementary and blunt-ended template-primer. The structure mapping of dNTP binding pocket of DNA polymerases modified under various conditions will be performed. This study will be supplemented with the measurements of quantitative characteristics of dNTP and analogue binding to the active sites of DNA polymerases. The results obtained in solution will be compared with crystallographic data for HIV-RT and DNA polymerase beta in order to reveal the common principles of dNTP interaction with these enzymes.
Kd values for dNTP and analogues will be determined from experiments of the enzyme inactivation and competition with affinity reagents. The results obtained at the end of the project should permit: To find photoreactive analogues of dNTP which are effective strate of human DNA polymerases alpha and beta and HIV-RT in the dark and effective affinity reagents of dNTP binding pockets of these enzymes under UV-irradiation; To evaluate quantitative characteristics of dNTP and dNTP analogue interaction with various DNA polymerases; To analyse the influence of DNA template-primer on the interaction of dNTPs with the active sites of human DNA polymerases alpha and beta, HIV-RT and its mutants and to describe the difference in the arrangement of dNTP binding sites of DNA polymerases under the influence of template-primer; To compare proteolytic pattern and peptides isolated from the active sites of DNA polymerases modified in the absence or in the presence of template-primer; To compare the data obtained in solution with recent crystallographic results obtained for DNA polymerase beta and HIV-RT.
In general, the data obtained allow to get the basic understanding of the general regularities and difference in dNTP interaction with human DNA polymerases and HIV-RT. This knowledge should be very useful to design new inhibitors of HIV-RT.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Daten nicht verfügbar
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Daten nicht verfügbar
Koordinator
75251 Paris CEDEX 05
Frankreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.