Obiettivo
This project has the goal to investigate the mechanism of dNTP interaction with human DNA polymerases alpha and beta and human immunodeficiency virus reverse transcriptase. dNTP recognition by DNA polymerases is a major determinant of specificity of DNA replication. Highly selective affinity labelling, site-directed mutagenesis of dNTP pockets and kinetic measurements of dNTP interaction will be used to solve the problem. One of the main approaches to be applied is the original technique based on the "catalytic competence. In the reaction of primer elongation of dNTP bound by base to the active centers of DNA polymerases. New photoreactive derivatives of dNTP will be synthesised and used for affinity labelling of human DNA polymerase alpha and beta, HIV-RT and HIV-RT mutants affecting dNTP pockets. The efficiency of "catalytically competent" labelling will be compared when the enzymes are irradiated in the presence of complementary, noncomplementary and blunt-ended template-primer. The structure mapping of dNTP binding pocket of DNA polymerases modified under various conditions will be performed. This study will be supplemented with the measurements of quantitative characteristics of dNTP and analogue binding to the active sites of DNA polymerases. The results obtained in solution will be compared with crystallographic data for HIV-RT and DNA polymerase beta in order to reveal the common principles of dNTP interaction with these enzymes.
Kd values for dNTP and analogues will be determined from experiments of the enzyme inactivation and competition with affinity reagents. The results obtained at the end of the project should permit: To find photoreactive analogues of dNTP which are effective strate of human DNA polymerases alpha and beta and HIV-RT in the dark and effective affinity reagents of dNTP binding pockets of these enzymes under UV-irradiation; To evaluate quantitative characteristics of dNTP and dNTP analogue interaction with various DNA polymerases; To analyse the influence of DNA template-primer on the interaction of dNTPs with the active sites of human DNA polymerases alpha and beta, HIV-RT and its mutants and to describe the difference in the arrangement of dNTP binding sites of DNA polymerases under the influence of template-primer; To compare proteolytic pattern and peptides isolated from the active sites of DNA polymerases modified in the absence or in the presence of template-primer; To compare the data obtained in solution with recent crystallographic results obtained for DNA polymerase beta and HIV-RT.
In general, the data obtained allow to get the basic understanding of the general regularities and difference in dNTP interaction with human DNA polymerases and HIV-RT. This knowledge should be very useful to design new inhibitors of HIV-RT.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Dati non disponibili
Coordinatore
75251 Paris CEDEX 05
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.