Ziel
The objective of this project is to increase our understanding of protein-ligand interactions by using a multidisciplinary approach that combines in a synergetic manner the structural-thermodynamic analysis of protein-ligand complexes and ligand-linked chimeras with a wide range of experimental techniques. We will apply this global approach to study the binding of peptidic ligands to SH3 domains and to analyse the binding effect propagation. SH3 domains receive and transmit information through specific interactions with other system components during propagation and amplification of cellular signalling and represent enticing targets for pharmacological intervention in a number of pathologies, such as, for instance, AIDS, cancer or osteoporosis. Understanding how information is transmitted through the structures of the domains will facilitate the development of new strategies for ligand design; i.e. strategies that optimise binding affinity, specificity and also modify the co-operative behaviour of the target protein in a predefined way. The structural parameterisation of the energetics of protein folding and protein-ligand binding resulted in the development by one of our groups of the design algorithms Perla and FOLDEF. Such a computational approach needs to be accompanied by extensive experimental work. X-ray crystallography, NMR and/or computer modelling will be used to obtain the structures of the protein-ligand complexes and ligand-bound chimeras. Calorimetry (ITC and DSC) will provide the experimental global thermodynamic magnitudes of the binding processes, which are necessary to test the validity of the calculations. NMR-detected hydrogen exchange and spin diffusion studies will be applied to acquire thermodynamic and dynamic information about local changes produced by binding or mutations. Using the above described approaches, it is intended: (i) To monitor the effects of small ligand changes on binding affinity and specificity, with the aim of designing improved ligands for SH3 domains. (ii) To define the cooperative pathways within the domains by using various types of the ligand-bound chimeras and single-point mutations either at the binding sites or at distant locations. (iii) To analyse how the protein-ligand interactions are transmitted through the protein structure and how ligands with different distribution of binding "hot spots" affect the structural cooperativity of the domains. (iv) To explore the possibility of designing the allosteric effectors, which could modulate the energetics of the poliproline ligand binding and signal transduction. (v) Finally, and more generally to obtain a series of parameters that would improve the existing design algorithms and allow the design of effective ligands for any protein-protein complex.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Daten nicht verfügbar
Koordinator
69012 Heidelberg
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.