Cel
The objective of this project is to increase our understanding of protein-ligand interactions by using a multidisciplinary approach that combines in a synergetic manner the structural-thermodynamic analysis of protein-ligand complexes and ligand-linked chimeras with a wide range of experimental techniques. We will apply this global approach to study the binding of peptidic ligands to SH3 domains and to analyse the binding effect propagation. SH3 domains receive and transmit information through specific interactions with other system components during propagation and amplification of cellular signalling and represent enticing targets for pharmacological intervention in a number of pathologies, such as, for instance, AIDS, cancer or osteoporosis. Understanding how information is transmitted through the structures of the domains will facilitate the development of new strategies for ligand design; i.e. strategies that optimise binding affinity, specificity and also modify the co-operative behaviour of the target protein in a predefined way. The structural parameterisation of the energetics of protein folding and protein-ligand binding resulted in the development by one of our groups of the design algorithms Perla and FOLDEF. Such a computational approach needs to be accompanied by extensive experimental work. X-ray crystallography, NMR and/or computer modelling will be used to obtain the structures of the protein-ligand complexes and ligand-bound chimeras. Calorimetry (ITC and DSC) will provide the experimental global thermodynamic magnitudes of the binding processes, which are necessary to test the validity of the calculations. NMR-detected hydrogen exchange and spin diffusion studies will be applied to acquire thermodynamic and dynamic information about local changes produced by binding or mutations. Using the above described approaches, it is intended: (i) To monitor the effects of small ligand changes on binding affinity and specificity, with the aim of designing improved ligands for SH3 domains. (ii) To define the cooperative pathways within the domains by using various types of the ligand-bound chimeras and single-point mutations either at the binding sites or at distant locations. (iii) To analyse how the protein-ligand interactions are transmitted through the protein structure and how ligands with different distribution of binding "hot spots" affect the structural cooperativity of the domains. (iv) To explore the possibility of designing the allosteric effectors, which could modulate the energetics of the poliproline ligand binding and signal transduction. (v) Finally, and more generally to obtain a series of parameters that would improve the existing design algorithms and allow the design of effective ligands for any protein-protein complex.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Projekt nie został jeszcze sklasyfikowany według klasyfikacji EuroSciVoc.
Wskaż dziedziny nauki, które twoim zdaniem są najbardziej istotne z punktu widzenia tego projektu i pomóż nam usprawnić naszą usługę klasyfikacji.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Brak dostępnych danych
Koordynator
69012 Heidelberg
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.