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Isolation and characterization of single nucleotide polymorpisms (SNPs) in Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus)

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La genetica delle popolazioni di tonno rosso

I ricercatori hanno condotto uno studio sul genoma del tonno rosso dell'Atlantico (ABFT) dal quale sono emersi nuovi strumenti di analisi delle differenze tra le varie popolazioni ittiche.

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Questa specie, conosciuta anche con il nome di Thunnus thynnus, è estremamente sovrasfruttata e richiede attente strategie di gestione degli stock che consentano di scongiurarne l'estinzione. Tali strumenti si basano su una conoscenza e una comprensione approfondite della struttura delle varie popolazioni. Il progetto ABFT SNP, finanziato dall'UE, è stato incentrato sullo sviluppo di risorse genetiche per il tonno rosso dell'Atlantico, finalizzato nello specifico all'identificazione di una serie di variazioni a carico del DNA che potrebbero essere utilizzate per lo studio della variabilità delle popolazioni. In particolare, è stato realizzato il sequenziamento del trascrittoma (molecole di RNA che codificano proteine insieme ad altri RNA non codificanti) di numerosi tonni, che ha rivelato una sostanziale variazione genetica nelle popolazioni del tonno rosso. I dati del sequenziamento sono stati inoltre integrati nelle conoscenze pregresse del genoma dell'ABFT ai fini dell'identificazione di 128 loci di variazione del DNA collegati alla variabilità delle popolazioni. Questi ultimi sono stati utilizzati nell'ambito della progettazione di un chip di genotipizzazione OpenArray in grado di garantire processi di differenziazione di facile esecuzione tra i gruppi di popolazioni dell'ABFT. I ricercatori hanno inoltre prodotto pannelli marcatori per geni specifici identificando altre tipologie utili di variazioni del DNA, tra cui le ripetizioni di singole sequenze. Nel complesso, l'iniziativa ABFT SNP ha promosso la caratterizzazione genetica dell'ABFT fornendo strumenti che consentono di condurre studi approfonditi degli aspetti genetici delle popolazioni appartenenti a questa specie.

Parole chiave

Genetica delle popolazioni, tonno rosso dell'Atlantico, gestione degli stock, estinzione, polimorfismi a singolo nucleotide, trascrittoma

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