Un portail en ligne pour l'ingénierie des protéines
L'ingénierie des protéines a connu un regain ces dernières années, avec l'apparition de nouvelles techniques aidant les chercheurs dans le processus de création. Ces nouvelles protéines sont intéressantes pour la recherche en biologie ainsi que pour d'autres secteurs comme la médecine et la génération d'énergie. Le projet NEWPROT (An interactive protein engineering portal with validated software and database facilities), financé par l'UE, a mis en place un portail interactif pour l'ingénierie des protéines qui intègre différents produits logiciels pour faciliter la recherche et le développement. Le projet NEWPROT a rationalisé la collaboration au niveau de l'homme et des logiciels, et optimisé son portail d'ingénierie des protéines en self-service. Les technologies prédictives ont été validées expérimentalement en se basant sur des expériences de mutation et de conception. L'intérêt du portail réside dans la possibilité d'explorer l'effet de mutations sur la stabilité des protéines, leur sélectivité et leur activité, et sur les niveaux de production. Les logiciels et bases de données sont en accès libre pour les principaux acteurs concernés tels que les ingénieurs en protéines et d'autres scientifiques et enseignants intéressés. Pour les sociétés européennes du logiciel impliquées dans ce projet ambitieux, le portail en self-service est un moyen important de présenter les capacités de leurs logiciels. Le portail lui-même sera intéressant pour les milliers d'ingénieurs en protéines du monde entier, qu'ils soient en université ou en entreprise. En effet, il accélère la conception de nouveaux médicaments, facilite la production de biocarburants, et soutient la production de certains types d'aliments. NEWPROT a maintenant rationalisé la collaboration, tant au niveau humain que du logiciel et optimisé son portail en libre-service pour l'ingénierie in silico des protéines. Fait important, ce portail en libre-service est accessible gratuitement. Des instructions sur son utilisation et ses fonctionnalités sont disponibles sous la forme de plusieurs vidéos, sur la chaîne Youtube NewProt tutorials. Les expériences de validation ont permis l'ingénierie d'enzymes utiles pour la synthèse et certains biocatalyseurs ainsi conçus ont déjà été commercialisés par deux petites et moyennes entreprises (PME). NEWPROT a donc fourni à ces deux PME des outils très efficaces leur assurant une excellente compétitivité dans leurs domaines d'activité. Les résultats de la recherche NEWPROT ont favorisé une collaboration axée sur de petites molécules thérapeutiques ciblant des maladies auto-immunes telles que la polyarthrite rhumatoïde et la maladie inflammatoire de l'intestin. Le projet a joué et continuera à jouer un rôle important pour renforcer la durabilité et la qualité de vie partout dans le monde.
Mots‑clés
Ingénierie des protéines, in silico, NEWPROT, portail en libre-service, mutations
