Internetowy portal inżynierii białkowej
Inżynieria białkowa przeżywa w ostatnich latach renesans wraz z pojawieniem się nowych technologii pozwalających tworzyć nowe białka. Nowo opracowywane białka oferują ogromne możliwości w dalszych badaniach nie tylko biologicznych, ale też w szeregu innych dziedzin, od biomedycyny po wytwarzanie energii. W ramach projektu NEWPROT (An interactive protein engineering portal with validated software and database facilities), finansowanego ze środków UE, powstał interaktywny portal do inżynierii białkowej z wbudowanym oprogramowaniem ułatwiającym prace badawczo-rozwojowe. Projekt NEWPROT zoptymalizował współpracę na poziomie zasobów ludzkich oraz oprogramowania i przystosował swój portal samoobsługowy do inżynierii białkowej. Technologie predykcyjne przetestowano eksperymentalnie przy pomocy doświadczeń z mutacją i projektowaniem. Atutem portalu jest badanie wpływu mutacji na stabilność, selektywność, aktywność i poziom ekspresji białek. Oprogramowanie i bazy danych udostępniono kluczowym graczom, w tym naukowcom zajmującym się inżynierią białkową oraz innym zainteresowanym uczonym i nauczycielom. Portal samoobsługowy zapewnia europejskim firmom programistycznym zaangażowanym w tę ambitną inicjatywę miejsce, gdzie mogą prezentować swoje możliwości programistyczne. Sam portal przyniesie korzyści tysiącom inżynierów białek na całym świecie, zarówno tym pracującym w przemyśle, jak i tym zatrudnionym przez uczelnie. Umożliwi to szybsze projektowanie nowych leków oraz łatwiejsze wytwarzanie biopaliw i niektórych produktów żywnościowych. Projekt NEWPROT zoptymalizował współpracę na poziomie zasobów ludzkich oraz oprogramowania i przystosował swój portal samoobsługowy (SSP) do inżynierii białkowej in silico. Co ważne, interaktywny portal SSP jest dostępny bezpłatnie, a instrukcje korzystania z serwisu można znaleźć w kilku filmach na kanale YouTube NewProt. Eksperymenty walidacyjne umożliwiły stworzenie syntetycznie przydatnych enzymów, a niektóre ze sztucznych biokatalizatorów są już sprzedawane przez małe i średnie przedsiębiorstwa (MŚP). Dzięki projektowi NEWPROT MŚP zyskały zatem wysoce skuteczne narzędzia umożliwiające im rozwijanie działalności. Wyniki badań przeprowadzonych w projekcie NEWPROT umożliwiły wspólne prace skupiające się na terapiach wykorzystujących małe cząsteczki, stosowanych w leczeniu chorób autoimmunologicznych, takich jak reumatoidalne zapalenie stawów czy nieswoiste zapalenia jelit. Prace te przekładają się na zrównoważony wzrost i podniesienie standardów życia.
Słowa kluczowe
Inżynieria białkowa, in silico, NEWPROT, portal samoobsługowy, mutacje
