Mikroarrays zur Detektion der Virus-Wirt-Interaktion
HCV ist ein kleines RNA-Virus, das chronische Leberentzündungen, Fibrosen und Leberkrebs verursacht. Für seine Replikation interagiert das Virus mit der Wirtsmembran, was offenbar über virale Proteine realisiert wird, so genannte Nichtstrukturproteine. Allerdings sind die Mechanismen der Assemblierung und des Erhalts des RNA-Replikationskomplexes noch weitgehend unbekannt. So sollte das EU-finanzierte Projekt "Mapping of Hepatitis C virus NS4B protein interactions with its host network" (HCV PATHOLOGY) einen Atlas zur Interaktion mit Wirtsproteinen erstellen, um Aufschluss über den viralen Lebenszyklus zu erhalten. Außerdem wurde an molekularen Zielstrukturen mit potenziell therapeutischem Nutzen geforscht. Um derzeitige technische Hürden bei der Analyse viraler Proteininteraktionen in Wirtszellen zu umgehen, entwickelte HCV PATHOLOGY einen Mikrofluidik-basierten Protein-Array. Die Plattform kombiniert Mikroarrays und In-vitro-Proteinexpression aus einer synthetischen Genbibliothek, die mehr als 13.000 synthetische Gene umfasst. Insgesamt 10.000 Humanproteine sind auf den Chip aufgeprägt und dienen als Zielstrukturen für Bindungsassays mit viralen Proteinen. Mit diesem System konnten dann neue Bindungspartner der NS3-Protease des HC-Virus identifiziert werden. Dies dürfte für therapeutische Zwecke relevant sein, da viele Virostatika auf der Blockierung von Proteasen beruhen. Über eine Zusammenarbeit mit anderen wissenschaftlichen Projekten könnte die mikrofluidische Plattform von HCV PATHOLOGY auch die Analyse anderer Virus-Protein-Interaktionen vereinfachen und wichtige biologische Fragestellungen klären helfen.
Schlüsselbegriffe
Hepatitis-C-Virus, antiviral, Proteininteraktion, NS3-Protease, mikrofluidische Plattform