Acceso universal a los datos sobre proteómica
Antes del comienzo del proyecto, en el año 2011, los repositorios sobre proteómica con mayor número de usuarios entre su público objetivo eran la base de datos Proteomics Identifications PRIDE y el compendio PeptideAtlas. PRIDE almacena la información tal y como fue analizada en un primer momento por los investigadores. Por su parte, los datos incluidos en PeptideAtlas vuelven a ser procesados con las miras puestas en restringir al mínimo el número de diagnósticos erróneos sobre niveles bajos de proteínas. El proyecto «International data exchange and data representation standards for proteomics» (PROTEOMEXCHANGE), dotado con fondos de la UE, se creó para coordinar el envío de datos a estos destacados repositorios y la divulgación de los mismos. Originalmente, el consorcio se constituyó en el año 2006 con el propósito de desarrollar una infraestructura que permitiera a los investigadores remitir datos en un formato consistente y normalizado, así como acceder a información que ya se hubiera hecho pública. Gracias al respaldo financiero del Séptimo Programa Marco (7PM), los socios de PROTEOMEXCHANGE crearon un formato normalizado tanto para el envío de información proteómica a PRIDE y PeptideAtlas —entre otros repositorios— como para la divulgación de datos procedentes de dichas fuentes. Este formato también ofrece diferentes presentaciones de la información, incluyendo los datos primarios y los resultados procesados, todos ellos enlazados por un identificador compartido de manera universal. Los portales individuales pueden pasar a formar parte de PROTEOMEXCHANGE suscribiendo el acuerdo de asociación e implantando el formato de envío de datos y los requisitos para los metadatos. Los autores cuentan con la posibilidad de citar el número de entrada asignado a los conjuntos de datos incluidos en sus publicaciones. Además, se proporciona un identificador de objeto digital (DOI) para los conjuntos de datos que contiene los resultados en formatos abiertos y normalizados. De esta forma, los datos resultan publicables por sí mismos y se puede consultar su historial de citas en obras científicas. Desde que se estableció la plataforma en 2012, el número de envíos y descargas realizadas a través de PROTEOMEXCHANGE se ha incrementado de manera constante. Dicho aumento da cuenta del cambio de mentalidad que se está produciendo en este campo. En los últimos años, el intercambio de datos se está convirtiendo en una práctica habitual entre los investigadores del dominio de la proteómica. Dado que los repositorios han protagonizado una mejora cualitativa, los investigadores están deseosos de remitir a estos los datos que recaban. En 2014, estos portales recibían de manera diaria unos cuatro conjuntos de datos. La cifra total asciende a más de mil seiscientos conjuntos enviados, a lo que se suma un volumen de descargas que ha alcanzado los ciento cincuenta terabytes. Gracias a ofrecer los medios necesarios para acceder a los datos alojados en los diferentes repositorios individuales, se espera que el marco de PROTEOMEXCHANGE maximice el beneficio para la comunidad científica derivado de esta información.
Palabras clave
Proteómica, espectrometría de masas, PRIDE, PeptideAtlas, intercambio de datos
